data_9BPY
#
_model_server_result.job_id            CPhZfsLZzfpVhTm21VDrtQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-04-10 10:36:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9bpy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1101}' 
#
_entry.id    9BPY 
#
_exptl.entry_id    9BPY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              662.437 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  nat 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         98.49 
_cell.angle_beta          105.16 
_cell.angle_gamma         104.8 
_cell.entry_id            9BPY 
_cell.length_a            44.664 
_cell.length_b            74.142 
_cell.length_c            85.182 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9BPY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,J 1 1 
B,G,K 2 1 
C,H,L 3 1 
D,I,M 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
#
_chem_comp.formula           'C22 H28 N6 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    662.437 
_chem_comp.id                DQV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O11 C14 DQV sing 161 n n 
O3 P DQV doub 162 n n 
C18 N5 DQV doub 163 n y 
C18 N4 DQV sing 164 n y 
N5 C19 DQV sing 165 n y 
C14 C11 DQV sing 166 n n 
C14 C13 DQV sing 167 n n 
O10 C13 DQV sing 168 n n 
C11 O9 DQV sing 169 n n 
C11 C10 DQV sing 170 n n 
O4 P DQV sing 171 n n 
C12 O9 DQV sing 172 n n 
C12 C13 DQV sing 173 n n 
C12 N1 DQV sing 174 n n 
P O2 DQV sing 175 n n 
P O5 DQV sing 176 n n 
N4 C17 DQV doub 177 n y 
O C DQV doub 178 n n 
N C DQV sing 179 n n 
O2 C9 DQV sing 180 n n 
C19 N1 DQV sing 181 n y 
C19 C16 DQV doub 182 n y 
C C1 DQV sing 183 n n 
N1 C15 DQV sing 184 n y 
O8 C10 DQV sing 185 n n 
O8 P1 DQV sing 186 n n 
O1 C7 DQV sing 187 n n 
O1 C8 DQV sing 188 n n 
C6 C1 DQV doub 189 n y 
C6 C5 DQV sing 190 n y 
C1 C2 DQV sing 191 n y 
C17 C16 DQV sing 192 n y 
C17 N3 DQV sing 193 n n 
C16 N2 DQV sing 194 n y 
O5 P1 DQV sing 195 n n 
C7 C5 DQV sing 196 n n 
C7 C21 DQV sing 197 n n 
C8 C9 DQV sing 198 n n 
C8 C20 DQV sing 199 n n 
C5 C4 DQV doub 200 n y 
P1 O7 DQV doub 201 n n 
P1 O6 DQV sing 202 n n 
C2 C3 DQV doub 203 n y 
C15 N2 DQV doub 204 n y 
O13 C21 DQV sing 205 n n 
C4 C3 DQV sing 206 n y 
C21 C20 DQV sing 207 n n 
C20 O12 DQV sing 208 n n 
C4 H1 DQV sing 209 n n 
O4 H2 DQV sing 210 n n 
C6 H3 DQV sing 211 n n 
C7 H4 DQV sing 212 n n 
C8 H5 DQV sing 213 n n 
C9 H6 DQV sing 214 n n 
C9 H7 DQV sing 215 n n 
C10 H8 DQV sing 216 n n 
C10 H9 DQV sing 217 n n 
O6 H10 DQV sing 218 n n 
C11 H11 DQV sing 219 n n 
C12 H12 DQV sing 220 n n 
N3 H13 DQV sing 221 n n 
N3 H14 DQV sing 222 n n 
C13 H15 DQV sing 223 n n 
C14 H16 DQV sing 224 n n 
C15 H17 DQV sing 225 n n 
O11 H18 DQV sing 226 n n 
O10 H19 DQV sing 227 n n 
C18 H20 DQV sing 228 n n 
C20 H21 DQV sing 229 n n 
O12 H22 DQV sing 230 n n 
C21 H23 DQV sing 231 n n 
O13 H24 DQV sing 232 n n 
C3 H25 DQV sing 233 n n 
C2 H26 DQV sing 234 n n 
N H27 DQV sing 235 n n 
N H28 DQV sing 236 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9BPY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022389 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005916 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00763 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01395 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.003294 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012497 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DQV A 1 1101 1101 DQV DQV . 
F 3 CNA A 1 1102 1102 CNA CNA . 
G 2 DQV B 1 1101 1101 DQV DQV . 
H 2 DQV C 1 1101 1101 DQV DQV . 
I 2 DQV D 1 1101 1101 DQV DQV . 
J 4 HOH A 1 1201 2 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 1202 1 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 1203 3 HOH HOH . 
K 4 HOH B 1 1201 6 HOH HOH . 
K 4 HOH B 2 1202 5 HOH HOH . 
K 4 HOH B 3 1203 4 HOH HOH . 
L 4 HOH C 1 1201 9 HOH HOH . 
L 4 HOH C 2 1202 10 HOH HOH . 
L 4 HOH C 3 1203 8 HOH HOH . 
M 4 HOH D 1 1201 7 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O3 DQV . . . E 2 -19.506 23.156 36.605 1 87.6 ? O3 DQV 1101 A 1 
HETATM 2 C C4 DQV . . . E 2 -12.984 22.516 39.53 1 67.31 ? C4 DQV 1101 A 1 
HETATM 3 C C5 DQV . . . E 2 -14.131 22.285 38.786 1 69.34 ? C5 DQV 1101 A 1 
HETATM 4 O O4 DQV . . . E 2 -18.697 24.771 38.435 1 85.71 ? O4 DQV 1101 A 1 
HETATM 5 C C6 DQV . . . E 2 -14.766 23.356 38.167 1 67.39 ? C6 DQV 1101 A 1 
HETATM 6 N N1 DQV . . . E 2 -23.853 28.769 37.634 1 80.52 ? N1 DQV 1101 A 1 
HETATM 7 C C7 DQV . . . E 2 -14.641 20.871 38.611 1 74.88 ? C7 DQV 1101 A 1 
HETATM 8 C C8 DQV . . . E 2 -16.908 20.196 38.6 1 81.3 ? C8 DQV 1101 A 1 
HETATM 9 N N2 DQV . . . E 2 -24.421 30.226 39.229 1 80.13 ? N2 DQV 1101 A 1 
HETATM 10 C C9 DQV . . . E 2 -18.173 20.956 38.325 1 82.64 ? C9 DQV 1101 A 1 
HETATM 11 O O5 DQV . . . E 2 -20.24 22.904 38.987 1 84.13 ? O5 DQV 1101 A 1 
HETATM 12 C C10 DQV . . . E 2 -23.137 24.359 37.743 1 86.67 ? C10 DQV 1101 A 1 
HETATM 13 O O6 DQV . . . E 2 -21.538 20.938 38.144 1 89.76 ? O6 DQV 1101 A 1 
HETATM 14 C C11 DQV . . . E 2 -22.873 25.453 36.734 1 82.77 ? C11 DQV 1101 A 1 
HETATM 15 C C12 DQV . . . E 2 -23.099 27.766 36.887 1 79.51 ? C12 DQV 1101 A 1 
HETATM 16 N N3 DQV . . . E 2 -27.06 31.804 38.954 1 91 ? N3 DQV 1101 A 1 
HETATM 17 C C13 DQV . . . E 2 -21.718 27.439 37.444 1 77.23 ? C13 DQV 1101 A 1 
HETATM 18 O O7 DQV . . . E 2 -22.544 22.514 39.901 1 90.44 ? O7 DQV 1101 A 1 
HETATM 19 C C14 DQV . . . E 2 -21.467 26.069 36.805 1 78.7 ? C14 DQV 1101 A 1 
HETATM 20 O O8 DQV . . . E 2 -22.171 23.3 37.525 1 88.47 ? O8 DQV 1101 A 1 
HETATM 21 C C15 DQV . . . E 2 -23.52 29.362 38.825 1 77.8 ? C15 DQV 1101 A 1 
HETATM 22 N N4 DQV . . . E 2 -27.327 30.666 36.958 1 91.84 ? N4 DQV 1101 A 1 
HETATM 23 P P1 DQV . . . E 2 -21.694 22.316 38.694 1 86.43 ? P1 DQV 1101 A 1 
HETATM 24 O O11 DQV . . . E 2 -20.866 26.156 35.519 1 81.32 ? O11 DQV 1101 A 1 
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HETATM 29 C C17 DQV . . . E 2 -26.602 30.916 38.076 1 88.74 ? C17 DQV 1101 A 1 
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HETATM 32 P P DQV . . . E 2 -19.063 23.384 38.016 1 86.21 ? P DQV 1101 A 1 
HETATM 33 O O2 DQV . . . E 2 -17.877 22.369 38.398 1 82.15 ? O2 DQV 1101 A 1 
HETATM 34 O O1 DQV . . . E 2 -15.849 20.826 37.847 1 77.15 ? O1 DQV 1101 A 1 
HETATM 35 C C20 DQV . . . E 2 -16.446 20.218 40.058 1 81.81 ? C20 DQV 1101 A 1 
HETATM 36 O O12 DQV . . . E 2 -16.932 19.094 40.788 1 86.65 ? O12 DQV 1101 A 1 
HETATM 37 C C21 DQV . . . E 2 -14.929 20.098 39.899 1 79.97 ? C21 DQV 1101 A 1 
HETATM 38 O O13 DQV . . . E 2 -14.51 18.753 39.77 1 84.34 ? O13 DQV 1101 A 1 
HETATM 39 C C3 DQV . . . E 2 -12.484 23.804 39.673 1 65.72 ? C3 DQV 1101 A 1 
HETATM 40 C C2 DQV . . . E 2 -13.114 24.864 39.048 1 64.65 ? C2 DQV 1101 A 1 
HETATM 41 C C1 DQV . . . E 2 -14.244 24.646 38.266 1 65.25 ? C1 DQV 1101 A 1 
HETATM 42 C C DQV . . . E 2 -14.931 25.806 37.611 1 63.75 ? C DQV 1101 A 1 
HETATM 43 O O DQV . . . E 2 -14.297 26.837 37.339 1 61.34 ? O DQV 1101 A 1 
HETATM 44 N N DQV . . . E 2 -16.236 25.726 37.404 1 65.46 ? N DQV 1101 A 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              32 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
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_model_server_stats.query_time_ms           354 
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_model_server_stats.element_count           44 
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