data_9C09
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-03 21:44:56' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          9c09 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":407}' 
#
_entry.id    9C09 
#
_exptl.entry_id    9C09 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
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_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-OCTANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            9C09 
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_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9C09 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 E N N 
? 4 F N N 
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 P N N 
? 4 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O THR 110 U THR 110 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.456 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 110 U THR 110 1_555 W K K . A K 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 111 U ILE 111 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 111 U ILE 111 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 112 U GLY 112 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.98 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 112 U GLY 112 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? 
metalc ? metalc7 A O PHE 113 U PHE 113 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.197 ? 
metalc ? metalc8 A O THR 237 U THR 237 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.287 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 237 U THR 237 1_555 W K K . A K 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? 
metalc ? metalc10 A O ILE 238 U ILE 238 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? 
metalc ? metalc11 A O ILE 238 U ILE 238 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.037 ? 
metalc ? metalc12 A O GLY 239 U GLY 239 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? 
metalc ? metalc13 A O GLY 239 U GLY 239 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.017 ? 
metalc ? metalc14 A O PHE 240 U PHE 240 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.28 ? 
metalc ? metalc15 B O THR 110 A THR 110 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.456 ? 
metalc ? metalc16 B O THR 110 A THR 110 1_555 W K K . A K 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? 
metalc ? metalc17 B O ILE 111 A ILE 111 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? 
metalc ? metalc18 B O ILE 111 A ILE 111 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? 
metalc ? metalc19 B O GLY 112 A GLY 112 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? 
metalc ? metalc20 B O GLY 112 A GLY 112 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.121 ? 
metalc ? metalc21 B O PHE 113 A PHE 113 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.267 ? 
metalc ? metalc22 B O THR 237 A THR 237 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.211 ? 
metalc ? metalc23 B O THR 237 A THR 237 1_555 W K K . A K 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? 
metalc ? metalc24 B O ILE 238 A ILE 238 1_555 V K K . A K 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc25 B O ILE 238 A ILE 238 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? 
metalc ? metalc26 B O GLY 239 A GLY 239 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? 
metalc ? metalc27 B O GLY 239 A GLY 239 1_555 X K K . A K 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? 
metalc ? metalc28 B O PHE 240 A PHE 240 1_555 U K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.306 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H18' 
_chem_comp.formula_weight    114.229 
_chem_comp.id                OCT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-OCTANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 OCT sing 373 n n 
C1 H11 OCT sing 374 n n 
C1 H12 OCT sing 375 n n 
C1 H13 OCT sing 376 n n 
C2 C3 OCT sing 377 n n 
C2 H21 OCT sing 378 n n 
C2 H22 OCT sing 379 n n 
C3 C4 OCT sing 380 n n 
C3 H31 OCT sing 381 n n 
C3 H32 OCT sing 382 n n 
C4 C5 OCT sing 383 n n 
C4 H41 OCT sing 384 n n 
C4 H42 OCT sing 385 n n 
C5 C6 OCT sing 386 n n 
C5 H51 OCT sing 387 n n 
C5 H52 OCT sing 388 n n 
C6 C7 OCT sing 389 n n 
C6 H61 OCT sing 390 n n 
C6 H62 OCT sing 391 n n 
C7 C8 OCT sing 392 n n 
C7 H71 OCT sing 393 n n 
C7 H72 OCT sing 394 n n 
C8 H81 OCT sing 395 n n 
C8 H82 OCT sing 396 n n 
C8 H83 OCT sing 397 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9C09 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 D12 U 1 401 302 D12 D12 . 
D 3 D10 U 1 402 303 D10 D10 . 
E 4 OCT U 1 403 304 OCT D08 . 
F 4 OCT U 1 404 306 OCT D08 . 
G 3 D10 U 1 405 307 D10 D10 . 
H 5 EIC U 1 406 309 EIC EIC . 
I 4 OCT U 1 407 308 OCT D08 . 
J 4 OCT A 1 401 305 OCT D08 . 
K 6 HEX A 1 402 308 HEX D06 . 
L 2 D12 A 1 403 302 D12 D12 . 
M 3 D10 A 1 404 303 D10 D10 . 
N 4 OCT A 1 405 304 OCT D08 . 
O 4 OCT A 1 406 305 OCT D08 . 
P 4 OCT A 1 407 306 OCT D08 . 
Q 3 D10 A 1 408 307 D10 D10 . 
R 4 OCT A 1 409 309 OCT D08 . 
S 6 HEX A 1 410 310 HEX D06 . 
T 5 EIC A 1 411 311 EIC EIC . 
U 7 K A 1 412 1 K K . 
V 7 K A 1 413 2 K K . 
W 7 K A 1 414 3 K K . 
X 7 K A 1 415 4 K K . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 OCT . . . I 4 125.891 144.733 116.091 1 20 ? C1 OCT 407 U 1 
HETATM 2 C C2 OCT . . . I 4 125.706 145.507 114.793 1 20 ? C2 OCT 407 U 1 
HETATM 3 C C3 OCT . . . I 4 126.746 146.605 114.692 1 20 ? C3 OCT 407 U 1 
HETATM 4 C C4 OCT . . . I 4 126.369 147.714 113.727 1 20 ? C4 OCT 407 U 1 
HETATM 5 C C5 OCT . . . I 4 126.887 147.477 112.321 1 20 ? C5 OCT 407 U 1 
HETATM 6 C C6 OCT . . . I 4 125.85 147.853 111.281 1 20 ? C6 OCT 407 U 1 
HETATM 7 C C7 OCT . . . I 4 126.464 148.038 109.906 1 20 ? C7 OCT 407 U 1 
HETATM 8 C C8 OCT . . . I 4 126.786 149.487 109.603 1 20 ? C8 OCT 407 U 1 
HETATM 9 H H11 OCT . . . I 4 125.347 143.799 116.035 1 20 ? H11 OCT 407 U 1 
HETATM 10 H H12 OCT . . . I 4 126.946 144.537 116.234 1 20 ? H12 OCT 407 U 1 
HETATM 11 H H13 OCT . . . I 4 125.517 145.328 116.913 1 20 ? H13 OCT 407 U 1 
HETATM 12 H H21 OCT . . . I 4 124.717 145.947 114.775 1 20 ? H21 OCT 407 U 1 
HETATM 13 H H22 OCT . . . I 4 125.818 144.834 113.952 1 20 ? H22 OCT 407 U 1 
HETATM 14 H H31 OCT . . . I 4 126.887 147.03 115.675 1 20 ? H31 OCT 407 U 1 
HETATM 15 H H32 OCT . . . I 4 127.681 146.165 114.363 1 20 ? H32 OCT 407 U 1 
HETATM 16 H H41 OCT . . . I 4 125.291 147.784 113.684 1 20 ? H41 OCT 407 U 1 
HETATM 17 H H42 OCT . . . I 4 126.772 148.649 114.093 1 20 ? H42 OCT 407 U 1 
HETATM 18 H H51 OCT . . . I 4 127.133 146.43 112.207 1 20 ? H51 OCT 407 U 1 
HETATM 19 H H52 OCT . . . I 4 127.775 148.074 112.162 1 20 ? H52 OCT 407 U 1 
HETATM 20 H H61 OCT . . . I 4 125.102 147.074 111.238 1 20 ? H61 OCT 407 U 1 
HETATM 21 H H62 OCT . . . I 4 125.382 148.782 111.578 1 20 ? H62 OCT 407 U 1 
HETATM 22 H H71 OCT . . . I 4 127.377 147.463 109.863 1 20 ? H71 OCT 407 U 1 
HETATM 23 H H72 OCT . . . I 4 125.773 147.67 109.16 1 20 ? H72 OCT 407 U 1 
HETATM 24 H H81 OCT . . . I 4 127.321 149.909 110.445 1 20 ? H81 OCT 407 U 1 
HETATM 25 H H82 OCT . . . I 4 127.399 149.542 108.714 1 20 ? H82 OCT 407 U 1 
HETATM 26 H H83 OCT . . . I 4 125.864 150.031 109.451 1 20 ? H83 OCT 407 U 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              6 
_model_server_stats.parse_time_ms           5 
_model_server_stats.create_model_time_ms    4 
_model_server_stats.query_time_ms           256 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           26 
#