data_9D4T # _model_server_result.job_id vrhJPQg60Io34OX2EDaxxA _model_server_result.datetime_utc '2025-09-05 00:08:07' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9d4t # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KA","auth_seq_id":1409}' # _entry.id 9D4T # _exptl.entry_id 9D4T _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 36 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9D4T _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9D4T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 P N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 S N N ? 4 T N N ? 4 U N N ? 4 V N N ? 4 W N N ? 4 X N N ? 4 Y N N ? 4 Z N N ? 4 AA N N ? 4 BA N N ? 4 CA N N ? 4 DA N N ? 4 EA N N ? 4 FA N N ? 4 GA N N ? 4 HA N N ? 4 IA N N ? 4 JA N N ? 4 KA N N ? 4 LA N N ? 4 MA N N ? 4 NA N N ? 4 OA N N ? 4 PA N N ? 4 QA N N ? 4 RA N N ? 4 SA N N ? 4 TA N N ? 4 UA N N ? 4 VA N N ? 4 WA N N ? 4 XA N N ? 4 YA N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n D NAG 1 D 1 NAG A 1409 NAG 2 n D NAG 2 D 2 NAG A 1410 NAG 3 n E NAG 1 E 1 NAG A 1413 NAG 3 n E NAG 2 E 2 NAG A 1414 NAG 3 n E BMA 3 E 3 BMA A 1415 BMA 2 n F NAG 1 F 1 NAG A 1418 NAG 2 n F NAG 2 F 2 NAG A 1419 NAG 2 n G NAG 1 G 1 NAG A 1422 NAG 2 n G NAG 2 G 2 NAG A 1423 NAG 2 n H NAG 1 H 1 NAG B 1409 NAG 2 n H NAG 2 H 2 NAG B 1410 NAG 3 n I NAG 1 I 1 NAG B 1413 NAG 3 n I NAG 2 I 2 NAG B 1414 NAG 3 n I BMA 3 I 3 BMA B 1415 BMA 2 n J NAG 1 J 1 NAG B 1418 NAG 2 n J NAG 2 J 2 NAG B 1419 NAG 2 n K NAG 1 K 1 NAG B 1422 NAG 2 n K NAG 2 K 2 NAG B 1423 NAG 2 n L NAG 1 L 1 NAG C 1409 NAG 2 n L NAG 2 L 2 NAG C 1410 NAG 3 n M NAG 1 M 1 NAG C 1413 NAG 3 n M NAG 2 M 2 NAG C 1414 NAG 3 n M BMA 3 M 3 BMA C 1415 BMA 2 n N NAG 1 N 1 NAG C 1418 NAG 2 n N NAG 2 N 2 NAG C 1419 NAG 2 n O NAG 1 O 1 NAG C 1422 NAG 2 n O NAG 2 O 2 NAG C 1423 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 11 A CYS 34 1_555 A SG CYS 180 A CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 161 A CYS 184 1_555 A SG CYS 199 A CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 170 A CYS 193 1_555 A SG CYS 223 A CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 325 A CYS 348 1_555 A SG CYS 335 A CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 369 A CYS 392 1_555 A SG CYS 393 A CYS 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 411 A CYS 434 1_555 A SG CYS 464 A CYS 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 423 A CYS 446 1_555 A SG CYS 566 A CYS 589 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 489 A CYS 512 1_555 A SG CYS 510 A CYS 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 584 A CYS 607 1_555 A SG CYS 635 A CYS 658 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 A SG CYS 601 A CYS 624 1_555 A SG CYS 631 A CYS 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 A SG CYS 660 A CYS 683 1_555 A SG CYS 693 A CYS 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf12 A SG CYS 707 A CYS 730 1_555 A SG CYS 716 A CYS 739 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf13 A SG CYS 786 A CYS 809 1_555 A SG CYS 808 A CYS 831 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf14 A SG CYS 791 A CYS 814 1_555 A SG CYS 797 A CYS 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf15 A SG CYS 892 A CYS 915 1_555 A SG CYS 905 A CYS 928 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf16 A SG CYS 1086 A CYS 1109 1_555 A SG CYS 1097 A CYS 1120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 A SG CYS 1136 A CYS 1159 1_555 A SG CYS 1144 A CYS 1167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 11 B CYS 34 1_555 B SG CYS 180 B CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 161 B CYS 184 1_555 B SG CYS 199 B CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 170 B CYS 193 1_555 B SG CYS 223 B CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 325 B CYS 348 1_555 B SG CYS 335 B CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 369 B CYS 392 1_555 B SG CYS 393 B CYS 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 411 B CYS 434 1_555 B SG CYS 464 B CYS 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 423 B CYS 446 1_555 B SG CYS 566 B CYS 589 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 489 B CYS 512 1_555 B SG CYS 510 B CYS 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf26 B SG CYS 584 B CYS 607 1_555 B SG CYS 635 B CYS 658 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf27 B SG CYS 601 B CYS 624 1_555 B SG CYS 631 B CYS 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf28 B SG CYS 660 B CYS 683 1_555 B SG CYS 693 B CYS 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf29 B SG CYS 707 B CYS 730 1_555 B SG CYS 716 B CYS 739 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf30 B SG CYS 786 B CYS 809 1_555 B SG CYS 808 B CYS 831 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf31 B SG CYS 791 B CYS 814 1_555 B SG CYS 797 B CYS 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf32 B SG CYS 892 B CYS 915 1_555 B SG CYS 905 B CYS 928 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf33 B SG CYS 1086 B CYS 1109 1_555 B SG CYS 1097 B CYS 1120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf34 B SG CYS 1136 B CYS 1159 1_555 B SG CYS 1144 B CYS 1167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf35 C SG CYS 11 C CYS 34 1_555 C SG CYS 180 C CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf36 C SG CYS 161 C CYS 184 1_555 C SG CYS 199 C CYS 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf37 C SG CYS 170 C CYS 193 1_555 C SG CYS 223 C CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf38 C SG CYS 325 C CYS 348 1_555 C SG CYS 335 C CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf39 C SG CYS 369 C CYS 392 1_555 C SG CYS 393 C CYS 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf40 C SG CYS 411 C CYS 434 1_555 C SG CYS 464 C CYS 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf41 C SG CYS 423 C CYS 446 1_555 C SG CYS 566 C CYS 589 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf42 C SG CYS 489 C CYS 512 1_555 C SG CYS 510 C CYS 533 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf43 C SG CYS 584 C CYS 607 1_555 C SG CYS 635 C CYS 658 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf44 C SG CYS 601 C CYS 624 1_555 C SG CYS 631 C CYS 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf45 C SG CYS 660 C CYS 683 1_555 C SG CYS 693 C CYS 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf46 C SG CYS 707 C CYS 730 1_555 C SG CYS 716 C CYS 739 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf47 C SG CYS 786 C CYS 809 1_555 C SG CYS 808 C CYS 831 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf48 C SG CYS 791 C CYS 814 1_555 C SG CYS 797 C CYS 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf49 C SG CYS 892 C CYS 915 1_555 C SG CYS 905 C CYS 928 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf50 C SG CYS 1086 C CYS 1109 1_555 C SG CYS 1097 C CYS 1120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf51 C SG CYS 1136 C CYS 1159 1_555 C SG CYS 1144 C CYS 1167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 50 A ASN 73 1_555 P C1 NAG . A NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 88 A ASN 111 1_555 Q C1 NAG . A NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 109 A ASN 132 1_555 R C1 NAG . A NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 139 A ASN 162 1_555 S C1 NAG . A NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 144 A ASN 167 1_555 T C1 NAG . A NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale6 A ND2 ASN 151 A ASN 174 1_555 U C1 NAG . A NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale7 A ND2 ASN 222 A ASN 245 1_555 V C1 NAG . A NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale8 A ND2 ASN 228 A ASN 251 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale9 A ND2 ASN 396 A ASN 419 1_555 W C1 NAG . A NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale10 A ND2 ASN 765 A ASN 788 1_555 Y C1 NAG . A NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale11 A ND2 ASN 850 A ASN 873 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale12 A ND2 ASN 1128 A ASN 1151 1_555 Z C1 NAG . A NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale13 A ND2 ASN 1155 A ASN 1178 1_555 AA C1 NAG . A NAG 1412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale14 A ND2 ASN 1197 A ASN 1220 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale15 B ND2 ASN 50 B ASN 73 1_555 CA C1 NAG . B NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale16 B ND2 ASN 88 B ASN 111 1_555 DA C1 NAG . B NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale17 B ND2 ASN 109 B ASN 132 1_555 EA C1 NAG . B NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale18 B ND2 ASN 139 B ASN 162 1_555 FA C1 NAG . B NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale19 B ND2 ASN 144 B ASN 167 1_555 GA C1 NAG . B NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale20 B ND2 ASN 151 B ASN 174 1_555 HA C1 NAG . B NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale21 B ND2 ASN 222 B ASN 245 1_555 IA C1 NAG . B NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale22 B ND2 ASN 228 B ASN 251 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale23 B ND2 ASN 396 B ASN 419 1_555 JA C1 NAG . B NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale24 B ND2 ASN 765 B ASN 788 1_555 LA C1 NAG . B NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale25 B ND2 ASN 850 B ASN 873 1_555 J C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale26 B ND2 ASN 1128 B ASN 1151 1_555 MA C1 NAG . B NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale27 B ND2 ASN 1155 B ASN 1178 1_555 NA C1 NAG . B NAG 1412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale28 B ND2 ASN 1197 B ASN 1220 1_555 K C1 NAG . K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale29 C ND2 ASN 50 C ASN 73 1_555 OA C1 NAG . C NAG 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale30 C ND2 ASN 88 C ASN 111 1_555 PA C1 NAG . C NAG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale31 C ND2 ASN 109 C ASN 132 1_555 QA C1 NAG . C NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale32 C ND2 ASN 139 C ASN 162 1_555 RA C1 NAG . C NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale33 C ND2 ASN 144 C ASN 167 1_555 SA C1 NAG . C NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale34 C ND2 ASN 151 C ASN 174 1_555 TA C1 NAG . C NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale35 C ND2 ASN 222 C ASN 245 1_555 UA C1 NAG . C NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale36 C ND2 ASN 228 C ASN 251 1_555 L C1 NAG . L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale37 C ND2 ASN 396 C ASN 419 1_555 VA C1 NAG . C NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale38 C ND2 ASN 765 C ASN 788 1_555 WA C1 NAG . C NAG 1409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale39 C ND2 ASN 850 C ASN 873 1_555 N C1 NAG . N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale40 C ND2 ASN 1128 C ASN 1151 1_555 XA C1 NAG . C NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale41 C ND2 ASN 1155 C ASN 1178 1_555 YA C1 NAG . C NAG 1411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale42 C ND2 ASN 1197 C ASN 1220 1_555 O C1 NAG . O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale43 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale44 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale45 E O4 NAG . E NAG 2 1_555 E C1 BMA . E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale46 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale47 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale48 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale49 I O4 NAG . I NAG 1 1_555 I C1 NAG . I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale50 I O4 NAG . I NAG 2 1_555 I C1 BMA . I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale51 J O4 NAG . J NAG 1 1_555 J C1 NAG . J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale52 K O4 NAG . K NAG 1 1_555 K C1 NAG . K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale53 L O4 NAG . L NAG 1 1_555 L C1 NAG . L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale54 M O4 NAG . M NAG 1 1_555 M C1 NAG . M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale55 M O4 NAG . M NAG 2 1_555 M C1 BMA . M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale56 N O4 NAG . N NAG 1 1_555 N C1 NAG . N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale57 O O4 NAG . O NAG 1 1_555 O C1 NAG . O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 259 n n C1 O1 NAG sing 260 n n C1 O5 NAG sing 261 n n C1 H1 NAG sing 262 n n C2 C3 NAG sing 263 n n C2 N2 NAG sing 264 n n C2 H2 NAG sing 265 n n C3 C4 NAG sing 266 n n C3 O3 NAG sing 267 n n C3 H3 NAG sing 268 n n C4 C5 NAG sing 269 n n C4 O4 NAG sing 270 n n C4 H4 NAG sing 271 n n C5 C6 NAG sing 272 n n C5 O5 NAG sing 273 n n C5 H5 NAG sing 274 n n C6 O6 NAG sing 275 n n C6 H61 NAG sing 276 n n C6 H62 NAG sing 277 n n C7 C8 NAG sing 278 n n C7 N2 NAG sing 279 n n C7 O7 NAG doub 280 n n C8 H81 NAG sing 281 n n C8 H82 NAG sing 282 n n C8 H83 NAG sing 283 n n N2 HN2 NAG sing 284 n n O1 HO1 NAG sing 285 n n O3 HO3 NAG sing 286 n n O4 HO4 NAG sing 287 n n O6 HO6 NAG sing 288 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 9D4T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code P 4 NAG A 1 1401 1400 NAG NAG . Q 4 NAG A 1 1402 1401 NAG NAG . R 4 NAG A 1 1403 1402 NAG NAG . S 4 NAG A 1 1404 1404 NAG NAG . T 4 NAG A 1 1405 1405 NAG NAG . U 4 NAG A 1 1406 1406 NAG NAG . V 4 NAG A 1 1407 1407 NAG NAG . W 4 NAG A 1 1408 1411 NAG NAG . X 4 NAG A 1 1409 1412 NAG NAG . Y 4 NAG A 1 1410 1416 NAG NAG . Z 4 NAG A 1 1411 1420 NAG NAG . AA 4 NAG A 1 1412 1421 NAG NAG . BA 4 NAG A 1 1413 1412 NAG NAG . CA 4 NAG B 1 1401 1400 NAG NAG . DA 4 NAG B 1 1402 1401 NAG NAG . EA 4 NAG B 1 1403 1402 NAG NAG . FA 4 NAG B 1 1404 1404 NAG NAG . GA 4 NAG B 1 1405 1405 NAG NAG . HA 4 NAG B 1 1406 1406 NAG NAG . IA 4 NAG B 1 1407 1407 NAG NAG . JA 4 NAG B 1 1408 1411 NAG NAG . KA 4 NAG B 1 1409 1412 NAG NAG . LA 4 NAG B 1 1410 1416 NAG NAG . MA 4 NAG B 1 1411 1420 NAG NAG . NA 4 NAG B 1 1412 1421 NAG NAG . OA 4 NAG C 1 1401 1400 NAG NAG . PA 4 NAG C 1 1402 1401 NAG NAG . QA 4 NAG C 1 1403 1402 NAG NAG . RA 4 NAG C 1 1404 1404 NAG NAG . SA 4 NAG C 1 1405 1405 NAG NAG . TA 4 NAG C 1 1406 1406 NAG NAG . UA 4 NAG C 1 1407 1407 NAG NAG . VA 4 NAG C 1 1408 1411 NAG NAG . WA 4 NAG C 1 1409 1416 NAG NAG . XA 4 NAG C 1 1410 1420 NAG NAG . YA 4 NAG C 1 1411 1421 NAG NAG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . KA 4 138.35 197.293 158.592 1 89.11 ? C1 NAG 1409 B 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . KA 4 139.084 197.266 159.939 1 92.45 ? C2 NAG 1409 B 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . KA 4 140.25 196.28 159.878 1 90.69 ? C3 NAG 1409 B 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . KA 4 139.765 194.922 159.387 1 86.55 ? C4 NAG 1409 B 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . KA 4 139.028 195.095 158.054 1 88.04 ? C5 NAG 1409 B 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . KA 4 138.489 193.802 157.483 1 79.51 ? C6 NAG 1409 B 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . KA 4 140.389 199.389 159.7 1 96.64 ? C7 NAG 1409 B 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . KA 4 140.633 200.71 160.387 1 88.96 ? C8 NAG 1409 B 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . KA 4 139.519 198.582 160.342 1 96.02 ? N2 NAG 1409 B 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . KA 4 140.822 196.204 161.156 1 85.36 ? O3 NAG 1409 B 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . KA 4 140.893 194.086 159.261 1 78.43 ? O4 NAG 1409 B 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . KA 4 137.95 195.991 158.238 1 91.48 ? O5 NAG 1409 B 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . KA 4 137.562 193.237 158.379 1 72.61 ? O6 NAG 1409 B 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . KA 4 140.954 199.112 158.652 1 99.13 ? O7 NAG 1409 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 203 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 34 _model_server_stats.query_time_ms 311 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 14 #