data_9CIP # _model_server_result.job_id eQ9yi6B1mbsQnNCmh0bLHg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-14 06:20:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9cip # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":601}' # _entry.id 9CIP # _exptl.entry_id 9CIP _exptl.method 'ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9CIP _cell.length_a 65.79 _cell.length_b 106.07 _cell.length_c 149.28 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9CIP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2 2ab (z,x,y)' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 2 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,J 1 1 B,F,G,H,I,K 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 65 A ASP 65 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 96 A ASP 96 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 144 A GLU 144 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? metalc ? metalc4 A O ALA 145 A ALA 145 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 195 A ASP 195 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 195 A ASP 195 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc7 A OG SER 197 A SER 197 1_555 C NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc8 A O ASP 285 A ASP 285 1_555 D NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 293 A GLU 293 1_555 D NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 312 A GLU 312 1_555 D NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 316 A ASP 316 1_555 D NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.718 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 316 A ASP 316 1_555 D NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 508 A ASP 508 1_555 E NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.133 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 508 A ASP 508 1_555 E NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 512 A ASP 512 1_555 E NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc16 A O GLY 519 A GLY 519 1_555 E NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASN 522 A ASN 522 1_555 E NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc18 A O TYR 524 A TYR 524 1_555 E NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 65 B ASP 65 1_555 F NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 65 B ASP 65 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 96 B ASP 96 1_555 F NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc22 B OD2 ASP 96 B ASP 96 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc23 B O ARG 97 B ARG 97 1_555 F NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc24 B O SER 113 B SER 113 1_555 F NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc25 B OE1 GLU 144 B GLU 144 1_555 F NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.177 ? metalc ? metalc26 B OE2 GLU 144 B GLU 144 1_555 F NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc27 B OE2 GLU 144 B GLU 144 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc28 B O ALA 145 B ALA 145 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 195 B ASP 195 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 195 B ASP 195 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc31 B OG SER 197 B SER 197 1_555 I NA NA . B NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc32 B O ASP 285 B ASP 285 1_555 G NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc33 B OE2 GLU 293 B GLU 293 1_555 G NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? metalc ? metalc34 B OE2 GLU 312 B GLU 312 1_555 G NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc35 B OD1 ASP 316 B ASP 316 1_555 G NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc36 B OD2 ASP 316 B ASP 316 1_555 G NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc37 B OD1 ASP 508 B ASP 508 1_555 H NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? metalc ? metalc38 B OD2 ASP 508 B ASP 508 1_555 H NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc39 B OD2 ASP 512 B ASP 512 1_555 H NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc40 B O GLY 519 B GLY 519 1_555 H NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc41 B OD1 ASN 522 B ASN 522 1_555 H NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc42 B O TYR 524 B TYR 524 1_555 H NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9CIP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.0152 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009428 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006699 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 NA A 1 601 3 NA NA . D 2 NA A 1 602 4 NA NA . E 2 NA A 1 603 6 NA NA . F 2 NA B 1 601 1 NA NA . G 2 NA B 1 602 2 NA NA . H 2 NA B 1 603 5 NA NA . I 2 NA B 1 604 7 NA NA . J 3 HOH A 1 701 1 HOH HOH . J 3 HOH A 2 702 3 HOH HOH . J 3 HOH A 3 703 6 HOH HOH . J 3 HOH A 4 704 2 HOH HOH . J 3 HOH A 5 705 5 HOH HOH . K 3 HOH B 1 701 4 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 31.052 _atom_site.Cartn_y 45.487 _atom_site.Cartn_z -12.072 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 25.6 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 279 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #