data_9DMC
#
_model_server_result.job_id            hQYGvAsqeB6xBqytivthAA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-06-21 22:36:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9dmc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1101}' 
#
_entry.id    9DMC 
#
_exptl.entry_id    9DMC 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              662.437 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         98.31 
_cell.angle_beta          105.04 
_cell.angle_gamma         105.38 
_cell.entry_id            9DMC 
_cell.length_a            44.456 
_cell.length_b            74.906 
_cell.length_c            85.115 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9DMC 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,J 1 1 
B,G,K 2 1 
C,H,L 3 1 
D,I,M 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
#
_chem_comp.formula           'C22 H28 N6 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    662.437 
_chem_comp.id                DQV 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O11 C14 DQV sing 145 n n 
O3 P DQV doub 146 n n 
C18 N5 DQV doub 147 n y 
C18 N4 DQV sing 148 n y 
N5 C19 DQV sing 149 n y 
C14 C11 DQV sing 150 n n 
C14 C13 DQV sing 151 n n 
O10 C13 DQV sing 152 n n 
C11 O9 DQV sing 153 n n 
C11 C10 DQV sing 154 n n 
O4 P DQV sing 155 n n 
C12 O9 DQV sing 156 n n 
C12 C13 DQV sing 157 n n 
C12 N1 DQV sing 158 n n 
P O2 DQV sing 159 n n 
P O5 DQV sing 160 n n 
N4 C17 DQV doub 161 n y 
O C DQV doub 162 n n 
N C DQV sing 163 n n 
O2 C9 DQV sing 164 n n 
C19 N1 DQV sing 165 n y 
C19 C16 DQV doub 166 n y 
C C1 DQV sing 167 n n 
N1 C15 DQV sing 168 n y 
O8 C10 DQV sing 169 n n 
O8 P1 DQV sing 170 n n 
O1 C7 DQV sing 171 n n 
O1 C8 DQV sing 172 n n 
C6 C1 DQV doub 173 n y 
C6 C5 DQV sing 174 n y 
C1 C2 DQV sing 175 n y 
C17 C16 DQV sing 176 n y 
C17 N3 DQV sing 177 n n 
C16 N2 DQV sing 178 n y 
O5 P1 DQV sing 179 n n 
C7 C5 DQV sing 180 n n 
C7 C21 DQV sing 181 n n 
C8 C9 DQV sing 182 n n 
C8 C20 DQV sing 183 n n 
C5 C4 DQV doub 184 n y 
P1 O7 DQV doub 185 n n 
P1 O6 DQV sing 186 n n 
C2 C3 DQV doub 187 n y 
C15 N2 DQV doub 188 n y 
O13 C21 DQV sing 189 n n 
C4 C3 DQV sing 190 n y 
C21 C20 DQV sing 191 n n 
C20 O12 DQV sing 192 n n 
C4 H1 DQV sing 193 n n 
O4 H2 DQV sing 194 n n 
C6 H3 DQV sing 195 n n 
C7 H4 DQV sing 196 n n 
C8 H5 DQV sing 197 n n 
C9 H6 DQV sing 198 n n 
C9 H7 DQV sing 199 n n 
C10 H8 DQV sing 200 n n 
C10 H9 DQV sing 201 n n 
O6 H10 DQV sing 202 n n 
C11 H11 DQV sing 203 n n 
C12 H12 DQV sing 204 n n 
N3 H13 DQV sing 205 n n 
N3 H14 DQV sing 206 n n 
C13 H15 DQV sing 207 n n 
C14 H16 DQV sing 208 n n 
C15 H17 DQV sing 209 n n 
O11 H18 DQV sing 210 n n 
O10 H19 DQV sing 211 n n 
C18 H20 DQV sing 212 n n 
C20 H21 DQV sing 213 n n 
O12 H22 DQV sing 214 n n 
C21 H23 DQV sing 215 n n 
O13 H24 DQV sing 216 n n 
C3 H25 DQV sing 217 n n 
C2 H26 DQV sing 218 n n 
N H27 DQV sing 219 n n 
N H28 DQV sing 220 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9DMC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.022494 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006185 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.007666 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013846 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.003259 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012498 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 DQV A 1 1101 1101 DQV DQV . 
F 3 APR A 1 1102 1102 APR APR . 
G 2 DQV B 1 1101 1101 DQV DQV . 
H 2 DQV C 1 1101 1101 DQV DQV . 
I 2 DQV D 1 1101 1101 DQV DQV . 
J 4 HOH A 1 1201 1 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 1202 12 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 1203 2 HOH HOH . 
K 4 HOH B 1 1201 4 HOH HOH . 
L 4 HOH C 1 1201 8 HOH HOH . 
M 4 HOH D 1 1201 7 HOH HOH . 
M 4 HOH D 2 1202 11 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O3 DQV . A . I 2 -12.706 29.136 -6.492 0.6 94.41 ? O3 DQV 1101 D 1 
HETATM 2 O O3 DQV . B . I 2 -13.57 31.642 -6.013 0.4 91.92 ? O3 DQV 1101 D 1 
HETATM 3 C C4 DQV . . . I 2 -20.23 32.512 -9.252 1 83.85 ? C4 DQV 1101 D 1 
HETATM 4 C C5 DQV . . . I 2 -19.105 31.939 -8.68 1 84.34 ? C5 DQV 1101 D 1 
HETATM 5 O O4 DQV . A . I 2 -13.397 27.558 -8.393 0.6 97.45 ? O4 DQV 1101 D 1 
HETATM 6 O O4 DQV . B . I 2 -15.095 33.064 -7.499 0.4 88.51 ? O4 DQV 1101 D 1 
HETATM 7 C C6 DQV . . . I 2 -18.458 32.596 -7.64 1 82.71 ? C6 DQV 1101 D 1 
HETATM 8 N N1 DQV . . . I 2 -8.28 35.874 -5.224 1 104.22 ? N1 DQV 1101 D 1 
HETATM 9 C C7 DQV . . . I 2 -18.589 30.603 -9.161 1 87.77 ? C7 DQV 1101 D 1 
HETATM 10 C C8 DQV . . . I 2 -16.381 29.943 -9.683 1 91.7 ? C8 DQV 1101 D 1 
HETATM 11 N N2 DQV . . . I 2 -7.476 37.859 -5.877 1 106.21 ? N2 DQV 1101 D 1 
HETATM 12 C C9 DQV . A . I 2 -14.973 30.34 -9.319 0.6 92.33 ? C9 DQV 1101 D 1 
HETATM 13 C C9 DQV . B . I 2 -14.969 30.344 -9.326 0.4 92.09 ? C9 DQV 1101 D 1 
HETATM 14 O O5 DQV . A . I 2 -12.288 29.771 -8.889 0.6 97.4 ? O5 DQV 1101 D 1 
HETATM 15 O O5 DQV . B . I 2 -12.959 32.102 -8.419 0.4 93.26 ? O5 DQV 1101 D 1 
HETATM 16 C C10 DQV . . . I 2 -9.688 31.992 -7.193 1 102.44 ? C10 DQV 1101 D 1 
HETATM 17 O O6 DQV . A . I 2 -10.689 31.404 -9.951 0.6 97.63 ? O6 DQV 1101 D 1 
HETATM 18 O O6 DQV . B . I 2 -12.109 29.876 -9.217 0.4 98.6 ? O6 DQV 1101 D 1 
HETATM 19 C C11 DQV . . . I 2 -9.812 32.695 -5.861 1 100.16 ? C11 DQV 1101 D 1 
HETATM 20 C C12 DQV . . . I 2 -9.185 34.749 -5.01 1 99.66 ? C12 DQV 1101 D 1 
HETATM 21 N N3 DQV . . . I 2 -4.625 38.675 -4.994 1 119.51 ? N3 DQV 1101 D 1 
HETATM 22 C C13 DQV . . . I 2 -10.61 34.963 -5.504 1 96.15 ? C13 DQV 1101 D 1 
HETATM 23 O O7 DQV . A . I 2 -12.752 32.262 -8.719 0.6 92.98 ? O7 DQV 1101 D 1 
HETATM 24 O O7 DQV . B . I 2 -10.873 32.025 -9.831 0.4 97.17 ? O7 DQV 1101 D 1 
HETATM 25 C C14 DQV . . . I 2 -11.098 33.515 -5.645 1 97.38 ? C14 DQV 1101 D 1 
HETATM 26 O O8 DQV . . . I 2 -10.866 31.169 -7.434 1 98.95 ? O8 DQV 1101 D 1 
HETATM 27 C C15 DQV . . . I 2 -8.505 37.044 -5.921 1 102.91 ? C15 DQV 1101 D 1 
HETATM 28 N N4 DQV . . . I 2 -4.563 36.633 -3.916 1 118.57 ? N4 DQV 1101 D 1 
HETATM 29 P P1 DQV . . . I 2 -11.662 31.247 -8.831 1 96.64 ? P1 DQV 1101 D 1 
HETATM 30 O O11 DQV . . . I 2 -11.801 33.077 -4.488 1 97.22 ? O11 DQV 1101 D 1 
HETATM 31 O O10 DQV . . . I 2 -11.359 35.724 -4.58 1 90.83 ? O10 DQV 1101 D 1 
HETATM 32 C C19 DQV . . . I 2 -7.024 35.975 -4.693 1 109.1 ? C19 DQV 1101 D 1 
HETATM 33 N N5 DQV . . . I 2 -6.395 35.063 -3.933 1 111.13 ? N5 DQV 1101 D 1 
HETATM 34 C C18 DQV . . . I 2 -5.178 35.486 -3.597 1 115.46 ? C18 DQV 1101 D 1 
HETATM 35 C C17 DQV . . . I 2 -5.229 37.534 -4.682 1 117.1 ? C17 DQV 1101 D 1 
HETATM 36 C C16 DQV . . . I 2 -6.531 37.195 -5.103 1 111.17 ? C16 DQV 1101 D 1 
HETATM 37 O O9 DQV . . . I 2 -8.714 33.633 -5.721 1 99.94 ? O9 DQV 1101 D 1 
HETATM 38 P P DQV . A . I 2 -13.228 28.952 -7.879 0.6 96.1 ? P DQV 1101 D 1 
HETATM 39 P P DQV . B . I 2 -14.155 31.912 -7.361 0.4 91.53 ? P DQV 1101 D 1 
HETATM 40 O O2 DQV . A . I 2 -14.614 29.75 -8.037 0.6 93.37 ? O2 DQV 1101 D 1 
HETATM 41 O O2 DQV . B . I 2 -14.868 30.577 -7.897 0.4 91.59 ? O2 DQV 1101 D 1 
HETATM 42 O O1 DQV . . . I 2 -17.281 30.343 -8.627 1 89.5 ? O1 DQV 1101 D 1 
HETATM 43 C C20 DQV . . . I 2 -16.961 30.598 -10.937 1 91.23 ? C20 DQV 1101 D 1 
HETATM 44 O O12 DQV . . . I 2 -16.565 29.916 -12.122 1 95.94 ? O12 DQV 1101 D 1 
HETATM 45 C C21 DQV . . . I 2 -18.467 30.45 -10.683 1 90.2 ? C21 DQV 1101 D 1 
HETATM 46 O O13 DQV . . . I 2 -19.02 29.216 -11.099 1 94.59 ? O13 DQV 1101 D 1 
HETATM 47 C C3 DQV . . . I 2 -20.698 33.734 -8.797 1 83.29 ? C3 DQV 1101 D 1 
HETATM 48 C C2 DQV . . . I 2 -20.051 34.384 -7.761 1 82.68 ? C2 DQV 1101 D 1 
HETATM 49 C C1 DQV . . . I 2 -18.936 33.808 -7.156 1 80.08 ? C1 DQV 1101 D 1 
HETATM 50 C C DQV . . . I 2 -18.217 34.487 -6.032 1 74.36 ? C DQV 1101 D 1 
HETATM 51 O O DQV . . . I 2 -18.791 35.367 -5.373 1 70.7 ? O DQV 1101 D 1 
HETATM 52 N N DQV . . . I 2 -16.958 34.146 -5.793 1 72.44 ? N DQV 1101 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              23 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           325 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           52 
#