data_9CDN # _model_server_result.job_id Wg9fxsMPtXUotVeA0ev9nA _model_server_result.datetime_utc '2025-09-10 02:15:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9cdn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"VB","auth_seq_id":502}' # _entry.id 9CDN # _exptl.entry_id 9CDN _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 59 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9CDN _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9CDN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 67-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 67 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 59 VB N N ? 59 XB N N ? 59 YB N N ? 59 ZB N N ? 59 FC N N ? 59 GC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 37 0 CYS 37 1_555 A SG CYS 81 0 CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf2 C SG CYS 242 2 CYS 238 1_555 C SG CYS 247 2 CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 247 2 CYS 243 1_555 C SG CYS 263 2 CYS 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? disulf ? disulf4 C SG CYS 261 2 CYS 257 1_555 C SG CYS 263 2 CYS 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 242 4 CYS 238 1_555 E SG CYS 261 4 CYS 257 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf6 Q SG CYS 33 h CYS 33 1_555 Q SG CYS 66 h CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 Q SG CYS 43 h CYS 43 1_555 Q SG CYS 56 h CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf8 RA SG CYS 255 U CYS 255 1_555 RA SG CYS 280 U CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf9 SA SG CYS 95 V CYS 95 1_555 SA SG CYS 115 V CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf10 YA SG CYS 123 s CYS 123 1_555 YA SG CYS 133 s CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 YA SG CYS 155 s CYS 155 1_555 YA SG CYS 187 s CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 YA SG CYS 165 s CYS 165 1_555 YA SG CYS 177 s CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf13 ZA SG CYS 59 t CYS 59 1_555 ZA SG CYS 90 t CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf14 ZA SG CYS 69 t CYS 69 1_555 ZA SG CYS 80 t CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf15 MB SG CYS 37 Ab CYS 37 1_555 MB SG CYS 43 Ab CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? covale ? covale1 H SG CYS 125 8 CYS 125 1_555 TB CAC HEC . 8 HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.796 ? covale ? covale2 DB SG CYS 122 x CYS 122 1_555 EC CAB HEC . x HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 DB SG CYS 125 x CYS 125 1_555 EC CAC HEC . x HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.768 ? metalc ? metalc1 C SG CYS 242 2 CYS 238 1_555 PB FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? metalc ? metalc2 C ND1 HIS 244 2 HIS 240 1_555 PB FE2 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc3 C SG CYS 247 2 CYS 243 1_555 PB FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc4 C SG CYS 261 2 CYS 257 1_555 PB FE1 FES . 2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 263 4 CYS 259 1_555 QB FE1 FES . 4 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc6 E ND1 HIS 264 4 HIS 260 1_555 QB FE1 FES . 4 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.778 ? metalc ? metalc7 G NE2 HIS 83 7 HIS 83 1_555 RB FE HEM . 7 HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc8 G NE2 HIS 182 7 HIS 182 1_555 RB FE HEM . 7 HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc9 H NE2 HIS 126 8 HIS 126 1_555 TB FE HEC . 8 HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc10 AA SG CYS 385 B CYS 385 1_555 VB FE4 SF4 . B SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc11 AA SG CYS 425 B CYS 425 1_555 VB FE1 SF4 . B SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc12 DA SG CYS 135 E CYS 135 1_555 WB FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc13 DA SG CYS 140 E CYS 140 1_555 WB FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc14 DA SG CYS 176 E CYS 176 1_555 WB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc15 DA SG CYS 180 E CYS 180 1_555 WB FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc16 FA SG CYS 119 H CYS 119 1_555 YB FE2 SF4 . H SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? metalc ? metalc17 FA SG CYS 123 H CYS 123 1_555 XB FE2 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc18 FA SG CYS 152 H CYS 152 1_555 XB FE1 SF4 . H SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc19 GA SG CYS 71 I CYS 71 1_555 ZB FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc20 GA SG CYS 72 I CYS 72 1_555 ZB FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc21 GA SG CYS 136 I CYS 136 1_555 ZB FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc22 GA SG CYS 166 I CYS 166 1_555 ZB FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc23 CB NE2 HIS 83 w HIS 83 1_555 DC FE HEM . w HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc24 CB NE2 HIS 182 w HIS 182 1_555 DC FE HEM . w HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc25 DB NE2 HIS 126 x HIS 126 1_555 EC FE HEC . x HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.823 ? metalc ? metalc26 HB SG CYS 64 G CYS 64 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc27 HB N CYS 75 G CYS 75 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc28 HB SG CYS 75 G CYS 75 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc29 HB N ARG 76 G ARG 76 1_555 HC FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc30 HB SG CYS 78 G CYS 78 1_555 HC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc31 HB SG CYS 92 G CYS 92 1_555 HC FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc32 HB NE2 HIS 124 G HIS 124 1_555 FC FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc33 HB SG CYS 128 G CYS 128 1_555 FC FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc34 HB SG CYS 131 G CYS 131 1_555 FC FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc35 HB SG CYS 137 G CYS 137 1_555 FC FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc36 HB SG CYS 176 G CYS 176 1_555 GC FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc37 HB SG CYS 179 G CYS 179 1_555 GC FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc38 HB SG CYS 182 G CYS 182 1_555 GC FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc39 HB SG CYS 226 G CYS 226 1_555 GC FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 594 n n FE1 S3 SF4 sing 595 n n FE1 S4 SF4 sing 596 n n FE2 S1 SF4 sing 597 n n FE2 S3 SF4 sing 598 n n FE2 S4 SF4 sing 599 n n FE3 S1 SF4 sing 600 n n FE3 S2 SF4 sing 601 n n FE3 S4 SF4 sing 602 n n FE4 S1 SF4 sing 603 n n FE4 S2 SF4 sing 604 n n FE4 S3 SF4 sing 605 n n # _atom_sites.entry_id 9CDN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code PB 55 FES 2 1 301 304 FES FES . QB 55 FES 4 1 301 305 FES FES . RB 56 HEM 7 1 401 403 HEM HEM . SB 56 HEM 7 1 402 404 HEM HEM . TB 57 HEC 8 1 401 402 HEC HEC . UB 58 FMN B 1 501 501 FMN FMN . VB 59 SF4 B 1 502 502 SF4 SF4 . WB 55 FES E 1 301 301 FES FES . XB 59 SF4 H 1 301 301 SF4 SF4 . YB 59 SF4 H 1 302 302 SF4 SF4 . ZB 59 SF4 I 1 201 201 SF4 SF4 . AC 60 NDP L 1 401 401 NDP NDP . BC 61 ZMP Q 1 201 204 ZMP ZMP . CC 56 HEM w 1 401 406 HEM HEM . DC 56 HEM w 1 402 407 HEM HEM . EC 57 HEC x 1 401 408 HEC HEC . FC 59 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . GC 59 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . HC 55 FES G 1 803 803 FES FES . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . VB 59 313.951 259.031 145.83 1 20 ? FE1 SF4 502 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . VB 59 312.861 258.977 148.345 1 20 ? FE2 SF4 502 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . VB 59 312.37 256.935 146.598 1 20 ? FE3 SF4 502 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . VB 59 311.258 259.394 146.179 1 20 ? FE4 SF4 502 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . VB 59 310.857 257.992 147.933 1 20 ? S1 SF4 502 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . VB 59 312.272 258.076 144.627 1 20 ? S2 SF4 502 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . VB 59 312.923 260.747 146.911 1 20 ? S3 SF4 502 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . VB 59 314.378 257.518 147.483 1 20 ? S4 SF4 502 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 147 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 123 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 8 #