data_9DYL # _model_server_result.job_id N4HZ9U1wPtpzGH3DZlP0hA _model_server_result.datetime_utc '2025-01-09 22:21:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9dyl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":602}' # _entry.id 9DYL # _exptl.entry_id 9DYL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 137.136 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '4-AMINOBENZOIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9DYL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9DYL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 I N N ? 3 K N N ? 3 M N N ? 3 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ALA 10 A ALA 10 1_555 H CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc2 A O GLN 293 A GLN 293 1_555 F CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc3 A O ASN 296 A ASN 296 1_555 F CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 301 A ASP 301 1_555 F CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 304 A ASP 304 1_555 F CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 304 A ASP 304 1_555 F CA CA . A CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc7 F CA CA . A CA 601 1_555 C O ALA 10 B ALA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc8 B O ALA 10 E ALA 10 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc9 B O GLN 293 E GLN 293 1_555 H CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc10 B O ASN 296 E ASN 296 1_555 H CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 301 E ASP 301 1_555 H CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 304 E ASP 304 1_555 H CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 304 E ASP 304 1_555 H CA CA . E CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc14 C O GLN 293 B GLN 293 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc15 C O ASN 296 B ASN 296 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc16 C OD2 ASP 301 B ASP 301 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc17 C OD1 ASP 304 B ASP 304 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 304 B ASP 304 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc19 J CA CA . B CA 601 1_555 E O ALA 10 C ALA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc20 D O ALA 10 D ALA 10 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc21 D O GLN 293 D GLN 293 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc22 D O ASN 296 D ASN 296 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc23 D OD2 ASP 301 D ASP 301 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc24 D OD1 ASP 304 D ASP 304 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc25 D OD2 ASP 304 D ASP 304 1_555 L CA CA . D CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc26 E O GLN 293 C GLN 293 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc27 E O ASN 296 C ASN 296 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc28 E OD2 ASP 301 C ASP 301 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc29 E OD1 ASP 304 C ASP 304 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc30 E OD2 ASP 304 C ASP 304 1_555 N CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? # _chem_comp.formula 'C7 H7 N O2' _chem_comp.formula_weight 137.136 _chem_comp.id PAB _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '4-AMINOBENZOIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1' O1' PAB doub 235 n n C1' O2' PAB sing 236 n n C1' C1 PAB sing 237 n n O2' HO2' PAB sing 238 n n C1 C2 PAB sing 239 n y C1 C6 PAB doub 240 n y C2 C3 PAB doub 241 n y C2 H2 PAB sing 242 n n C3 C4 PAB sing 243 n y C3 H3 PAB sing 244 n n C4 C5 PAB doub 245 n y C4 N4 PAB sing 246 n n C5 C6 PAB sing 247 n y C5 H5 PAB sing 248 n n C6 H6 PAB sing 249 n n N4 HN41 PAB sing 250 n n N4 HN42 PAB sing 251 n n # _atom_sites.entry_id 9DYL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 CA A 1 601 601 CA CA . G 3 PAB A 1 602 610 PAB LIG . H 2 CA E 1 601 601 CA CA . I 3 PAB E 1 602 610 PAB LIG . J 2 CA B 1 601 601 CA CA . K 3 PAB B 1 602 610 PAB LIG . L 2 CA D 1 601 601 CA CA . M 3 PAB D 1 602 610 PAB LIG . N 2 CA C 1 601 601 CA CA . O 3 PAB C 1 602 610 PAB LIG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1' PAB . . . O 3 165.409 184.642 141.792 1 62.54 ? C1' PAB 602 C 1 HETATM 2 O O1' PAB . . . O 3 165.597 183.957 142.803 1 70.81 ? O1' PAB 602 C 1 HETATM 3 O O2' PAB . . . O 3 164.624 185.596 141.842 1 67.59 ? O2' PAB 602 C 1 HETATM 4 C C1 PAB . . . O 3 166.124 184.339 140.516 1 63.17 ? C1 PAB 602 C 1 HETATM 5 C C2 PAB . . . O 3 165.695 183.226 139.773 1 66.7 ? C2 PAB 602 C 1 HETATM 6 C C3 PAB . . . O 3 166.352 182.918 138.578 1 65.34 ? C3 PAB 602 C 1 HETATM 7 C C4 PAB . . . O 3 167.405 183.721 138.174 1 65.01 ? C4 PAB 602 C 1 HETATM 8 C C5 PAB . . . O 3 167.822 184.828 138.918 1 56.91 ? C5 PAB 602 C 1 HETATM 9 C C6 PAB . . . O 3 167.178 185.139 140.096 1 52.3 ? C6 PAB 602 C 1 HETATM 10 N N4 PAB . . . O 3 168.095 183.407 136.959 1 70.19 ? N4 PAB 602 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 77 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 52 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 12 _model_server_stats.element_count 10 #