data_9FJY # _model_server_result.job_id ImVjWgMwTXz17VZ3BNgVzg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 18:22:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9fjy # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":301}' # _entry.id 9FJY # _exptl.entry_id 9FJY _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9FJY _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9FJY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 N N N ? 6 Q N N ? 6 T N N ? 6 W N N ? 6 Y N N ? 6 Z N N ? 6 AA N N ? 6 BA N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n K NAG 1 K 1 NAG E 263 NAG 4 n K NAG 2 K 2 NAG E 264 NAG 4 n L NAG 1 L 1 NAG F 263 NAG 4 n L NAG 2 L 2 NAG F 264 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 195 E CYS 173 1_555 E SG CYS 231 E CYS 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 J SG CYS 195 F CYS 173 1_555 J SG CYS 231 F CYS 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 A C GLU 71 A GLU 72 1_555 A N HIC 72 A HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale2 A C HIC 72 A HIC 73 1_555 A N GLY 73 A GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale3 B C GLU 71 B GLU 72 1_555 B N HIC 72 B HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale4 B C HIC 72 B HIC 73 1_555 B N GLY 73 B GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale5 C C GLU 71 C GLU 72 1_555 C N HIC 72 C HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale6 C C HIC 72 C HIC 73 1_555 C N GLY 73 C GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 D C GLU 71 D GLU 72 1_555 D N HIC 72 D HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 D C HIC 72 D HIC 73 1_555 D N GLY 73 D GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale9 E ND2 ASN 40 E ASN 18 1_555 K C1 NAG . K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale10 F C TRP 1 G TRP 1 1_555 F N EEP 2 G EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale11 F N TRP 1 G TRP 1 1_555 F C ALA 7 G ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale12 F C EEP 2 G EEP 2 1_555 F N ALA 3 G ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale13 F C ALA 3 G ALA 3 1_555 F N DTH 4 G DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale14 F C DTH 4 G DTH 4 1_555 F N CYS 5 G CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale15 F C CYS 5 G CYS 5 1_555 F N HYP 6 G HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale16 F C HYP 6 G HYP 6 1_555 F N ALA 7 G ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale17 G C TRP 1 H TRP 1 1_555 G N EEP 2 H EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale18 G N TRP 1 H TRP 1 1_555 G C ALA 7 H ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale19 G C EEP 2 H EEP 2 1_555 G N ALA 3 H ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 G C ALA 3 H ALA 3 1_555 G N DTH 4 H DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale21 G C DTH 4 H DTH 4 1_555 G N CYS 5 H CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale22 G C CYS 5 H CYS 5 1_555 G N HYP 6 H HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale23 G C HYP 6 H HYP 6 1_555 G N ALA 7 H ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale24 H C TRP 1 I TRP 1 1_555 H N EEP 2 I EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale25 H N TRP 1 I TRP 1 1_555 H C ALA 7 I ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale26 H C EEP 2 I EEP 2 1_555 H N ALA 3 I ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale27 H C ALA 3 I ALA 3 1_555 H N DTH 4 I DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale28 H C DTH 4 I DTH 4 1_555 H N CYS 5 I CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale29 H C CYS 5 I CYS 5 1_555 H N HYP 6 I HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 H C HYP 6 I HYP 6 1_555 H N ALA 7 I ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale31 I C TRP 1 J TRP 1 1_555 I N EEP 2 J EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale32 I N TRP 1 J TRP 1 1_555 I C ALA 7 J ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale33 I C EEP 2 J EEP 2 1_555 I N ALA 3 J ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale34 I C ALA 3 J ALA 3 1_555 I N DTH 4 J DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale35 I C DTH 4 J DTH 4 1_555 I N CYS 5 J CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale36 I C CYS 5 J CYS 5 1_555 I N HYP 6 J HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale37 I C HYP 6 J HYP 6 1_555 I N ALA 7 J ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale38 J ND2 ASN 40 F ASN 18 1_555 L C1 NAG . L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale39 K O4 NAG . K NAG 1 1_555 K C1 NAG . K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale40 L O4 NAG . L NAG 1 1_555 L C1 NAG . L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? metalc ? metalc1 M O1B ADP . A ADP 401 1_555 N MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc2 M O2B ADP . A ADP 401 1_555 N MG MG . A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc3 N MG MG . A MG 402 1_555 O O2 PO4 . A PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc4 P O2B ADP . B ADP 401 1_555 Q MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.913 ? metalc ? metalc5 P O3B ADP . B ADP 401 1_555 Q MG MG . B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc6 Q MG MG . B MG 402 1_555 R O2 PO4 . B PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc7 Q MG MG . B MG 402 1_555 R O3 PO4 . B PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc8 Q MG MG . B MG 402 1_555 R O4 PO4 . B PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? metalc ? metalc9 S O1B ADP . C ADP 401 1_555 T MG MG . C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc10 T MG MG . C MG 402 1_555 U O3 PO4 . C PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc11 T MG MG . C MG 402 1_555 U O2 PO4 . C PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? metalc ? metalc12 D OE1 GLN 136 D GLN 137 1_555 W MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc13 V O2B ADP . D ADP 401 1_555 W MG MG . D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc14 W MG MG . D MG 402 1_555 X O2 PO4 . D PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc15 W MG MG . D MG 402 1_555 X O3 PO4 . D PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc16 W MG MG . D MG 402 1_555 X O4 PO4 . D PO4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? metalc ? metalc17 E OD2 ASP 194 E ASP 172 1_555 Z MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc18 E O ASP 220 E ASP 198 1_555 Z MG MG . E MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? metalc ? metalc19 E OD2 ASP 273 E ASP 251 1_555 Y MG MG . E MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc20 J OD2 ASP 194 F ASP 172 1_555 BA MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc21 J O ASP 220 F ASP 198 1_555 BA MG MG . F MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc22 J OD1 ASP 273 F ASP 251 1_555 AA MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc23 J OD2 ASP 273 F ASP 251 1_555 AA MG MG . F MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9FJY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 5 ADP A 1 401 376 ADP ADP . N 6 MG A 1 402 377 MG MG . O 7 PO4 A 1 403 378 PO4 PO4 . P 5 ADP B 1 401 376 ADP ADP . Q 6 MG B 1 402 377 MG MG . R 7 PO4 B 1 403 378 PO4 PO4 . S 5 ADP C 1 401 376 ADP ADP . T 6 MG C 1 402 377 MG MG . U 7 PO4 C 1 403 378 PO4 PO4 . V 5 ADP D 1 401 376 ADP ADP . W 6 MG D 1 402 377 MG MG . X 7 PO4 D 1 403 378 PO4 PO4 . Y 6 MG E 1 301 261 MG MG . Z 6 MG E 1 302 262 MG MG . AA 6 MG F 1 301 261 MG MG . BA 6 MG F 1 302 262 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Y _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 159.737 _atom_site.Cartn_y 145.916 _atom_site.Cartn_z 97.601 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 107.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 292 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #