data_9D5B # _model_server_result.job_id MDc_2XJ4HqKKGqYQ9coHOw _model_server_result.datetime_utc '2025-04-24 13:06:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9d5b # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":302}' # _entry.id 9D5B # _exptl.entry_id 9D5B _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9D5B _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9D5B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 47 A ASP 29 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 47 A ASP 29 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc3 A O VAL 49 A VAL 31 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 149 A ASP 131 1_555 G CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc5 A O LEU 160 A LEU 142 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc6 A O ARG 162 A ARG 144 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.781 ? metalc ? metalc7 A O GLY 164 A GLY 146 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 166 A GLU 148 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc9 F CA CA . A CA 302 1_555 C OD1 ASP 47 C ASP 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc10 F CA CA . A CA 302 1_555 C OD2 ASP 47 C ASP 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc11 F CA CA . A CA 302 1_555 C O VAL 49 C VAL 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 47 B ASP 29 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 47 B ASP 29 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc14 B O VAL 49 B VAL 31 1_555 I CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 149 B ASP 131 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 149 B ASP 131 1_555 J CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc17 B O LEU 160 B LEU 142 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc18 B O ARG 162 B ARG 144 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc19 B O GLY 164 B GLY 146 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 166 B GLU 148 1_555 H CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc21 J CA CA . B CA 303 1_555 D OD1 ASP 149 D ASP 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc22 J CA CA . B CA 303 1_555 D OD2 ASP 149 D ASP 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 149 C ASP 131 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc24 C O LEU 160 C LEU 142 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc25 C O ARG 162 C ARG 144 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc26 C O GLY 164 C GLY 146 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 166 C GLU 148 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc28 D OD1 ASP 47 D ASP 29 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 47 D ASP 29 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc30 D O VAL 49 D VAL 31 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc31 D O LEU 160 D LEU 142 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc32 D O ARG 162 D ARG 144 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc33 D O GLY 164 D GLY 146 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? metalc ? metalc34 D OE2 GLU 166 D GLU 148 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9D5B _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 CA A 1 301 301 CA CA . F 2 CA A 1 302 303 CA CA . G 2 CA A 1 303 304 CA CA . H 2 CA B 1 301 301 CA CA . I 2 CA B 1 302 303 CA CA . J 2 CA B 1 303 304 CA CA . K 2 CA C 1 301 301 CA CA . L 2 CA C 1 302 304 CA CA . M 2 CA D 1 301 301 CA CA . N 2 CA D 1 302 303 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 133.292 _atom_site.Cartn_y 187.776 _atom_site.Cartn_z 103.122 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 30 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 302 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 346 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #