data_9DER # _model_server_result.job_id UL7QhN9LwFGQ87LEtTZ4cg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 05:48:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9der # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1102}' # _entry.id 9DER # _exptl.entry_id 9DER _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 7 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9DER _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9DER _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 H N N ? 7 I N N ? 7 J N N ? 7 K N N ? 7 M N N ? 7 N N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 4 ? 4 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 5 ? 4 4 3 BMA BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 6 ? 5 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 7 ? 5 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 8 ? 5 4 3 BMA BMA C1 O1 . O4 HO4 . sing 9 ? 6 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n C NAG 1 C 1 NAG A 3249 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG A 3250 NAG 3 n C BMA 3 C 3 BMA A 3251 BMA 4 n D NAG 1 D 1 NAG B 3320 NAG 4 n D NAG 2 D 2 NAG B 3321 NAG 4 n D BMA 3 D 3 BMA B 3322 BMA 4 n D BMA 4 D 4 BMA B 3323 BMA 5 n E NAG 1 E 1 NAG A 3015 NAG 5 n E NAG 2 E 2 NAG A 3016 NAG 5 n E BMA 3 E 3 BMA A 3017 BMA 5 n E BMA 4 E 4 BMA A 3018 BMA 3 n F NAG 1 F 1 NAG B 3371 NAG 3 n F NAG 2 F 2 NAG B 3372 NAG 3 n F BMA 3 F 3 BMA B 3373 BMA 6 n G NAG 1 G 1 NAG B 3099 NAG 6 n G NAG 2 G 2 NAG B 3100 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 56 A CYS 56 1_555 A SG CYS 65 A CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 A SG CYS 130 A CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 146 A CYS 146 1_555 A SG CYS 167 A CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 5 B CYS 5 1_555 B SG CYS 23 B CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 13 B CYS 13 1_555 B SG CYS 435 B CYS 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 16 B CYS 16 1_555 B SG CYS 38 B CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 26 B CYS 26 1_555 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 177 B CYS 177 1_555 B SG CYS 184 B CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 232 B CYS 232 1_555 B SG CYS 273 B CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 374 B CYS 374 1_555 B SG CYS 386 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 406 B CYS 406 1_555 B SG CYS 433 B CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 437 B CYS 437 1_555 B SG CYS 457 B CYS 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 448 B CYS 448 1_555 B SG CYS 460 B CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 460 B CYS 460 1_555 B SG CYS 471 B CYS 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 462 B CYS 462 1_555 B SG CYS 471 B CYS 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 15 A ASN 15 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 249 A ASN 249 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 99 B ASN 99 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 320 B ASN 320 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 371 B ASN 371 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale6 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale7 C O4 NAG . C NAG 2 1_555 C C1 BMA . C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale8 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale9 D O4 NAG . D NAG 2 1_555 D C1 BMA . D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale10 D O6 BMA . D BMA 3 1_555 D C1 BMA . D BMA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale11 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale12 E O4 NAG . E NAG 2 1_555 E C1 BMA . E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale13 E O4 BMA . E BMA 3 1_555 E C1 BMA . E BMA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale14 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale15 F O4 NAG . F NAG 2 1_555 F C1 BMA . F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale16 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 245 A ASP 245 1_555 H CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 245 A ASP 245 1_555 H CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 247 A ASP 247 1_555 H CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 250 A THR 250 1_555 H CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 252 A GLU 252 1_555 H CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 299 A ASN 299 1_555 I CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.025 ? metalc ? metalc7 A O ARG 303 A ARG 303 1_555 I CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 305 A ASP 305 1_555 I CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 365 A ASP 365 1_555 J CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 367 A ASP 367 1_555 J CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc11 A O TYR 371 A TYR 371 1_555 J CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 373 A ASP 373 1_555 J CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.08 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 373 A ASP 373 1_555 J CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 426 A ASP 426 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 426 A ASP 426 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.085 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 428 A ASP 428 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASN 430 A ASN 430 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc18 A O TYR 432 A TYR 432 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 434 A ASP 434 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 434 A ASP 434 1_555 K CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc21 B OG SER 121 B SER 121 1_555 L MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc22 B OG SER 123 B SER 123 1_555 L MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc23 B O SER 123 B SER 123 1_555 M CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 126 B ASP 126 1_555 M CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? metalc ? metalc25 B OD2 ASP 126 B ASP 126 1_555 M CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 158 B ASP 158 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASN 215 B ASN 215 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? metalc ? metalc28 B O ASP 217 B ASP 217 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 217 B ASP 217 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc30 B O PRO 219 B PRO 219 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc31 B OE2 GLU 220 B GLU 220 1_555 L MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc32 B OE1 GLU 220 B GLU 220 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc33 B OD2 ASP 251 B ASP 251 1_555 M CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc34 L MG MG . B MG 2001 1_555 O OXT AGG . B AGG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? metalc ? metalc35 L MG MG . B MG 2001 1_555 P O HOH . B HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? metalc ? metalc36 L MG MG . B MG 2001 1_555 P O HOH . B HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9DER _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 7 CA A 1 1101 2004 CA CA . I 7 CA A 1 1102 2005 CA CA . J 7 CA A 1 1103 2006 CA CA . K 7 CA A 1 1104 2007 CA CA . L 8 MG B 1 2001 2001 MG MG . M 7 CA B 1 2002 2002 CA CA . N 7 CA B 1 2003 2003 CA CA . O 9 AGG B 1 2004 1 AGG AGG . P 10 HOH B 1 2101 2011 HOH HOH . P 10 HOH B 2 2102 2010 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 119.347 _atom_site.Cartn_y 123.064 _atom_site.Cartn_z 113.828 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 233.67 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1102 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #