data_9BYT
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          9byt 
#
_model_server_params.name     atom_site 
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#
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#
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_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
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_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 F N N 
? 4 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 G O2A TTP . A TTP 803 1_555 H MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc2 G O1B TTP . A TTP 803 1_555 H MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? 
metalc ? metalc3 G O1G TTP . A TTP 803 1_555 H MG MG . A MG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc4 I O2A TTP . B TTP 801 1_555 J MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc5 I O1B TTP . B TTP 801 1_555 J MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc6 I O3G TTP . B TTP 801 1_555 J MG MG . B MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc7 C OD1 ASP 87 C ASP 66 1_555 N MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc8 C OE2 GLU 118 C GLU 97 1_555 M MN MN . C MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? 
metalc ? metalc9 C OE1 GLU 118 C GLU 97 1_555 N MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc10 C ND1 HIS 122 C HIS 101 1_555 N MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc11 C OE1 GLU 185 C GLU 164 1_555 M MN MN . C MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc12 C OE2 GLU 185 C GLU 164 1_555 M MN MN . C MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc13 C OE1 GLU 219 C GLU 198 1_555 M MN MN . C MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc14 C OE1 GLU 219 C GLU 198 1_555 N MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc15 C OE2 GLU 219 C GLU 198 1_555 N MN MN . C MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc16 C ND1 HIS 222 C HIS 201 1_555 M MN MN . C MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc17 D OD1 ASP 87 D ASP 66 1_555 P MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc18 D OD2 ASP 87 D ASP 66 1_555 P MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc19 D OE2 GLU 118 D GLU 97 1_555 O MN MN . D MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.911 ? 
metalc ? metalc20 D OE1 GLU 118 D GLU 97 1_555 P MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc21 D ND1 HIS 122 D HIS 101 1_555 P MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc22 D OE1 GLU 185 D GLU 164 1_555 O MN MN . D MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc23 D OE2 GLU 185 D GLU 164 1_555 O MN MN . D MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc24 D OE1 GLU 219 D GLU 198 1_555 O MN MN . D MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc25 D OE2 GLU 219 D GLU 198 1_555 P MN MN . D MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc26 D ND1 HIS 222 D HIS 201 1_555 O MN MN . D MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 132 n n 
PB O2B GDP sing 133 n n 
PB O3B GDP sing 134 n n 
PB O3A GDP sing 135 n n 
O2B HOB2 GDP sing 136 n n 
O3B HOB3 GDP sing 137 n n 
O3A PA GDP sing 138 n n 
PA O1A GDP doub 139 n n 
PA O2A GDP sing 140 n n 
PA O5' GDP sing 141 n n 
O2A HOA2 GDP sing 142 n n 
O5' C5' GDP sing 143 n n 
C5' C4' GDP sing 144 n n 
C5' H5' GDP sing 145 n n 
C5' "H5''" GDP sing 146 n n 
C4' O4' GDP sing 147 n n 
C4' C3' GDP sing 148 n n 
C4' H4' GDP sing 149 n n 
O4' C1' GDP sing 150 n n 
C3' O3' GDP sing 151 n n 
C3' C2' GDP sing 152 n n 
C3' H3' GDP sing 153 n n 
O3' HO3' GDP sing 154 n n 
C2' O2' GDP sing 155 n n 
C2' C1' GDP sing 156 n n 
C2' H2' GDP sing 157 n n 
O2' HO2' GDP sing 158 n n 
C1' N9 GDP sing 159 n n 
C1' H1' GDP sing 160 n n 
N9 C8 GDP sing 161 n y 
N9 C4 GDP sing 162 n y 
C8 N7 GDP doub 163 n y 
C8 H8 GDP sing 164 n n 
N7 C5 GDP sing 165 n y 
C5 C6 GDP sing 166 n n 
C5 C4 GDP doub 167 n y 
C6 O6 GDP doub 168 n n 
C6 N1 GDP sing 169 n n 
N1 C2 GDP sing 170 n n 
N1 HN1 GDP sing 171 n n 
C2 N2 GDP sing 172 n n 
C2 N3 GDP doub 173 n n 
N2 HN21 GDP sing 174 n n 
N2 HN22 GDP sing 175 n n 
N3 C4 GDP sing 176 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9BYT 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
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_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 ATP A 1 801 701 ATP ATP . 
F 4 GDP A 1 802 702 GDP GDP . 
G 5 TTP A 1 803 703 TTP TTP . 
H 6 MG A 1 804 704 MG MG . 
I 5 TTP B 1 801 701 TTP TTP . 
J 6 MG B 1 802 702 MG MG . 
K 3 ATP B 1 803 703 ATP ATP . 
L 4 GDP B 1 804 704 GDP GDP . 
M 7 MN C 1 401 401 MN MN . 
N 7 MN C 1 402 402 MN MN . 
O 7 MN D 1 401 401 MN MN . 
P 7 MN D 1 402 402 MN MN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB GDP . . . L 4 159.857 152.901 174.791 1 69.13 ? PB GDP 804 B 1 
HETATM 2 O O1B GDP . . . L 4 160.677 151.634 174.766 1 61.24 ? O1B GDP 804 B 1 
HETATM 3 O O2B GDP . . . L 4 159.876 153.483 176.184 1 59.98 -1 O2B GDP 804 B 1 
HETATM 4 O O3B GDP . . . L 4 160.435 153.897 173.815 1 59.87 ? O3B GDP 804 B 1 
HETATM 5 O O3A GDP . . . L 4 158.336 152.565 174.39 1 58.19 ? O3A GDP 804 B 1 
HETATM 6 P PA GDP . . . L 4 157.927 152.104 172.904 1 64.69 ? PA GDP 804 B 1 
HETATM 7 O O1A GDP . . . L 4 158.031 153.24 171.916 1 59.39 -1 O1A GDP 804 B 1 
HETATM 8 O O2A GDP . . . L 4 158.77 150.935 172.453 1 58.3 ? O2A GDP 804 B 1 
HETATM 9 O O5' GDP . . . L 4 156.395 151.662 173.114 1 61.4 ? O5' GDP 804 B 1 
HETATM 10 C C5' GDP . . . L 4 155.397 151.955 172.14 1 57.46 ? C5' GDP 804 B 1 
HETATM 11 C C4' GDP . . . L 4 154.256 150.965 172.306 1 55.92 ? C4' GDP 804 B 1 
HETATM 12 O O4' GDP . . . L 4 154.01 150.362 171.036 1 58.58 ? O4' GDP 804 B 1 
HETATM 13 C C3' GDP . . . L 4 154.642 149.866 173.282 1 59.02 ? C3' GDP 804 B 1 
HETATM 14 O O3' GDP . . . L 4 153.618 149.692 174.267 1 58.82 ? O3' GDP 804 B 1 
HETATM 15 C C2' GDP . . . L 4 154.78 148.605 172.457 1 56.94 ? C2' GDP 804 B 1 
HETATM 16 O O2' GDP . . . L 4 154.102 147.517 173.091 1 59.26 ? O2' GDP 804 B 1 
HETATM 17 C C1' GDP . . . L 4 154.13 148.941 171.124 1 55.87 ? C1' GDP 804 B 1 
HETATM 18 N N9 GDP . . . L 4 154.887 148.415 169.958 1 56.16 ? N9 GDP 804 B 1 
HETATM 19 C C8 GDP . . . L 4 154.314 147.933 168.841 1 57.86 ? C8 GDP 804 B 1 
HETATM 20 N N7 GDP . . . L 4 155.244 147.532 167.943 1 59.36 ? N7 GDP 804 B 1 
HETATM 21 C C5 GDP . . . L 4 156.452 147.774 168.479 1 59.05 ? C5 GDP 804 B 1 
HETATM 22 C C6 GDP . . . L 4 157.86 147.588 168.055 1 58.07 ? C6 GDP 804 B 1 
HETATM 23 O O6 GDP . . . L 4 158.133 147.096 166.94 1 59.08 ? O6 GDP 804 B 1 
HETATM 24 N N1 GDP . . . L 4 158.826 147.964 168.9 1 57.1 ? N1 GDP 804 B 1 
HETATM 25 C C2 GDP . . . L 4 158.557 148.497 170.105 1 57.92 ? C2 GDP 804 B 1 
HETATM 26 N N2 GDP . . . L 4 159.59 148.852 170.907 1 58.6 ? N2 GDP 804 B 1 
HETATM 27 N N3 GDP . . . L 4 157.294 148.695 170.556 1 60.62 ? N3 GDP 804 B 1 
HETATM 28 C C4 GDP . . . L 4 156.216 148.36 169.807 1 59.26 ? C4 GDP 804 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
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