data_9EY0
#
_model_server_result.job_id            ld9B9t9Vdmlfbct_aiu3EQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-04-04 08:27:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9ey0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    9EY0 
#
_exptl.entry_id    9EY0 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              398.437 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            S-ADENOSYLMETHIONINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9EY0 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9EY0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      7 
_struct_asym.id                             K 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 F P U 1 T U 2 1_555 J O3' GTP . T GTP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? 
metalc ? metalc1 E NE2 HIS 517 E HIS 546 1_555 H ZN ZN . E ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc2 E ND1 HIS 519 E HIS 548 1_555 H ZN ZN . E ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc3 E OD2 ASP 521 E ASP 550 1_555 I ZN ZN . E ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc4 E NE2 HIS 522 E HIS 551 1_555 I ZN ZN . E ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc5 E NE2 HIS 615 E HIS 644 1_555 H ZN ZN . E ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc6 E OD2 ASP 637 E ASP 666 1_555 H ZN ZN . E ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc7 E OD2 ASP 637 E ASP 666 1_555 I ZN ZN . E ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc8 E NE2 HIS 695 E HIS 724 1_555 I ZN ZN . E ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 F N3 U 1 T U 2 1_555 F N1 A 66 T A 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 F O4 U 1 T U 2 1_555 F N6 A 66 T A 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 F N1 A 2 T A 3 1_555 F N3 U 65 T U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 F N6 A 2 T A 3 1_555 F O4 U 65 T U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 F N1 A 3 T A 4 1_555 F N3 U 64 T U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 F N6 A 3 T A 4 1_555 F O4 U 64 T U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 F N1 A 4 T A 5 1_555 F N3 U 63 T U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 F N6 A 4 T A 5 1_555 F O4 U 63 T U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 F N3 U 5 T U 6 1_555 F N1 A 62 T A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 F O4 U 5 T U 6 1_555 F N6 A 62 T A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 F N1 A 6 T A 7 1_555 F N3 U 61 T U 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 F N6 A 6 T A 7 1_555 F O4 U 61 T U 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'U-U MISPAIR' hydrog13 F N3 U 7 T U 8 1_555 F O4 U 12 T U 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 F N1 G 9 T G 10 1_555 F N3 C 21 T C 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 F N2 G 9 T G 10 1_555 F O2 C 21 T C 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 F O6 G 9 T G 10 1_555 F N4 C 21 T C 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 F N3 U 10 T U 11 1_555 F N1 A 20 T A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 F O4 U 10 T U 11 1_555 F N6 A 20 T A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 F N3 U 11 T U 12 1_555 F N1 A 19 T A 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 F O4 U 11 T U 12 1_555 F N6 A 19 T A 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 F N3 U 12 T U 13 1_555 F N1 A 18 T A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 F O4 U 12 T U 13 1_555 F N6 A 18 T A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog23 F N1 A 13 T A 14 1_555 F N4 C 43 T C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 F N3 U 23 T U 24 1_555 F N1 A 39 T A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 F O4 U 23 T U 24 1_555 F N6 A 39 T A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 F N3 C 24 T C 25 1_555 F N1 G 38 T G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 F N4 C 24 T C 25 1_555 F O6 G 38 T G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 F O2 C 24 T C 25 1_555 F N2 G 38 T G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 F N1 A 25 T A 26 1_555 F N3 U 37 T U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 F N6 A 25 T A 26 1_555 F O4 U 37 T U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 F N1 G 26 T G 27 1_555 F N3 C 36 T C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 F N2 G 26 T G 27 1_555 F O2 C 36 T C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 F O6 G 26 T G 27 1_555 F N4 C 36 T C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 F N1 A 27 T A 28 1_555 F N3 U 35 T U 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 F N6 A 27 T A 28 1_555 F O4 U 35 T U 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 F N1 A 44 T A 45 1_555 F N3 U 60 T U 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 F N6 A 44 T A 45 1_555 F O4 U 60 T U 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 F N1 G 45 T G 46 1_555 F N3 C 59 T C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 F N2 G 45 T G 46 1_555 F O2 C 59 T C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 F O6 G 45 T G 46 1_555 F N4 C 59 T C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog41 F N1 A 46 T A 47 1_555 F N4 C 58 T C 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'G-C PAIR' hydrog42 F N2 G 47 T G 48 1_555 F O2 C 57 T C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 F N1 G 48 T G 49 1_555 F N3 C 56 T C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 F N2 G 48 T G 49 1_555 F O2 C 56 T C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 F O6 G 48 T G 49 1_555 F N4 C 56 T C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog46 F O2 C 49 T C 50 1_555 F N6 A 55 T A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog47 F O2 U 50 T U 51 1_555 F N4 C 53 T C 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H22 N6 O5 S' 
_chem_comp.formula_weight    398.437 
_chem_comp.id                SAM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              S-ADENOSYLMETHIONINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA SAM sing 440 n n 
N HN1 SAM sing 441 n n 
N HN2 SAM sing 442 n n 
CA C SAM sing 443 n n 
CA CB SAM sing 444 n n 
CA HA SAM sing 445 n n 
C O SAM doub 446 n n 
C OXT SAM sing 447 n n 
CB CG SAM sing 448 n n 
CB HB1 SAM sing 449 n n 
CB HB2 SAM sing 450 n n 
CG SD SAM sing 451 n n 
CG HG1 SAM sing 452 n n 
CG HG2 SAM sing 453 n n 
SD CE SAM sing 454 n n 
SD C5' SAM sing 455 n n 
CE HE1 SAM sing 456 n n 
CE HE2 SAM sing 457 n n 
CE HE3 SAM sing 458 n n 
C5' C4' SAM sing 459 n n 
C5' "H5'1" SAM sing 460 n n 
C5' "H5'2" SAM sing 461 n n 
C4' O4' SAM sing 462 n n 
C4' C3' SAM sing 463 n n 
C4' H4' SAM sing 464 n n 
O4' C1' SAM sing 465 n n 
C3' O3' SAM sing 466 n n 
C3' C2' SAM sing 467 n n 
C3' H3' SAM sing 468 n n 
O3' HO3' SAM sing 469 n n 
C2' O2' SAM sing 470 n n 
C2' C1' SAM sing 471 n n 
C2' H2' SAM sing 472 n n 
O2' HO2' SAM sing 473 n n 
C1' N9 SAM sing 474 n n 
C1' H1' SAM sing 475 n n 
N9 C8 SAM sing 476 n y 
N9 C4 SAM sing 477 n y 
C8 N7 SAM doub 478 n y 
C8 H8 SAM sing 479 n n 
N7 C5 SAM sing 480 n y 
C5 C6 SAM sing 481 n y 
C5 C4 SAM doub 482 n y 
C6 N6 SAM sing 483 n n 
C6 N1 SAM doub 484 n y 
N6 HN61 SAM sing 485 n n 
N6 HN62 SAM sing 486 n n 
N1 C2 SAM sing 487 n y 
C2 N3 SAM doub 488 n y 
C2 H2 SAM sing 489 n n 
N3 C4 SAM sing 490 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     9EY0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 5 ZN E 1 901 999 ZN ZN . 
I 5 ZN E 1 902 1000 ZN ZN . 
J 6 GTP T 1 101 1 GTP GTP . 
K 7 SAM F 1 501 401 SAM SAM . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N SAM . . . K 7 218.92 219.434 247.166 1 65.12 ? N SAM 501 F 1 
HETATM 2 C CA SAM . . . K 7 218.745 218.372 248.149 1 59.86 ? CA SAM 501 F 1 
HETATM 3 C C SAM . . . K 7 219.743 218.513 249.293 1 60.66 ? C SAM 501 F 1 
HETATM 4 O O SAM . . . K 7 219.596 217.886 250.342 1 62.07 ? O SAM 501 F 1 
HETATM 5 O OXT SAM . . . K 7 220.723 219.252 249.194 1 60.9 ? OXT SAM 501 F 1 
HETATM 6 C CB SAM . . . K 7 218.902 217.004 247.501 1 57.31 ? CB SAM 501 F 1 
HETATM 7 C CG SAM . . . K 7 217.607 216.212 247.382 1 59.03 ? CG SAM 501 F 1 
HETATM 8 S SD SAM . . . K 7 216.519 216.78 246.054 1 91.27 ? SD SAM 501 F 1 
HETATM 9 C CE SAM . . . K 7 215.145 215.629 246.29 1 57.35 ? CE SAM 501 F 1 
HETATM 10 C C5' SAM . . . K 7 217.31 216.033 244.603 1 50.97 ? C5' SAM 501 F 1 
HETATM 11 C C4' SAM . . . K 7 217.517 217.008 243.447 1 48.75 ? C4' SAM 501 F 1 
HETATM 12 O O4' SAM . . . K 7 216.266 217.494 242.996 1 43.39 ? O4' SAM 501 F 1 
HETATM 13 C C3' SAM . . . K 7 218.373 218.207 243.838 1 50.65 ? C3' SAM 501 F 1 
HETATM 14 O O3' SAM . . . K 7 219.659 218.145 243.271 1 62.07 ? O3' SAM 501 F 1 
HETATM 15 C C2' SAM . . . K 7 217.636 219.42 243.322 1 52.23 ? C2' SAM 501 F 1 
HETATM 16 O O2' SAM . . . K 7 218.396 220.048 242.314 1 62.97 ? O2' SAM 501 F 1 
HETATM 17 C C1' SAM . . . K 7 216.315 218.892 242.789 1 43.9 ? C1' SAM 501 F 1 
HETATM 18 N N9 SAM . . . K 7 215.207 219.536 243.513 1 44.65 ? N9 SAM 501 F 1 
HETATM 19 C C8 SAM . . . K 7 214.448 218.963 244.498 1 47.64 ? C8 SAM 501 F 1 
HETATM 20 N N7 SAM . . . K 7 213.542 219.875 244.914 1 48.8 ? N7 SAM 501 F 1 
HETATM 21 C C5 SAM . . . K 7 213.721 221.018 244.221 1 47.36 ? C5 SAM 501 F 1 
HETATM 22 C C6 SAM . . . K 7 213.068 222.239 244.255 1 46.54 ? C6 SAM 501 F 1 
HETATM 23 N N6 SAM . . . K 7 212.065 222.436 245.106 1 48.33 ? N6 SAM 501 F 1 
HETATM 24 N N1 SAM . . . K 7 213.48 223.248 243.412 1 47.67 ? N1 SAM 501 F 1 
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