data_9C46 # _model_server_result.job_id xpR3-IWzuc41Kuo65HD1Ow _model_server_result.datetime_utc '2025-08-04 13:24:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9c46 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":106}' # _entry.id 9C46 # _exptl.entry_id 9C46 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 118.174 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 104.308 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9C46 _cell.length_a 64.137 _cell.length_b 31.491 _cell.length_c 31.5 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9C46 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2y' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id G _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O6 DG 1 A DG 1 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.044 ? metalc ? metalc2 A O6 DG 1 A DG 1 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc3 A O6 DG 3 A DG 3 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc4 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.247 ? metalc ? metalc5 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc6 A O6 DG 6 A DG 6 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc7 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? metalc ? metalc8 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.049 ? metalc ? metalc9 A O6 DG 9 A DG 9 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc10 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? metalc ? metalc11 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc12 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc13 A O6 DG 15 A DG 15 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc14 A O6 DG 15 A DG 15 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc15 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? metalc ? metalc16 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc17 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 E K K . A K 104 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc18 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc19 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? metalc ? metalc20 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.056 ? metalc ? metalc21 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc22 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 E K K . A K 104 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc23 A O6 DG 21 A DG 21 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc24 A O6 DG 21 A DG 21 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc25 A O6 DG 22 A DG 22 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? metalc ? metalc26 A O6 DG 22 A DG 22 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc27 A O6 DG 22 A DG 22 1_555 E K K . A K 104 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc28 A O6 DG 24 A DG 24 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc29 A O6 DG 24 A DG 24 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc30 A O6 DG 25 A DG 25 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc31 A O6 DG 25 A DG 25 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc32 A O6 DG 25 A DG 25 1_555 E K K . A K 104 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog1 A N1 DG 1 A DG 1 1_555 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog2 A N2 DG 1 A DG 1 1_555 A N7 DG 4 A DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog3 A N7 DG 1 A DG 1 1_555 A N2 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog4 A O6 DG 1 A DG 1 1_555 A N1 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog5 A N1 DG 3 A DG 3 1_555 A O6 DG 6 A DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog6 A N2 DG 3 A DG 3 1_555 A N7 DG 6 A DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 A N7 DG 3 A DG 3 1_555 A N2 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog8 A O6 DG 3 A DG 3 1_555 A N1 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog9 A N1 DG 4 A DG 4 1_555 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog10 A N2 DG 4 A DG 4 1_555 A N7 DG 7 A DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog11 A N1 DG 6 A DG 6 1_555 A O6 DG 9 A DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 A N2 DG 6 A DG 6 1_555 A N7 DG 9 A DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 A N1 DG 7 A DG 7 1_555 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 A N2 DG 7 A DG 7 1_555 A N7 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 A N1 DG 9 A DG 9 1_555 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog16 A N2 DG 9 A DG 9 1_555 A N7 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog17 A N1 DG 15 A DG 15 1_555 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 A N2 DG 15 A DG 15 1_555 A N7 DG 18 A DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 A N7 DG 15 A DG 15 1_555 A N2 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog20 A O6 DG 15 A DG 15 1_555 A N1 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 A N1 DG 16 A DG 16 1_555 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 A N2 DG 16 A DG 16 1_555 A N7 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog23 A N7 DG 16 A DG 16 1_555 A N2 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 A N1 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 A N1 DG 18 A DG 18 1_555 A O6 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 A N2 DG 18 A DG 18 1_555 A N7 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog27 A N1 DG 19 A DG 19 1_555 A O6 DG 22 A DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog28 A N2 DG 19 A DG 19 1_555 A N7 DG 22 A DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog29 A N1 DG 21 A DG 21 1_555 A O6 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog30 A N2 DG 21 A DG 21 1_555 A N7 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog31 A N1 DG 22 A DG 22 1_555 A O6 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog32 A N2 DG 22 A DG 22 1_555 A N7 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C6 H14 O2' _chem_comp.formula_weight 118.174 _chem_comp.id MPD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 MPD sing 117 n n C1 H11 MPD sing 118 n n C1 H12 MPD sing 119 n n C1 H13 MPD sing 120 n n C2 O2 MPD sing 121 n n C2 CM MPD sing 122 n n C2 C3 MPD sing 123 n n O2 HO2 MPD sing 124 n n CM HM1 MPD sing 125 n n CM HM2 MPD sing 126 n n CM HM3 MPD sing 127 n n C3 C4 MPD sing 128 n n C3 H31 MPD sing 129 n n C3 H32 MPD sing 130 n n C4 O4 MPD sing 131 n n C4 C5 MPD sing 132 n n C4 H4 MPD sing 133 n n O4 HO4 MPD sing 134 n n C5 H51 MPD sing 135 n n C5 H52 MPD sing 136 n n C5 H53 MPD sing 137 n n # _atom_sites.entry_id 9C46 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015592 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003977 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.031755 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.032762 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 K A 1 101 1 K K . C 2 K A 1 102 2 K K . D 2 K A 1 103 3 K K . E 2 K A 1 104 4 K K . F 3 NA A 1 105 1 NA NA . G 4 MPD A 1 106 101 MPD MPD . H 5 HOH A 1 201 2 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MPD . . . G 4 -9.571 -19.691 16.321 1 99.91 ? C1 MPD 106 A 1 HETATM 2 C C2 MPD . . . G 4 -8.361 -18.843 15.935 1 98.29 ? C2 MPD 106 A 1 HETATM 3 O O2 MPD . . . G 4 -8.112 -17.893 16.934 1 92.97 ? O2 MPD 106 A 1 HETATM 4 C CM MPD . . . G 4 -8.655 -18.132 14.613 1 89.43 ? CM MPD 106 A 1 HETATM 5 C C3 MPD . . . G 4 -7.139 -19.75 15.795 1 100.21 ? C3 MPD 106 A 1 HETATM 6 C C4 MPD . . . G 4 -6.049 -19.042 14.993 1 98.09 ? C4 MPD 106 A 1 HETATM 7 O O4 MPD . . . G 4 -5.132 -18.445 15.868 1 71.16 ? O4 MPD 106 A 1 HETATM 8 C C5 MPD . . . G 4 -5.339 -20.06 14.102 1 105.71 ? C5 MPD 106 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 8 #