data_9CAY # _model_server_result.job_id H-4buWI7HX7fUzuKrp14KQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 03:37:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9cay # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":702}' # _entry.id 9CAY # _exptl.entry_id 9CAY _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9CAY _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9CAY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C O3' DG 19 F DG 19 1_555 C P 2DA 20 F 2DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? metalc ? metalc1 B OD1 ASP 410 A ASP 410 1_555 D MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc2 B O PHE 411 A PHE 411 1_555 D MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc3 B OD2 ASP 579 A ASP 579 1_555 D MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc4 D MG MG . A MG 701 1_555 E O3G DGT . A DGT 702 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc5 D MG MG . A MG 701 1_555 E O2B DGT . A DGT 702 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc6 D MG MG . A MG 701 1_555 E O2A DGT . A DGT 702 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DT 10 E DT 10 1_555 C N1 2DA 20 F 2DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A O4 DT 10 E DT 10 1_555 C N6 2DA 20 F 2DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N3 DC 11 E DC 11 1_555 C N1 DG 19 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N4 DC 11 E DC 11 1_555 C O6 DG 19 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O2 DC 11 E DC 11 1_555 C N2 DG 19 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N3 DT 12 E DT 12 1_555 C N1 DA 18 F DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O4 DT 12 E DT 12 1_555 C N6 DA 18 F DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N3 DC 14 E DC 14 1_555 C N1 DG 16 F DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N4 DC 14 E DC 14 1_555 C O6 DG 16 F DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O2 DC 14 E DC 14 1_555 C N2 DG 16 F DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 DG 15 E DG 15 1_555 C N3 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 DG 15 E DG 15 1_555 C O2 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 DG 15 E DG 15 1_555 C N4 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N1 DG 16 E DG 16 1_555 C N3 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N2 DG 16 E DG 16 1_555 C O2 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O6 DG 16 E DG 16 1_555 C N4 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_1_PAIR hydrog17 A N1 DA 17 E DA 17 1_555 C N6 DA 12 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_1_PAIR hydrog18 A N6 DA 17 E DA 17 1_555 C N1 DA 12 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N1 DA 17 E DA 17 1_555 C N3 DT 13 F DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N6 DA 17 E DA 17 1_555 C O4 DT 13 F DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_18_PAIR hydrog21 A N3 DT 18 E DT 18 1_555 C N3 DC 11 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_18_PAIR hydrog22 A O4 DT 18 E DT 18 1_555 C N4 DC 11 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 DT 18 E DT 18 1_555 C N1 DA 12 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O4 DT 18 E DT 18 1_555 C N6 DA 12 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 DG 19 E DG 19 1_555 C N3 DC 11 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N2 DG 19 E DG 19 1_555 C O2 DC 11 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O6 DG 19 E DG 19 1_555 C N4 DC 11 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N3 DC 20 E DC 20 1_555 C N1 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N4 DC 20 E DC 20 1_555 C O6 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O2 DC 20 E DC 20 1_555 C N2 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N3 DC 21 E DC 21 1_555 C N1 DG 9 F DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N4 DC 21 E DC 21 1_555 C O6 DG 9 F DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O2 DC 21 E DC 21 1_555 C N2 DG 9 F DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N3 DT 22 E DT 22 1_555 C N1 DA 8 F DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O4 DT 22 E DT 22 1_555 C N6 DA 8 F DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N3 DC 23 E DC 23 1_555 C N1 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N4 DC 23 E DC 23 1_555 C O6 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O2 DC 23 E DC 23 1_555 C N2 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N1 DA 24 E DA 24 1_555 C N3 DT 6 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N6 DA 24 E DA 24 1_555 C O4 DT 6 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 DC 25 E DC 25 1_555 C N1 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N4 DC 25 E DC 25 1_555 C O6 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O2 DC 25 E DC 25 1_555 C N2 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N1 DA 26 E DA 26 1_555 C N3 DT 4 F DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N6 DA 26 E DA 26 1_555 C O4 DT 4 F DT 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 232 n n PG O2G DGT sing 233 n n O1G HO1G DGT sing 234 n n O2G HO2G DGT sing 235 n n O3G PG DGT doub 236 n n O3B PG DGT sing 237 n n PB O3B DGT sing 238 n n PB O1B DGT sing 239 n n PB O3A DGT sing 240 n n O1B HO1B DGT sing 241 n n O2B PB DGT doub 242 n n PA O3A DGT sing 243 n n PA O1A DGT sing 244 n n O1A HO1A DGT sing 245 n n O2A PA DGT doub 246 n n O5' PA DGT sing 247 n n O5' C5' DGT sing 248 n n C5' H5' DGT sing 249 n n C5' "H5'A" DGT sing 250 n n C4' C5' DGT sing 251 n n C4' H4' DGT sing 252 n n O4' C4' DGT sing 253 n n C3' C4' DGT sing 254 n n C3' O3' DGT sing 255 n n C3' H3' DGT sing 256 n n O3' HO3' DGT sing 257 n n C2' C3' DGT sing 258 n n C2' C1' DGT sing 259 n n C2' H2' DGT sing 260 n n C2' "H2'A" DGT sing 261 n n C1' O4' DGT sing 262 n n C1' H1' DGT sing 263 n n N9 C1' DGT sing 264 n n N9 C4 DGT sing 265 n y C8 N9 DGT sing 266 n y C8 H8 DGT sing 267 n n N7 C8 DGT doub 268 n y N7 C5 DGT sing 269 n y C5 C6 DGT sing 270 n n C5 C4 DGT doub 271 n y C6 N1 DGT sing 272 n n O6 C6 DGT doub 273 n n N1 C2 DGT sing 274 n n C2 N3 DGT doub 275 n n C2 N2 DGT sing 276 n n N2 HN2 DGT sing 277 n n N2 HN2A DGT sing 278 n n C4 N3 DGT sing 279 n n N1 H16 DGT sing 280 n n # _atom_sites.entry_id 9CAY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 MG A 1 701 2802 MG MG . E 5 DGT A 1 702 2801 DGT DGT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . . . E 5 98.144 92.643 100.94 1 48.64 ? PG DGT 702 A 1 HETATM 2 O O1G DGT . . . E 5 98.102 91.792 99.718 1 52.25 ? O1G DGT 702 A 1 HETATM 3 O O2G DGT . . . E 5 97.13 92.224 101.953 1 51.15 ? O2G DGT 702 A 1 HETATM 4 O O3G DGT . . . E 5 98.072 94.104 100.62 1 46.71 ? O3G DGT 702 A 1 HETATM 5 O O3B DGT . . . E 5 99.567 92.374 101.607 1 43.84 ? O3B DGT 702 A 1 HETATM 6 P PB DGT . . . E 5 100.896 93.241 101.497 1 44.48 ? PB DGT 702 A 1 HETATM 7 O O1B DGT . . . E 5 102.069 92.357 101.675 1 41.06 ? O1B DGT 702 A 1 HETATM 8 O O2B DGT . . . E 5 100.797 94.069 100.273 1 50.52 ? O2B DGT 702 A 1 HETATM 9 O O3A DGT . . . E 5 100.76 94.194 102.778 1 46.66 ? O3A DGT 702 A 1 HETATM 10 P PA DGT . . . E 5 100.304 95.704 103.1 1 45.8 ? PA DGT 702 A 1 HETATM 11 O O1A DGT . . . E 5 100.461 95.986 104.553 1 43.27 ? O1A DGT 702 A 1 HETATM 12 O O2A DGT . . . E 5 98.954 95.968 102.529 1 51.79 ? O2A DGT 702 A 1 HETATM 13 O O5' DGT . . . E 5 101.396 96.536 102.288 1 43.33 ? O5' DGT 702 A 1 HETATM 14 C C5' DGT . . . E 5 102.666 95.907 102.064 1 40.57 ? C5' DGT 702 A 1 HETATM 15 C C4' DGT . . . E 5 103.624 96.418 103.097 1 43.91 ? C4' DGT 702 A 1 HETATM 16 O O4' DGT . . . E 5 103.241 95.924 104.387 1 47.13 ? O4' DGT 702 A 1 HETATM 17 C C3' DGT . . . E 5 105.051 95.934 102.924 1 43.45 ? C3' DGT 702 A 1 HETATM 18 O O3' DGT . . . E 5 105.805 96.936 102.254 1 55.33 ? O3' DGT 702 A 1 HETATM 19 C C2' DGT . . . E 5 105.545 95.724 104.356 1 40.76 ? C2' DGT 702 A 1 HETATM 20 C C1' DGT . . . E 5 104.37 96.173 105.208 1 40.78 ? C1' DGT 702 A 1 HETATM 21 N N9 DGT . . . E 5 104.187 95.508 106.497 1 34.31 ? N9 DGT 702 A 1 HETATM 22 C C8 DGT . . . E 5 102.995 95.369 107.16 1 33.15 ? C8 DGT 702 A 1 HETATM 23 N N7 DGT . . . E 5 103.116 94.771 108.318 1 33.2 ? N7 DGT 702 A 1 HETATM 24 C C5 DGT . . . E 5 104.476 94.521 108.431 1 35.25 ? C5 DGT 702 A 1 HETATM 25 C C6 DGT . . . E 5 105.201 93.897 109.475 1 39.12 ? C6 DGT 702 A 1 HETATM 26 O O6 DGT . . . E 5 104.767 93.432 110.537 1 40.06 ? O6 DGT 702 A 1 HETATM 27 N N1 DGT . . . E 5 106.565 93.842 109.186 1 37.54 ? N1 DGT 702 A 1 HETATM 28 C C2 DGT . . . E 5 107.155 94.331 108.049 1 34.81 ? C2 DGT 702 A 1 HETATM 29 N N2 DGT . . . E 5 108.483 94.199 107.946 1 36.17 ? N2 DGT 702 A 1 HETATM 30 N N3 DGT . . . E 5 106.478 94.922 107.072 1 32.87 ? N3 DGT 702 A 1 HETATM 31 C C4 DGT . . . E 5 105.149 94.977 107.322 1 33.54 ? C4 DGT 702 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #