data_9G0P # _model_server_result.job_id sKtayYLJPKYWBCaj2HQUHw _model_server_result.datetime_utc '2025-01-18 03:59:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9g0p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":501}' # _entry.id 9G0P # _exptl.entry_id 9G0P _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 S N N ? 4 U N N ? 4 X N N ? 4 Z N N ? 4 BA N N ? 4 DA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 G OE1 GLU 70 a GLU 70 1_555 T MG MG . a MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc2 S O1G GTP . a GTP 501 1_555 T MG MG . a MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? metalc ? metalc3 S O1B GTP . a GTP 501 1_555 T MG MG . a MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc4 H OE1 GLU 70 b GLU 70 1_555 V MG MG . b MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc5 U O1G GTP . b GTP 501 1_555 V MG MG . b MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? metalc ? metalc6 U O1B GTP . b GTP 501 1_555 V MG MG . b MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc7 I OE1 GLU 70 c GLU 70 1_555 W MG MG . c MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc8 W MG MG . c MG 501 1_555 X O1G GTP . c GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? metalc ? metalc9 W MG MG . c MG 501 1_555 X O1B GTP . c GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc10 J OE1 GLU 70 d GLU 70 1_555 Y MG MG . d MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc11 Y MG MG . d MG 501 1_555 Z O1G GTP . d GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? metalc ? metalc12 Y MG MG . d MG 501 1_555 Z O1B GTP . d GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc13 K OE1 GLU 70 e GLU 70 1_555 AA MG MG . e MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc14 AA MG MG . e MG 501 1_555 BA O1G GTP . e GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? metalc ? metalc15 AA MG MG . e MG 501 1_555 BA O1B GTP . e GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc16 L OE1 GLU 70 f GLU 70 1_555 CA MG MG . f MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc17 CA MG MG . f MG 501 1_555 DA O1G GTP . f GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? metalc ? metalc18 CA MG MG . f MG 501 1_555 DA O1B GTP . f GTP 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 174 n n PG O2G GTP sing 175 n n PG O3G GTP sing 176 n n PG O3B GTP sing 177 n n O2G HOG2 GTP sing 178 n n O3G HOG3 GTP sing 179 n n O3B PB GTP sing 180 n n PB O1B GTP doub 181 n n PB O2B GTP sing 182 n n PB O3A GTP sing 183 n n O2B HOB2 GTP sing 184 n n O3A PA GTP sing 185 n n PA O1A GTP doub 186 n n PA O2A GTP sing 187 n n PA O5' GTP sing 188 n n O2A HOA2 GTP sing 189 n n O5' C5' GTP sing 190 n n C5' C4' GTP sing 191 n n C5' H5' GTP sing 192 n n C5' "H5''" GTP sing 193 n n C4' O4' GTP sing 194 n n C4' C3' GTP sing 195 n n C4' H4' GTP sing 196 n n O4' C1' GTP sing 197 n n C3' O3' GTP sing 198 n n C3' C2' GTP sing 199 n n C3' H3' GTP sing 200 n n O3' HO3' GTP sing 201 n n C2' O2' GTP sing 202 n n C2' C1' GTP sing 203 n n C2' H2' GTP sing 204 n n O2' HO2' GTP sing 205 n n C1' N9 GTP sing 206 n n C1' H1' GTP sing 207 n n N9 C8 GTP sing 208 n y N9 C4 GTP sing 209 n y C8 N7 GTP doub 210 n y C8 H8 GTP sing 211 n n N7 C5 GTP sing 212 n y C5 C6 GTP sing 213 n n C5 C4 GTP doub 214 n y C6 O6 GTP doub 215 n n C6 N1 GTP sing 216 n n N1 C2 GTP sing 217 n n N1 HN1 GTP sing 218 n n C2 N2 GTP sing 219 n n C2 N3 GTP doub 220 n n N2 HN21 GTP sing 221 n n N2 HN22 GTP sing 222 n n N3 C4 GTP sing 223 n n # _atom_sites.entry_id 9G0P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 GDP A 1 501 501 GDP GDP . N 3 GDP B 1 501 501 GDP GDP . O 3 GDP C 1 501 501 GDP GDP . P 3 GDP D 1 501 501 GDP GDP . Q 3 GDP E 1 501 501 GDP GDP . R 3 GDP F 1 501 501 GDP GDP . S 4 GTP a 1 501 501 GTP GTP . T 5 MG a 1 502 502 MG MG . U 4 GTP b 1 501 501 GTP GTP . V 5 MG b 1 502 502 MG MG . W 5 MG c 1 501 502 MG MG . X 4 GTP c 1 502 501 GTP GTP . Y 5 MG d 1 501 502 MG MG . Z 4 GTP d 1 502 501 GTP GTP . AA 5 MG e 1 501 502 MG MG . BA 4 GTP e 1 502 501 GTP GTP . CA 5 MG f 1 501 502 MG MG . DA 4 GTP f 1 502 501 GTP GTP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . U 4 172.199 112.017 138.069 1 23.36 ? PG GTP 501 b 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . U 4 172.701 113.406 137.757 1 21.13 ? O1G GTP 501 b 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . U 4 173.234 110.997 137.669 1 27.02 ? O2G GTP 501 b 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . U 4 170.931 111.746 137.304 1 20.83 ? O3G GTP 501 b 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . U 4 171.902 111.91 139.645 1 15.37 ? O3B GTP 501 b 1 HETATM 6 P PB GTP . . . U 4 171.541 113.234 140.481 1 19.81 ? PB GTP 501 b 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . U 4 172.578 114.3 140.214 1 27.07 ? O1B GTP 501 b 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . U 4 171.447 112.915 141.951 1 18.98 ? O2B GTP 501 b 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . U 4 170.112 113.703 139.918 1 19.09 ? O3A GTP 501 b 1 HETATM 10 P PA GTP . . . U 4 169.19 114.696 140.785 1 20.07 ? PA GTP 501 b 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . U 4 168.795 115.874 139.93 1 17.98 ? O1A GTP 501 b 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . U 4 169.886 115.149 142.045 1 17.19 ? O2A GTP 501 b 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . U 4 167.869 113.855 141.128 1 21.48 ? O5' GTP 501 b 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . U 4 166.631 114.35 140.68 1 18.35 ? C5' GTP 501 b 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . U 4 165.955 115.199 141.75 1 13.87 ? C4' GTP 501 b 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . U 4 166.857 115.996 142.492 1 12.71 ? O4' GTP 501 b 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . U 4 165.006 116.192 141.12 1 13.23 ? C3' GTP 501 b 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . U 4 163.723 115.629 141.003 1 15.61 ? O3' GTP 501 b 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . U 4 165.007 117.367 142.077 1 12.31 ? C2' GTP 501 b 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . U 4 163.782 117.425 142.765 1 19.25 ? O2' GTP 501 b 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . U 4 166.151 117.096 143.044 1 12.66 ? C1' GTP 501 b 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . U 4 167.015 118.287 143.183 1 13.2 ? N9 GTP 501 b 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . U 4 168.02 118.654 142.333 1 12.53 ? C8 GTP 501 b 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . U 4 168.584 119.791 142.794 1 10.54 ? N7 GTP 501 b 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . U 4 167.965 120.158 143.932 1 11.66 ? C5 GTP 501 b 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . U 4 168.156 121.23 144.793 1 12.53 ? C6 GTP 501 b 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . U 4 169.029 122.061 144.566 1 14.96 ? O6 GTP 501 b 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . U 4 167.363 121.365 145.904 1 12.06 ? N1 GTP 501 b 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . U 4 166.386 120.429 146.156 1 16.28 ? C2 GTP 501 b 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . U 4 165.619 120.559 147.234 1 19.36 ? N2 GTP 501 b 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . U 4 166.2 119.362 145.296 1 14.7 ? N3 GTP 501 b 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . U 4 166.977 119.222 144.193 1 12.99 ? C4 GTP 501 b 1 HETATM 33 H H3 GTP . . . U 4 165.48 118.681 145.491 1 14.7 ? H3 GTP 501 b 1 HETATM 34 H H5' GTP . . . U 4 165.982 113.51 140.431 1 18.35 ? H5' GTP 501 b 1 HETATM 35 H "H5''" GTP . . . U 4 166.79 114.957 139.789 1 18.35 ? "H5''" GTP 501 b 1 HETATM 36 H H4' GTP . . . U 4 165.402 114.551 142.43 1 13.87 ? H4' GTP 501 b 1 HETATM 37 H H3' GTP . . . U 4 165.375 116.5 140.142 1 13.23 ? H3' GTP 501 b 1 HETATM 38 H HO3' GTP . . . U 4 163.275 116.008 140.243 1 15.61 ? HO3' GTP 501 b 1 HETATM 39 H H2' GTP . . . U 4 165.181 118.297 141.535 1 12.31 ? H2' GTP 501 b 1 HETATM 40 H HO2' GTP . . . U 4 163.897 117.915 143.583 1 19.25 ? HO2' GTP 501 b 1 HETATM 41 H H1' GTP . . . U 4 165.748 116.82 144.019 1 12.66 ? H1' GTP 501 b 1 HETATM 42 H H8 GTP . . . U 4 168.315 118.123 141.44 1 12.53 ? H8 GTP 501 b 1 HETATM 43 H HN21 GTP . . . U 4 165.756 121.339 147.86 1 19.36 ? HN21 GTP 501 b 1 HETATM 44 H HN22 GTP . . . U 4 164.899 119.877 147.427 1 19.36 ? HN22 GTP 501 b 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 99 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 44 #