data_9CPC
#
_model_server_result.job_id            bnbqI2Sd-dkkPOHmlUM2Fw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-06 21:33:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9cpc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"NT","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    9CPC 
#
_exptl.entry_id    9CPC 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              443.201 
_entity.id                          43 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    133 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    377-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      377 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH,NH,OH,PH,QH,RH,SH,TH,UH,VH,WH,XH,YH,ZH,AI,BI,CI,DI,EI,FI,GI,HI,II,JI,KI,LI,MI,NI,OI,PI,QI,RI,SI,TI,UI,VI,WI,XI,YI,ZI,AJ,BJ,CJ,DJ,EJ,FJ,GJ,HJ,IJ,JJ,KJ,LJ,MJ,NJ,OJ,PJ,QJ,RJ,SJ,TJ,UJ,VJ,WJ,XJ,YJ,ZJ,AK,BK,CK,DK,EK,FK,GK,HK,IK,JK,KK,LK,MK,NK,OK,PK,QK,RK,SK,TK,UK,VK,WK,XK,YK,ZK,AL,BL,CL,DL,EL,FL,GL,HL,IL,JL,KL,LL,ML,NL,OL,PL,QL,RL,SL,TL,UL,VL,WL,XL,YL,ZL,AM,BM,CM,DM,EM,FM,GM,HM,IM,JM,KM,LM,MM,NM,OM,PM,QM,RM,SM,TM,UM,VM,WM,XM,YM,ZM,AN,BN,CN,DN,EN,FN,GN,HN,IN,JN,KN,LN,MN,NN,ON,PN,QN,RN,SN,TN,UN,VN,WN,XN,YN,ZN,AO,BO,CO,DO,EO,FO,GO,HO,IO,JO,KO,LO,MO,NO,OO,PO,QO,RO,SO,TO,UO,VO,WO,XO,YO,ZO,AP,BP,CP,DP,EP,FP,GP,HP,IP,JP,KP,LP,MP,NP,OP,PP,QP,RP,SP,TP,UP,VP,WP,XP,YP,ZP,AQ,BQ,CQ,DQ,EQ,FQ,GQ,HQ,IQ,JQ,KQ,LQ,MQ,NQ,OQ,PQ,QQ,RQ,SQ,TQ,UQ,VQ,WQ,XQ,YQ,ZQ,AR,BR,CR,DR,ER,FR,GR,HR,IR,JR,KR,LR,MR,NR,OR,PR,QR,RR,SR,TR,UR,VR,WR,XR,YR,ZR,AS,BS,CS,DS,ES,FS,GS,HS,IS,JS,KS,LS,MS,NS,OS,PS,QS,RS,SS,TS,US,VS,WS,XS,YS,ZS,AT,BT,CT,DT,ET,FT,GT,HT,IT,JT,KT,LT,MT,NT,OT,PT,QT,RT,ST,TT,UT,VT,WT,XT,YT,ZT,AU,BU,CU,DU,EU,FU,GU,HU,IU,JU,KU,LU,MU,NU,OU,PU,QU,RU,SU,TU,UU,VU,WU,XU,YU,ZU,AV,BV,CV,DV,EV,FV,GV,HV,IV,JV,KV,LV,MV,NV,OV,PV,QV,RV,SV,TV,UV,VV,WV,XV,YV,ZV,AW,BW,CW,DW,EW,FW,GW,HW,IW,JW,KW,LW,MW,NW,OW,PW,QW,RW,SW,TW,UW,VW,WW,XW,YW,ZW,AX,BX,CX,DX,EX,FX,GX,HX,IX,JX,KX,LX,MX,NX,OX,PX,QX,RX,SX,TX,UX,VX 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 43 ON N N 
? 43 TN N N 
? 43 UN N N 
? 43 VN N N 
? 43 WN N N 
? 43 XN N N 
? 43 ZN N N 
? 43 FO N N 
? 43 GO N N 
? 43 HO N N 
? 43 IO N N 
? 43 JO N N 
? 43 LO N N 
? 43 RO N N 
? 43 SO N N 
? 43 TO N N 
? 43 UO N N 
? 43 VO N N 
? 43 XO N N 
? 43 DP N N 
? 43 EP N N 
? 43 FP N N 
? 43 GP N N 
? 43 HP N N 
? 43 JP N N 
? 43 PP N N 
? 43 QP N N 
? 43 RP N N 
? 43 SP N N 
? 43 TP N N 
? 43 UP N N 
? 43 ZP N N 
? 43 BQ N N 
? 43 DQ N N 
? 43 EQ N N 
? 43 GQ N N 
? 43 LQ N N 
? 43 MQ N N 
? 43 NQ N N 
? 43 PQ N N 
? 43 RQ N N 
? 43 WQ N N 
? 43 XQ N N 
? 43 YQ N N 
? 43 AR N N 
? 43 BR N N 
? 43 DR N N 
? 43 JR N N 
? 43 KR N N 
? 43 LR N N 
? 43 MR N N 
? 43 NR N N 
? 43 PR N N 
? 43 UR N N 
? 43 VR N N 
? 43 WR N N 
? 43 YR N N 
? 43 ZR N N 
? 43 DS N N 
? 43 FS N N 
? 43 HS N N 
? 43 JS N N 
? 43 KS N N 
? 43 MS N N 
? 43 QS N N 
? 43 SS N N 
? 43 TS N N 
? 43 VS N N 
? 43 WS N N 
? 43 XS N N 
? 43 CT N N 
? 43 ET N N 
? 43 GT N N 
? 43 HT N N 
? 43 IT N N 
? 43 JT N N 
? 43 NT N N 
? 43 PT N N 
? 43 RT N N 
? 43 TT N N 
? 43 UT N N 
? 43 VT N N 
? 43 ZT N N 
? 43 BU N N 
? 43 DU N N 
? 43 FU N N 
? 43 GU N N 
? 43 HU N N 
? 43 LU N N 
? 43 NU N N 
? 43 PU N N 
? 43 RU N N 
? 43 SU N N 
? 43 TU N N 
? 43 XU N N 
? 43 YU N N 
? 43 AV N N 
? 43 CV N N 
? 43 DV N N 
? 43 EV N N 
? 43 IV N N 
? 43 JV N N 
? 43 LV N N 
? 43 NV N N 
? 43 PV N N 
? 43 QV N N 
? 43 UV N N 
? 43 WV N N 
? 43 YV N N 
? 43 ZV N N 
? 43 BW N N 
? 43 CW N N 
? 43 IW N N 
? 43 JW N N 
? 43 LW N N 
? 43 MW N N 
? 43 NW N N 
? 43 PW N N 
? 43 UW N N 
? 43 VW N N 
? 43 XW N N 
? 43 YW N N 
? 43 AX N N 
? 43 EX N N 
? 43 FX N N 
? 43 HX N N 
? 43 JX N N 
? 43 LX N N 
? 43 QX N N 
? 43 RX N N 
? 43 TX N N 
? 43 UX N N 
? 43 VX N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 XC SG CYS 34 6F CYS 34 1_555 XC SG CYS 59 6F CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf2 YC SG CYS 34 6G CYS 34 1_555 YC SG CYS 59 6G CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf3 ZC SG CYS 34 6H CYS 34 1_555 ZC SG CYS 59 6H CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf4 AD SG CYS 34 6I CYS 34 1_555 AD SG CYS 59 6I CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf5 BD SG CYS 34 6J CYS 34 1_555 BD SG CYS 59 6J CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf6 CD SG CYS 34 6K CYS 34 1_555 CD SG CYS 59 6K CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 83 n n 
PB O2B GDP sing 84 n n 
PB O3B GDP sing 85 n n 
PB O3A GDP sing 86 n n 
O2B HOB2 GDP sing 87 n n 
O3B HOB3 GDP sing 88 n n 
O3A PA GDP sing 89 n n 
PA O1A GDP doub 90 n n 
PA O2A GDP sing 91 n n 
PA O5' GDP sing 92 n n 
O2A HOA2 GDP sing 93 n n 
O5' C5' GDP sing 94 n n 
C5' C4' GDP sing 95 n n 
C5' H5' GDP sing 96 n n 
C5' "H5''" GDP sing 97 n n 
C4' O4' GDP sing 98 n n 
C4' C3' GDP sing 99 n n 
C4' H4' GDP sing 100 n n 
O4' C1' GDP sing 101 n n 
C3' O3' GDP sing 102 n n 
C3' C2' GDP sing 103 n n 
C3' H3' GDP sing 104 n n 
O3' HO3' GDP sing 105 n n 
C2' O2' GDP sing 106 n n 
C2' C1' GDP sing 107 n n 
C2' H2' GDP sing 108 n n 
O2' HO2' GDP sing 109 n n 
C1' N9 GDP sing 110 n n 
C1' H1' GDP sing 111 n n 
N9 C8 GDP sing 112 n y 
N9 C4 GDP sing 113 n y 
C8 N7 GDP doub 114 n y 
C8 H8 GDP sing 115 n n 
N7 C5 GDP sing 116 n y 
C5 C6 GDP sing 117 n n 
C5 C4 GDP doub 118 n y 
C6 O6 GDP doub 119 n n 
C6 N1 GDP sing 120 n n 
N1 C2 GDP sing 121 n n 
N1 HN1 GDP sing 122 n n 
C2 N2 GDP sing 123 n n 
C2 N3 GDP doub 124 n n 
N2 HN21 GDP sing 125 n n 
N2 HN22 GDP sing 126 n n 
N3 C4 GDP sing 127 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9CPC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
NN 42 GTP AA 1 501 501 GTP GTP . 
ON 43 GDP AB 1 501 501 GDP GDP . 
PN 42 GTP AE 1 501 501 GTP GTP . 
QN 42 GTP AF 1 501 501 GTP GTP . 
RN 42 GTP AG 1 501 501 GTP GTP . 
SN 42 GTP AH 1 501 501 GTP GTP . 
TN 43 GDP AL 1 501 501 GDP GDP . 
UN 43 GDP AM 1 501 501 GDP GDP . 
VN 43 GDP AN 1 501 501 GDP GDP . 
WN 43 GDP AO 1 501 501 GDP GDP . 
XN 43 GDP AP 1 501 501 GDP GDP . 
YN 42 GTP BA 1 501 501 GTP GTP . 
ZN 43 GDP BB 1 501 501 GDP GDP . 
AO 42 GTP BF 1 501 501 GTP GTP . 
BO 42 GTP BG 1 501 501 GTP GTP . 
CO 42 GTP BH 1 501 501 GTP GTP . 
DO 42 GTP BI 1 501 501 GTP GTP . 
EO 42 GTP BL 1 501 501 GTP GTP . 
FO 43 GDP BL 1 502 501 GDP GDP . 
GO 43 GDP BM 1 501 501 GDP GDP . 
HO 43 GDP BN 1 501 501 GDP GDP . 
IO 43 GDP BO 1 501 501 GDP GDP . 
JO 43 GDP BP 1 501 501 GDP GDP . 
KO 42 GTP CA 1 501 501 GTP GTP . 
LO 43 GDP CB 1 501 501 GDP GDP . 
MO 42 GTP CE 1 501 501 GTP GTP . 
NO 42 GTP CF 1 501 501 GTP GTP . 
OO 42 GTP CG 1 501 501 GTP GTP . 
PO 42 GTP CH 1 501 501 GTP GTP . 
QO 42 GTP CI 1 501 501 GTP GTP . 
RO 43 GDP CL 1 501 501 GDP GDP . 
SO 43 GDP CM 1 501 501 GDP GDP . 
TO 43 GDP CN 1 501 501 GDP GDP . 
UO 43 GDP CO 1 501 501 GDP GDP . 
VO 43 GDP CP 1 501 501 GDP GDP . 
WO 42 GTP DA 1 501 501 GTP GTP . 
XO 43 GDP DB 1 501 501 GDP GDP . 
YO 42 GTP DE 1 501 501 GTP GTP . 
ZO 42 GTP DF 1 501 501 GTP GTP . 
AP 42 GTP DG 1 501 501 GTP GTP . 
BP 42 GTP DH 1 501 501 GTP GTP . 
CP 42 GTP DI 1 501 501 GTP GTP . 
DP 43 GDP DL 1 501 501 GDP GDP . 
EP 43 GDP DM 1 501 501 GDP GDP . 
FP 43 GDP DN 1 501 501 GDP GDP . 
GP 43 GDP DO 1 501 501 GDP GDP . 
HP 43 GDP DP 1 501 501 GDP GDP . 
IP 42 GTP EA 1 501 501 GTP GTP . 
JP 43 GDP EB 1 501 501 GDP GDP . 
KP 42 GTP EF 1 501 501 GTP GTP . 
LP 42 GTP EG 1 501 501 GTP GTP . 
MP 42 GTP EH 1 501 501 GTP GTP . 
NP 42 GTP EI 1 501 501 GTP GTP . 
OP 42 GTP EL 1 501 501 GTP GTP . 
PP 43 GDP EL 1 502 501 GDP GDP . 
QP 43 GDP EM 1 501 501 GDP GDP . 
RP 43 GDP EN 1 501 501 GDP GDP . 
SP 43 GDP EO 1 501 501 GDP GDP . 
TP 43 GDP EP 1 501 501 GDP GDP . 
UP 43 GDP FB 1 501 501 GDP GDP . 
VP 42 GTP FB 1 502 501 GTP GTP . 
WP 42 GTP FE 1 501 501 GTP GTP . 
XP 42 GTP FI 1 501 501 GTP GTP . 
YP 42 GTP FM 1 501 501 GTP GTP . 
ZP 43 GDP FM 1 502 501 GDP GDP . 
AQ 42 GTP FN 1 501 501 GTP GTP . 
BQ 43 GDP FN 1 502 501 GDP GDP . 
CQ 42 GTP FO 1 501 501 GTP GTP . 
DQ 43 GDP FO 1 502 501 GDP GDP . 
EQ 43 GDP FP 1 501 501 GDP GDP . 
FQ 42 GTP GA 1 501 501 GTP GTP . 
GQ 43 GDP GB 1 501 501 GDP GDP . 
HQ 42 GTP GB 1 502 501 GTP GTP . 
IQ 42 GTP GE 1 501 501 GTP GTP . 
JQ 42 GTP GF 1 501 501 GTP GTP . 
KQ 42 GTP GH 1 501 501 GTP GTP . 
LQ 43 GDP GM 1 501 501 GDP GDP . 
MQ 43 GDP GN 1 501 501 GDP GDP . 
NQ 43 GDP GO 1 501 501 GDP GDP . 
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PQ 43 GDP GP 1 502 501 GDP GDP . 
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SQ 42 GTP HB 1 502 501 GTP GTP . 
TQ 42 GTP HE 1 501 501 GTP GTP . 
UQ 42 GTP HH 1 501 501 GTP GTP . 
VQ 42 GTP HM 1 501 501 GTP GTP . 
WQ 43 GDP HM 1 502 501 GDP GDP . 
XQ 43 GDP HN 1 501 501 GDP GDP . 
YQ 43 GDP HO 1 501 501 GDP GDP . 
ZQ 42 GTP HP 1 501 501 GTP GTP . 
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