data_9CTR
#
_model_server_result.job_id            keZfhxYsGqBLlAmDFzzDxQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-21 11:46:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9ctr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    9CTR 
#
_exptl.entry_id    9CTR 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              103.12 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9CTR 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9CTR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 K N N 
? 3 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ALA 9 B ALA 10 1_555 J CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc2 A O GLN 292 B GLN 293 1_555 F CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? 
metalc ? metalc3 A O ASN 295 B ASN 296 1_555 F CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 300 B ASP 301 1_555 F CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 303 B ASP 304 1_555 F CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 303 B ASP 304 1_555 F CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc7 F CA CA . B CA 601 1_555 E O ALA 9 C ALA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc8 B O ALA 9 E ALA 10 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc9 B O GLN 292 E GLN 293 1_555 I CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? 
metalc ? metalc10 B O ASN 295 E ASN 296 1_555 I CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc11 B OD2 ASP 300 E ASP 301 1_555 I CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc12 B OD1 ASP 303 E ASP 304 1_555 I CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 303 E ASP 304 1_555 I CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc14 I CA CA . E CA 601 1_555 C O ALA 9 A ALA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc15 C O GLN 292 A GLN 293 1_555 J CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc16 C O ASN 295 A ASN 296 1_555 J CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc17 C OD2 ASP 300 A ASP 301 1_555 J CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASP 303 A ASP 304 1_555 J CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 303 A ASP 304 1_555 J CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc20 D O ALA 9 D ALA 10 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? 
metalc ? metalc21 D O GLN 292 D GLN 293 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? 
metalc ? metalc22 D O ASN 295 D ASN 296 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc23 D OD2 ASP 300 D ASP 301 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc24 D OD1 ASP 303 D ASP 304 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? 
metalc ? metalc25 D OD2 ASP 303 D ASP 304 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc26 E O GLN 292 C GLN 293 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc27 E O ASN 295 C ASN 296 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc28 E OD2 ASP 300 C ASP 301 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc29 E OD1 ASP 303 C ASP 304 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc30 E OD2 ASP 303 C ASP 304 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H9 N O2' 
_chem_comp.formula_weight    103.12 
_chem_comp.id                ABU 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CD ABU sing 1 n n 
N H ABU sing 2 n n 
N H2 ABU sing 3 n n 
CD CB ABU sing 4 n n 
CD HA1 ABU sing 5 n n 
CD HA2 ABU sing 6 n n 
CB CG ABU sing 7 n n 
CB HB1 ABU sing 8 n n 
CB HB2 ABU sing 9 n n 
CG C ABU sing 10 n n 
CG HG1 ABU sing 11 n n 
CG HG2 ABU sing 12 n n 
C O ABU doub 13 n n 
C OXT ABU sing 14 n n 
OXT HXT ABU sing 15 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9CTR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 CA B 1 601 602 CA CA . 
G 3 ABU B 1 602 611 ABU ABU . 
H 3 ABU B 1 603 611 ABU ABU . 
I 2 CA E 1 601 602 CA CA . 
J 2 CA A 1 601 602 CA CA . 
K 3 ABU A 1 602 611 ABU ABU . 
L 2 CA D 1 601 602 CA CA . 
M 3 ABU D 1 602 611 ABU ABU . 
N 2 CA C 1 601 602 CA CA . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N ABU . . . M 3 150.985 160.114 136.676 1 65.45 ? N ABU 602 D 1 
HETATM 2 C CD ABU . . . M 3 150.116 160.082 137.825 1 63.86 ? CD ABU 602 D 1 
HETATM 3 C CB ABU . . . M 3 150.76 159.166 138.83 1 66.62 ? CB ABU 602 D 1 
HETATM 4 C CG ABU . . . M 3 149.8 158.814 139.954 1 65.33 ? CG ABU 602 D 1 
HETATM 5 C C ABU . . . M 3 150.536 157.82 140.849 1 68.09 ? C ABU 602 D 1 
HETATM 6 O O ABU . . . M 3 151.659 158.128 141.317 1 68.62 ? O ABU 602 D 1 
HETATM 7 O OXT ABU . . . M 3 150.041 156.695 141.104 1 66.11 ? OXT ABU 602 D 1 
HETATM 8 H H ABU . . . M 3 151.674 160.829 136.798 1 64.23 ? H ABU 602 D 1 
HETATM 9 H H2 ABU . . . M 3 150.44 160.307 135.859 1 64.61 ? H2 ABU 602 D 1 
HETATM 10 H HA1 ABU . . . M 3 149.143 159.692 137.548 1 64.3 ? HA1 ABU 602 D 1 
HETATM 11 H HA2 ABU . . . M 3 150.014 161.074 138.244 1 63.16 ? HA2 ABU 602 D 1 
HETATM 12 H HB1 ABU . . . M 3 151.632 159.658 139.241 1 64.16 ? HB1 ABU 602 D 1 
HETATM 13 H HB2 ABU . . . M 3 151.065 158.254 138.333 1 64.15 ? HB2 ABU 602 D 1 
HETATM 14 H HG1 ABU . . . M 3 148.906 158.358 139.545 1 63.48 ? HG1 ABU 602 D 1 
HETATM 15 H HG2 ABU . . . M 3 149.545 159.707 140.509 1 63.93 ? HG2 ABU 602 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              21 
_model_server_stats.parse_time_ms           17 
_model_server_stats.create_model_time_ms    58 
_model_server_stats.query_time_ms           296 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           15 
#