data_9DUQ
#
_model_server_result.job_id            uR5ortf2JUdDhyKPZnU-sg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-10 02:15:31' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9duq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"IB","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    9DUQ 
#
_exptl.entry_id    9DUQ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    18 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9DUQ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9DUQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    27-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      27 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 CA N N 
? 5 EA N N 
? 5 GA N N 
? 5 IA N N 
? 5 KA N N 
? 5 MA N N 
? 5 OA N N 
? 5 QA N N 
? 5 SA N N 
? 5 UA N N 
? 5 WA N N 
? 5 YA N N 
? 5 AB N N 
? 5 CB N N 
? 5 EB N N 
? 5 GB N N 
? 5 IB N N 
? 5 KB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B OE1 GLU 69 B GLU 71 1_555 CA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? 
metalc ? metalc2 BA O2G G2P . B G2P 501 1_555 CA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc3 BA O2B G2P . B G2P 501 1_555 CA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc4 C OE2 GLU 71 A GLU 71 1_555 EA MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc5 C OD2 ASP 98 A ASP 98 1_555 EA MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? 
metalc ? metalc6 DA O3G GTP . A GTP 501 1_555 EA MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? 
metalc ? metalc7 DA O1B GTP . A GTP 501 1_555 EA MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? 
metalc ? metalc8 FA O1G G2P . D G2P 501 1_555 GA MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc9 FA O2G G2P . D G2P 501 1_555 GA MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc10 FA O2B G2P . D G2P 501 1_555 GA MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
metalc ? metalc11 E OE2 GLU 71 C GLU 71 1_555 IA MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc12 HA O3G GTP . C GTP 501 1_555 IA MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc13 HA O1B GTP . C GTP 501 1_555 IA MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc14 F OE2 GLU 69 F GLU 71 1_555 KA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? 
metalc ? metalc15 JA O1G G2P . F G2P 501 1_555 KA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc16 JA O2G G2P . F G2P 501 1_555 KA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
metalc ? metalc17 JA O2B G2P . F G2P 501 1_555 KA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.985 ? 
metalc ? metalc18 G OE2 GLU 71 E GLU 71 1_555 MA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc19 G OD1 ASP 98 E ASP 98 1_555 MA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc20 LA O3G GTP . E GTP 501 1_555 MA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc21 LA O1B GTP . E GTP 501 1_555 MA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc22 NA O1G G2P . H G2P 501 1_555 OA MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc23 NA O2G G2P . H G2P 501 1_555 OA MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc24 NA O3B G2P . H G2P 501 1_555 OA MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.976 ? 
metalc ? metalc25 NA O2B G2P . H G2P 501 1_555 OA MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc26 I OE2 GLU 71 G GLU 71 1_555 QA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc27 PA O1G GTP . G GTP 501 1_555 QA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc28 PA O3G GTP . G GTP 501 1_555 QA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc29 PA O1B GTP . G GTP 501 1_555 QA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc30 PA O3A GTP . G GTP 501 1_555 QA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc31 J OE1 GLU 69 J GLU 71 1_555 SA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? 
metalc ? metalc32 RA O1G G2P . J G2P 501 1_555 SA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc33 RA O2G G2P . J G2P 501 1_555 SA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc34 RA O3B G2P . J G2P 501 1_555 SA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? 
metalc ? metalc35 RA O2B G2P . J G2P 501 1_555 SA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc36 K OE1 GLU 71 I GLU 71 1_555 UA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? 
metalc ? metalc37 K OE2 GLU 71 I GLU 71 1_555 UA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc38 TA O3G GTP . I GTP 501 1_555 UA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc39 TA O1B GTP . I GTP 501 1_555 UA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? 
metalc ? metalc40 VA O1G G2P . L G2P 501 1_555 WA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc41 VA O2G G2P . L G2P 501 1_555 WA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc42 VA O3B G2P . L G2P 501 1_555 WA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? 
metalc ? metalc43 VA O2B G2P . L G2P 501 1_555 WA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
metalc ? metalc44 M OE2 GLU 71 K GLU 71 1_555 YA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc45 XA O3G GTP . K GTP 501 1_555 YA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? 
metalc ? metalc46 XA O1B GTP . K GTP 501 1_555 YA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc47 XA O3A GTP . K GTP 501 1_555 YA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc48 ZA O1G G2P . N G2P 501 1_555 AB MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc49 ZA O2G G2P . N G2P 501 1_555 AB MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc50 ZA O2B G2P . N G2P 501 1_555 AB MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc51 O OE2 GLU 71 M GLU 71 1_555 CB MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc52 BB O3G GTP . M GTP 501 1_555 CB MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc53 BB O3B GTP . M GTP 501 1_555 CB MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? 
metalc ? metalc54 BB O1B GTP . M GTP 501 1_555 CB MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc55 BB O3A GTP . M GTP 501 1_555 CB MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc56 DB O1G G2P . P G2P 501 1_555 EB MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc57 DB O2G G2P . P G2P 501 1_555 EB MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.925 ? 
metalc ? metalc58 DB O3B G2P . P G2P 501 1_555 EB MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc59 DB O2B G2P . P G2P 501 1_555 EB MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc60 Q OE1 GLU 71 O GLU 71 1_555 GB MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc61 FB O3G GTP . O GTP 501 1_555 GB MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc62 FB O1B GTP . O GTP 501 1_555 GB MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc63 HB O1G G2P . R G2P 501 1_555 IB MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? 
metalc ? metalc64 HB O2G G2P . R G2P 501 1_555 IB MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc65 HB O3B G2P . R G2P 501 1_555 IB MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? 
metalc ? metalc66 HB O2B G2P . R G2P 501 1_555 IB MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? 
metalc ? metalc67 S OE2 GLU 71 Q GLU 71 1_555 KB MG MG . Q MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc68 JB O3G GTP . Q GTP 501 1_555 KB MG MG . Q MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? 
metalc ? metalc69 JB O1B GTP . Q GTP 501 1_555 KB MG MG . Q MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc70 JB O3A GTP . Q GTP 501 1_555 KB MG MG . Q MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     9DUQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
BA 4 G2P B 1 501 501 G2P G2P . 
CA 5 MG B 1 502 502 MG MG . 
DA 6 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
EA 5 MG A 1 502 502 MG MG . 
FA 4 G2P D 1 501 501 G2P G2P . 
GA 5 MG D 1 502 502 MG MG . 
HA 6 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
IA 5 MG C 1 502 502 MG MG . 
JA 4 G2P F 1 501 501 G2P G2P . 
KA 5 MG F 1 502 502 MG MG . 
LA 6 GTP E 1 501 501 GTP GTP . 
MA 5 MG E 1 502 502 MG MG . 
NA 4 G2P H 1 501 501 G2P G2P . 
OA 5 MG H 1 502 502 MG MG . 
PA 6 GTP G 1 501 501 GTP GTP . 
QA 5 MG G 1 502 502 MG MG . 
RA 4 G2P J 1 501 501 G2P G2P . 
SA 5 MG J 1 502 502 MG MG . 
TA 6 GTP I 1 501 501 GTP GTP . 
UA 5 MG I 1 502 502 MG MG . 
VA 4 G2P L 1 501 501 G2P G2P . 
WA 5 MG L 1 502 502 MG MG . 
XA 6 GTP K 1 501 501 GTP GTP . 
YA 5 MG K 1 502 502 MG MG . 
ZA 4 G2P N 1 501 501 G2P G2P . 
AB 5 MG N 1 502 502 MG MG . 
BB 6 GTP M 1 501 501 GTP GTP . 
CB 5 MG M 1 502 502 MG MG . 
DB 4 G2P P 1 501 501 G2P G2P . 
EB 5 MG P 1 502 502 MG MG . 
FB 6 GTP O 1 501 501 GTP GTP . 
GB 5 MG O 1 502 502 MG MG . 
HB 4 G2P R 1 501 501 G2P G2P . 
IB 5 MG R 1 502 502 MG MG . 
JB 6 GTP Q 1 501 501 GTP GTP . 
KB 5 MG Q 1 502 502 MG MG . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         IB 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               327.801 
_atom_site.Cartn_y               384.073 
_atom_site.Cartn_z               336.38 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        93.57 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          R 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              102 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    85 
_model_server_stats.query_time_ms           325 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#