data_9DMC
#
_model_server_result.job_id            7kXEW0ZouyzgsiRQ2x0HPg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-06-21 13:20:17' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9dmc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":1101}' 
#
_entry.id    9DMC 
#
_exptl.entry_id    9DMC 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              662.437 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         98.31 
_cell.angle_beta          105.04 
_cell.angle_gamma         105.38 
_cell.entry_id            9DMC 
_cell.length_a            44.456 
_cell.length_b            74.906 
_cell.length_c            85.115 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9DMC 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,J 1 1 
B,G,K 2 1 
C,H,L 3 1 
D,I,M 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
#
_chem_comp.formula           'C22 H28 N6 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    662.437 
_chem_comp.id                DQV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O11 C14 DQV sing 145 n n 
O3 P DQV doub 146 n n 
C18 N5 DQV doub 147 n y 
C18 N4 DQV sing 148 n y 
N5 C19 DQV sing 149 n y 
C14 C11 DQV sing 150 n n 
C14 C13 DQV sing 151 n n 
O10 C13 DQV sing 152 n n 
C11 O9 DQV sing 153 n n 
C11 C10 DQV sing 154 n n 
O4 P DQV sing 155 n n 
C12 O9 DQV sing 156 n n 
C12 C13 DQV sing 157 n n 
C12 N1 DQV sing 158 n n 
P O2 DQV sing 159 n n 
P O5 DQV sing 160 n n 
N4 C17 DQV doub 161 n y 
O C DQV doub 162 n n 
N C DQV sing 163 n n 
O2 C9 DQV sing 164 n n 
C19 N1 DQV sing 165 n y 
C19 C16 DQV doub 166 n y 
C C1 DQV sing 167 n n 
N1 C15 DQV sing 168 n y 
O8 C10 DQV sing 169 n n 
O8 P1 DQV sing 170 n n 
O1 C7 DQV sing 171 n n 
O1 C8 DQV sing 172 n n 
C6 C1 DQV doub 173 n y 
C6 C5 DQV sing 174 n y 
C1 C2 DQV sing 175 n y 
C17 C16 DQV sing 176 n y 
C17 N3 DQV sing 177 n n 
C16 N2 DQV sing 178 n y 
O5 P1 DQV sing 179 n n 
C7 C5 DQV sing 180 n n 
C7 C21 DQV sing 181 n n 
C8 C9 DQV sing 182 n n 
C8 C20 DQV sing 183 n n 
C5 C4 DQV doub 184 n y 
P1 O7 DQV doub 185 n n 
P1 O6 DQV sing 186 n n 
C2 C3 DQV doub 187 n y 
C15 N2 DQV doub 188 n y 
O13 C21 DQV sing 189 n n 
C4 C3 DQV sing 190 n y 
C21 C20 DQV sing 191 n n 
C20 O12 DQV sing 192 n n 
C4 H1 DQV sing 193 n n 
O4 H2 DQV sing 194 n n 
C6 H3 DQV sing 195 n n 
C7 H4 DQV sing 196 n n 
C8 H5 DQV sing 197 n n 
C9 H6 DQV sing 198 n n 
C9 H7 DQV sing 199 n n 
C10 H8 DQV sing 200 n n 
C10 H9 DQV sing 201 n n 
O6 H10 DQV sing 202 n n 
C11 H11 DQV sing 203 n n 
C12 H12 DQV sing 204 n n 
N3 H13 DQV sing 205 n n 
N3 H14 DQV sing 206 n n 
C13 H15 DQV sing 207 n n 
C14 H16 DQV sing 208 n n 
C15 H17 DQV sing 209 n n 
O11 H18 DQV sing 210 n n 
O10 H19 DQV sing 211 n n 
C18 H20 DQV sing 212 n n 
C20 H21 DQV sing 213 n n 
O12 H22 DQV sing 214 n n 
C21 H23 DQV sing 215 n n 
O13 H24 DQV sing 216 n n 
C3 H25 DQV sing 217 n n 
C2 H26 DQV sing 218 n n 
N H27 DQV sing 219 n n 
N H28 DQV sing 220 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9DMC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022494 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006185 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.007666 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013846 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.003259 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012498 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DQV A 1 1101 1101 DQV DQV . 
F 3 APR A 1 1102 1102 APR APR . 
G 2 DQV B 1 1101 1101 DQV DQV . 
H 2 DQV C 1 1101 1101 DQV DQV . 
I 2 DQV D 1 1101 1101 DQV DQV . 
J 4 HOH A 1 1201 1 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 1202 12 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 1203 2 HOH HOH . 
K 4 HOH B 1 1201 4 HOH HOH . 
L 4 HOH C 1 1201 8 HOH HOH . 
M 4 HOH D 1 1201 7 HOH HOH . 
M 4 HOH D 2 1202 11 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O3 DQV . . . H 2 -4.122 16.962 -7.096 1 112.23 ? O3 DQV 1101 C 1 
HETATM 2 C C4 DQV . . . H 2 -10.026 15.976 -4.39 1 86.97 ? C4 DQV 1101 C 1 
HETATM 3 C C5 DQV . . . H 2 -8.997 16.701 -4.971 1 91.08 ? C5 DQV 1101 C 1 
HETATM 4 O O4 DQV . . . H 2 -5.237 15.207 -5.624 1 110.3 ? O4 DQV 1101 C 1 
HETATM 5 C C6 DQV . . . H 2 -8.253 16.117 -5.992 1 91.42 ? C6 DQV 1101 C 1 
HETATM 6 N N1 DQV . . . H 2 1.105 11.443 -8.543 1 121.53 ? N1 DQV 1101 C 1 
HETATM 7 C C7 DQV . . . H 2 -8.705 18.112 -4.498 1 92.63 ? C7 DQV 1101 C 1 
HETATM 8 C C8 DQV . . . H 2 -6.511 18.995 -4.312 1 96.47 ? C8 DQV 1101 C 1 
HETATM 9 N N2 DQV . . . H 2 1.51 9.447 -7.612 1 128.02 ? N2 DQV 1101 C 1 
HETATM 10 C C9 DQV . . . H 2 -5.204 18.752 -5.034 1 100.4 ? C9 DQV 1101 C 1 
HETATM 11 O O5 DQV . . . H 2 -2.837 15.839 -5.232 1 109.83 ? O5 DQV 1101 C 1 
HETATM 12 C C10 DQV . . . H 2 0.202 15.186 -6.355 1 114.03 ? C10 DQV 1101 C 1 
HETATM 13 O O6 DQV . . . H 2 -1.735 18.002 -4.583 1 111.46 ? O6 DQV 1101 C 1 
HETATM 14 C C11 DQV . . . H 2 0.188 14.821 -7.819 1 112.76 ? C11 DQV 1101 C 1 
HETATM 15 C C12 DQV . . . H 2 0.477 12.735 -8.828 1 114.84 ? C12 DQV 1101 C 1 
HETATM 16 N N3 DQV . . . H 2 3.916 7.787 -8.608 1 135.51 ? N3 DQV 1101 C 1 
HETATM 17 C C13 DQV . . . H 2 -1.002 12.838 -8.474 1 109.36 ? C13 DQV 1101 C 1 
HETATM 18 O O7 DQV . . . H 2 -0.821 15.765 -3.715 1 110.37 ? O7 DQV 1101 C 1 
HETATM 19 C C14 DQV . . . H 2 -1.167 14.359 -8.379 1 109.67 ? C14 DQV 1101 C 1 
HETATM 20 O O8 DQV . . . H 2 -0.6 16.38 -6.154 1 114.41 ? O8 DQV 1101 C 1 
HETATM 21 C C15 DQV . . . H 2 0.723 10.499 -7.614 1 124.26 ? C15 DQV 1101 C 1 
HETATM 22 N N4 DQV . . . H 2 4.301 9.547 -10.059 1 139 ? N4 DQV 1101 C 1 
HETATM 23 P P1 DQV . . . H 2 -1.461 16.552 -4.811 1 110.25 ? P1 DQV 1101 C 1 
HETATM 24 O O11 DQV . . . H 2 -1.419 14.965 -9.64 1 111.23 ? O11 DQV 1101 C 1 
HETATM 25 O O10 DQV . . . H 2 -1.813 12.239 -9.461 1 104.71 ? O10 DQV 1101 C 1 
HETATM 26 C C19 DQV . . . H 2 2.215 10.943 -9.168 1 127.98 ? C19 DQV 1101 C 1 
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HETATM 29 C C17 DQV . . . H 2 3.562 8.982 -9.072 1 135.18 ? C17 DQV 1101 C 1 
HETATM 30 C C16 DQV . . . H 2 2.459 9.714 -8.591 1 130.64 ? C16 DQV 1101 C 1 
HETATM 31 O O9 DQV . . . H 2 1.106 13.718 -8.041 1 114.71 ? O9 DQV 1101 C 1 
HETATM 32 P P DQV . . . H 2 -4.275 16.344 -5.745 1 110.9 ? P DQV 1101 C 1 
HETATM 33 O O2 DQV . . . H 2 -4.632 17.47 -4.648 1 103.86 ? O2 DQV 1101 C 1 
HETATM 34 O O1 DQV . . . H 2 -7.608 18.706 -5.212 1 94.44 ? O1 DQV 1101 C 1 
HETATM 35 C C20 DQV . . . H 2 -6.798 18.161 -3.057 1 93.28 ? C20 DQV 1101 C 1 
HETATM 36 O O12 DQV . . . H 2 -6.251 18.738 -1.876 1 93.2 ? O12 DQV 1101 C 1 
HETATM 37 C C21 DQV . . . H 2 -8.33 18.23 -3.016 1 91.16 ? C21 DQV 1101 C 1 
HETATM 38 O O13 DQV . . . H 2 -8.872 19.414 -2.464 1 89.94 ? O13 DQV 1101 C 1 
HETATM 39 C C3 DQV . . . H 2 -10.306 14.688 -4.814 1 84.85 ? C3 DQV 1101 C 1 
HETATM 40 C C2 DQV . . . H 2 -9.561 14.112 -5.825 1 85.87 ? C2 DQV 1101 C 1 
HETATM 41 C C1 DQV . . . H 2 -8.534 14.826 -6.432 1 87.87 ? C1 DQV 1101 C 1 
HETATM 42 C C DQV . . . H 2 -7.719 14.217 -7.53 1 87.35 ? C DQV 1101 C 1 
HETATM 43 O O DQV . . . H 2 -8.045 13.124 -8.018 1 83.37 ? O DQV 1101 C 1 
HETATM 44 N N DQV . . . H 2 -6.641 14.87 -7.944 1 90.96 ? N DQV 1101 C 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              38 
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_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           44 
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