data_9C0J # _model_server_result.job_id 6vGD1IBJWMetQBZJ8AUDgw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 01:39:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9c0j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":502}' # _entry.id 9C0J # _exptl.entry_id 9C0J _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9C0J _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9C0J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O LEU 141 A LEU 141 1_555 D MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 269 A ASP 269 1_555 D MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? metalc ? metalc3 D MG MG . A MG 501 1_555 E O1B TTP . A TTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc4 C O6 G 159 R G 158 1_555 F K K . R K 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? metalc ? metalc5 C O6 G 251 R G 250 1_555 F K K . R K 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.385 ? metalc ? metalc6 C O4 U 252 R U 251 1_555 F K K . R K 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? hydrog 'DA-G MISPAIR' hydrog1 B N3 DA 2 P DA 4 1_555 C N2 G 203 R G 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N3 DT 6 P DT 8 1_555 C N1 A 140 R A 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O4 DT 6 P DT 8 1_555 C N6 A 140 R A 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DG 7 P DG 9 1_555 C N3 C 139 R C 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 DG 7 P DG 9 1_555 C O2 C 139 R C 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 DG 7 P DG 9 1_555 C N4 C 139 R C 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 DT 8 P DT 10 1_555 C N1 A 138 R A 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O4 DT 8 P DT 10 1_555 C N6 A 138 R A 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N1 DA 9 P DA 11 1_555 C N3 U 137 R U 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N6 DA 9 P DA 11 1_555 C O4 U 137 R U 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog11 C O6 G 2 R G 1 1_555 C N1 G 23 R G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N3 C 3 R C 2 1_555 C N1 G 22 R G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N4 C 3 R C 2 1_555 C O6 G 22 R G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O2 C 3 R C 2 1_555 C N2 G 22 R G 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N3 C 4 R C 3 1_555 C N1 G 21 R G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N4 C 4 R C 3 1_555 C O6 G 21 R G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C O2 C 4 R C 3 1_555 C N2 G 21 R G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N3 C 5 R C 4 1_555 C N1 G 20 R G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N4 C 5 R C 4 1_555 C O6 G 20 R G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C O2 C 5 R C 4 1_555 C N2 G 20 R G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N3 U 6 R U 5 1_555 C N1 A 19 R A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C O4 U 6 R U 5 1_555 C N6 A 19 R A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N1 A 7 R A 6 1_555 C N3 U 18 R U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N6 A 7 R A 6 1_555 C O4 U 18 R U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N1 A 8 R A 7 1_555 C N3 U 17 R U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N6 A 8 R A 7 1_555 C O4 U 17 R U 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N1 A 9 R A 8 1_555 C N3 U 16 R U 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N6 A 9 R A 8 1_555 C O4 U 16 R U 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N3 C 10 R C 9 1_555 C N1 G 15 R G 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N4 C 10 R C 9 1_555 C O6 G 15 R G 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C O2 C 10 R C 9 1_555 C N2 G 15 R G 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog32 C N7 A 11 R A 10 1_555 C N6 A 13 R A 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N1 G 156 R G 155 1_555 C N3 C 255 R C 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C N2 G 156 R G 155 1_555 C O2 C 255 R C 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C O6 G 156 R G 155 1_555 C N4 C 255 R C 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N3 C 157 R C 156 1_555 C N1 G 254 R G 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N4 C 157 R C 156 1_555 C O6 G 254 R G 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O2 C 157 R C 156 1_555 C N2 G 254 R G 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N1 G 158 R G 157 1_555 C N3 C 253 R C 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N2 G 158 R G 157 1_555 C O2 C 253 R C 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O6 G 158 R G 157 1_555 C N4 C 253 R C 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog42 C N1 G 159 R G 158 1_555 C O2 U 252 R U 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog43 C O6 G 159 R G 158 1_555 C N3 U 252 R U 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 C N3 C 160 R C 159 1_555 C N1 G 251 R G 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C N4 C 160 R C 159 1_555 C O6 G 251 R G 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C O2 C 160 R C 159 1_555 C N2 G 251 R G 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog47 C N7 G 161 R G 160 1_555 C N1 G 200 R G 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog48 C O6 G 161 R G 160 1_555 C N2 G 200 R G 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog49 C N1 G 163 R G 162 1_555 C N7 G 198 R G 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_7_PAIR hydrog50 C N2 G 163 R G 162 1_555 C O6 G 198 R G 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog51 C N1 G 164 R G 163 1_555 C O2 U 197 R U 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog52 C O6 G 164 R G 163 1_555 C N3 U 197 R U 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 C N3 U 165 R U 164 1_555 C N1 A 196 R A 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 C O4 U 165 R U 164 1_555 C N6 A 196 R A 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog55 C N3 U 166 R U 165 1_555 C O6 G 195 R G 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog56 C O2 U 166 R U 165 1_555 C N1 G 195 R G 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 C N3 C 167 R C 166 1_555 C N1 G 194 R G 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 C N4 C 167 R C 166 1_555 C O6 G 194 R G 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 C O2 C 167 R C 166 1_555 C N2 G 194 R G 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 C N1 A 168 R A 167 1_555 C N3 U 193 R U 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 C N6 A 168 R A 167 1_555 C O4 U 193 R U 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 C N3 C 169 R C 168 1_555 C N1 G 192 R G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 C N4 C 169 R C 168 1_555 C O6 G 192 R G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 C O2 C 169 R C 168 1_555 C N2 G 192 R G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 C N1 A 170 R A 169 1_555 C N3 U 191 R U 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 C N6 A 170 R A 169 1_555 C O4 U 191 R U 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 C N1 A 171 R A 170 1_555 C N3 U 190 R U 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 C N6 A 171 R A 170 1_555 C O4 U 190 R U 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 C N3 U 172 R U 171 1_555 C N1 A 189 R A 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 C O4 U 172 R U 171 1_555 C N6 A 189 R A 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog71 C N3 U 173 R U 172 1_555 C O6 G 188 R G 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog72 C O2 U 173 R U 172 1_555 C N1 G 188 R G 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog73 C N3 U 174 R U 173 1_555 C O2 U 187 R U 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog74 C O4 U 174 R U 173 1_555 C N3 U 187 R U 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 C N1 G 175 R G 174 1_555 C N3 C 186 R C 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 C N2 G 175 R G 174 1_555 C O2 C 186 R C 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 C O6 G 175 R G 174 1_555 C N4 C 186 R C 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 C N3 U 176 R U 175 1_555 C N1 A 185 R A 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 C O4 U 176 R U 175 1_555 C N6 A 185 R A 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 C N1 A 177 R A 176 1_555 C N3 U 184 R U 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 C N6 A 177 R A 176 1_555 C O4 U 184 R U 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog82 C N3 U 178 R U 177 1_555 C O6 G 183 R G 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog83 C O2 U 178 R U 177 1_555 C N1 G 183 R G 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog84 C N2 G 195 R G 194 1_555 C N3 A 212 R A 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog85 C N1 G 203 R G 202 1_555 C O2 U 220 R U 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog86 C O6 G 203 R G 202 1_555 C N3 U 220 R U 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog87 C N1 G 204 R G 203 1_555 C N3 C 219 R C 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog88 C N2 G 204 R G 203 1_555 C O2 C 219 R C 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog89 C O6 G 204 R G 203 1_555 C N4 C 219 R C 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog90 C N3 U 205 R U 204 1_555 C N1 A 218 R A 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog91 C O4 U 205 R U 204 1_555 C N6 A 218 R A 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog92 C N1 G 207 R G 206 1_555 C N3 C 217 R C 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog93 C N2 G 207 R G 206 1_555 C O2 C 217 R C 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog94 C O6 G 207 R G 206 1_555 C N4 C 217 R C 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog95 C N1 G 208 R G 207 1_555 C N3 C 216 R C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog96 C N2 G 208 R G 207 1_555 C O2 C 216 R C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog97 C O6 G 208 R G 207 1_555 C N4 C 216 R C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog98 C N1 A 209 R A 208 1_555 C N6 A 215 R A 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog99 C N2 G 210 R G 209 1_555 C N7 A 213 R A 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog100 C N1 G 222 R G 221 1_555 C O2 U 280 R U 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog101 C O6 G 222 R G 221 1_555 C N3 U 280 R U 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog102 C N1 G 223 R G 222 1_555 C N3 C 279 R C 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog103 C N2 G 223 R G 222 1_555 C O2 C 279 R C 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog104 C O6 G 223 R G 222 1_555 C N4 C 279 R C 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog105 C N3 U 224 R U 223 1_555 C O6 G 278 R G 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog106 C O2 U 224 R U 223 1_555 C N1 G 278 R G 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog107 C N3 U 225 R U 224 1_555 C O4 U 277 R U 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog108 C O2 U 225 R U 224 1_555 C N3 U 277 R U 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog109 C N1 A 226 R A 225 1_555 C N3 U 276 R U 275 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog110 C N6 A 226 R A 225 1_555 C O4 U 276 R U 275 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog111 C N1 A 227 R A 226 1_555 C N3 U 275 R U 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog112 C N6 A 227 R A 226 1_555 C O4 U 275 R U 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog113 C N1 G 228 R G 227 1_555 C O2 U 274 R U 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog114 C O6 G 228 R G 227 1_555 C N3 U 274 R U 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog115 C N3 C 229 R C 228 1_555 C N1 G 273 R G 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog116 C N4 C 229 R C 228 1_555 C O6 G 273 R G 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog117 C O2 C 229 R C 228 1_555 C N2 G 273 R G 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog118 C N3 C 230 R C 229 1_555 C N1 G 272 R G 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog119 C N4 C 230 R C 229 1_555 C O6 G 272 R G 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog120 C O2 C 230 R C 229 1_555 C N2 G 272 R G 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog121 C N1 G 231 R G 230 1_555 C N3 C 271 R C 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog122 C N2 G 231 R G 230 1_555 C O2 C 271 R C 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog123 C O6 G 231 R G 230 1_555 C N4 C 271 R C 270 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog124 C N1 G 232 R G 231 1_555 C N3 C 270 R C 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog125 C N2 G 232 R G 231 1_555 C O2 C 270 R C 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog126 C O6 G 232 R G 231 1_555 C N4 C 270 R C 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog127 C N1 A 233 R A 232 1_555 C N3 U 269 R U 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog128 C N6 A 233 R A 232 1_555 C O4 U 269 R U 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog129 C N1 G 234 R G 233 1_555 C N3 C 268 R C 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog130 C N2 G 234 R G 233 1_555 C O2 C 268 R C 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog131 C O6 G 234 R G 233 1_555 C N4 C 268 R C 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog132 C N1 G 235 R G 234 1_555 C N3 C 267 R C 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog133 C N2 G 235 R G 234 1_555 C O2 C 267 R C 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog134 C O6 G 235 R G 234 1_555 C N4 C 267 R C 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog135 C N1 A 236 R A 235 1_555 C N3 U 266 R U 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog136 C N6 A 236 R A 235 1_555 C O4 U 266 R U 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog137 C N3 U 237 R U 236 1_555 C N1 A 265 R A 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog138 C O4 U 237 R U 236 1_555 C N6 A 265 R A 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog139 C N1 G 238 R G 237 1_555 C N3 C 264 R C 263 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog140 C N2 G 238 R G 237 1_555 C O2 C 264 R C 263 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog141 C O6 G 238 R G 237 1_555 C N4 C 264 R C 263 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog142 C N3 U 239 R U 238 1_555 C O6 G 262 R G 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog143 C O2 U 239 R U 238 1_555 C N1 G 262 R G 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog144 C N1 A 245 R A 244 1_555 C N3 U 261 R U 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog145 C N6 A 245 R A 244 1_555 C O4 U 261 R U 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog146 C N1 G 246 R G 245 1_555 C N3 C 260 R C 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog147 C N2 G 246 R G 245 1_555 C O2 C 260 R C 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog148 C O6 G 246 R G 245 1_555 C N4 C 260 R C 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog149 C N1 A 247 R A 246 1_555 C N3 U 259 R U 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog150 C N6 A 247 R A 246 1_555 C O4 U 259 R U 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog151 C N1 A 248 R A 247 1_555 C N3 U 258 R U 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog152 C N6 A 248 R A 247 1_555 C O4 U 258 R U 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog153 C N3 U 249 R U 248 1_555 C N1 A 257 R A 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog154 C O4 U 249 R U 248 1_555 C N6 A 257 R A 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 596 n n PA O2A TTP sing 597 n n PA O3A TTP sing 598 n n PA O5' TTP sing 599 n n O2A HOA2 TTP sing 600 n n O3A PB TTP sing 601 n n PB O1B TTP doub 602 n n PB O2B TTP sing 603 n n PB O3B TTP sing 604 n n O2B HOB2 TTP sing 605 n n O3B PG TTP sing 606 n n PG O1G TTP doub 607 n n PG O2G TTP sing 608 n n PG O3G TTP sing 609 n n O2G HOG2 TTP sing 610 n n O3G HOG3 TTP sing 611 n n O5' C5' TTP sing 612 n n C5' C4' TTP sing 613 n n C5' "H5'1" TTP sing 614 n n C5' "H5'2" TTP sing 615 n n C4' O4' TTP sing 616 n n C4' C3' TTP sing 617 n n C4' H4' TTP sing 618 n n O4' C1' TTP sing 619 n n C3' O3' TTP sing 620 n n C3' C2' TTP sing 621 n n C3' H3' TTP sing 622 n n O3' HO3' TTP sing 623 n n C2' C1' TTP sing 624 n n C2' "H2'1" TTP sing 625 n n C2' "H2'2" TTP sing 626 n n C1' N1 TTP sing 627 n n C1' H1' TTP sing 628 n n N1 C2 TTP sing 629 n n N1 C6 TTP sing 630 n n C2 O2 TTP doub 631 n n C2 N3 TTP sing 632 n n N3 C4 TTP sing 633 n n N3 HN3 TTP sing 634 n n C4 O4 TTP doub 635 n n C4 C5 TTP sing 636 n n C5 C5M TTP sing 637 n n C5 C6 TTP doub 638 n n C5M HM51 TTP sing 639 n n C5M HM52 TTP sing 640 n n C5M HM53 TTP sing 641 n n C6 H6 TTP sing 642 n n # _atom_sites.entry_id 9C0J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 MG A 1 501 501 MG MG . E 5 TTP A 1 502 502 TTP TTP . F 6 K R 1 301 301 K K . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . E 5 90.209 101.268 100.666 1 51.63 ? PA TTP 502 A 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . E 5 88.77 101.121 101.098 1 35.99 ? O1A TTP 502 A 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . E 5 91.13 100.427 101.511 1 32.18 ? O2A TTP 502 A 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . E 5 90.378 100.852 99.125 1 40.65 ? O3A TTP 502 A 1 HETATM 5 P PB TTP . . . E 5 89.6 101.65 97.97 1 51.18 ? PB TTP 502 A 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . E 5 88.517 102.535 98.542 1 30.67 ? O1B TTP 502 A 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . E 5 90.596 102.465 97.184 1 36.3 ? O2B TTP 502 A 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . E 5 88.957 100.498 97.046 1 38.13 ? O3B TTP 502 A 1 HETATM 9 P PG TTP . . . E 5 89.862 99.338 96.397 1 46.87 ? PG TTP 502 A 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . E 5 89.043 98.588 95.373 1 35.98 ? O1G TTP 502 A 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . E 5 91.069 99.934 95.715 1 33.14 ? O2G TTP 502 A 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . E 5 90.304 98.392 97.487 1 36.22 ? O3G TTP 502 A 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . E 5 90.675 102.804 100.715 1 35.5 ? O5' TTP 502 A 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . E 5 89.971 103.738 101.53 1 29.27 ? C5' TTP 502 A 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . E 5 90.712 105.066 101.515 1 31.78 ? C4' TTP 502 A 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . E 5 91.845 105.021 102.387 1 30.77 ? O4' TTP 502 A 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . E 5 91.273 105.325 100.134 1 33.53 ? C3' TTP 502 A 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . E 5 90.362 106.099 99.353 1 30.41 ? O3' TTP 502 A 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . E 5 92.579 106.047 100.389 1 30.24 ? C2' TTP 502 A 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . E 5 92.984 105.668 101.804 1 29.1 ? C1' TTP 502 A 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . E 5 94.147 104.767 101.759 1 26.4 ? N1 TTP 502 A 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . E 5 95.459 105.29 101.662 1 28.11 ? C2 TTP 502 A 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . E 5 95.64 106.526 101.633 1 28.68 ? O2 TTP 502 A 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . E 5 96.53 104.49 101.617 1 23.12 ? N3 TTP 502 A 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . E 5 96.398 103.166 101.651 1 27.34 ? C4 TTP 502 A 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . E 5 97.407 102.428 101.604 1 29.97 ? O4 TTP 502 A 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . E 5 95.042 102.581 101.74 1 28.96 ? C5 TTP 502 A 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . E 5 94.845 101.088 101.781 1 30.96 ? C5M TTP 502 A 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . E 5 93.958 103.44 101.79 1 26.8 ? C6 TTP 502 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 31 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 29 #