data_9G86
#
_model_server_result.job_id            j28IEi4LYviRK2kubHFi2A 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-11 18:20:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          9g86 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    9G86 
#
_exptl.entry_id    9G86 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              690.411 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            9G86 
_cell.length_a            132.571 
_cell.length_b            132.571 
_cell.length_c            508.411 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9G86 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        178 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 61 2 (x,y,z+5/12)' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61 2 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,U,V 1 1 
C,D,M,N,O,P,Q,R,S,T,W,X 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 P N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 326 A ASP 327 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc2 A O ILE 327 A ILE 328 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 369 A GLU 370 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 369 A GLU 370 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.896 ? 
metalc ? metalc5 F O3G 0O2 . A 0O2 502 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc6 F O3B 0O2 . A 0O2 502 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc7 F O3A 0O2 . A 0O2 502 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? 
metalc ? metalc8 B O ILE 327 B ILE 328 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
metalc ? metalc9 B OE1 GLU 369 B GLU 370 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc10 B OE2 GLU 369 B GLU 370 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.817 ? 
metalc ? metalc11 K O2G 0O2 . B 0O2 504 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? 
metalc ? metalc12 K O3G 0O2 . B 0O2 504 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? 
metalc ? metalc13 K O2B 0O2 . B 0O2 504 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc14 K O3B 0O2 . B 0O2 504 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc15 K O1A 0O2 . B 0O2 504 1_555 L MG MG . B MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc16 C OD2 ASP 326 C ASP 327 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc17 C O ILE 327 C ILE 328 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc18 C OE1 GLU 369 C GLU 370 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc19 C OE2 GLU 369 C GLU 370 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? 
metalc ? metalc20 N O3G 0O2 . C 0O2 502 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc21 N O2B 0O2 . C 0O2 502 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc22 N O3B 0O2 . C 0O2 502 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc23 N O3A 0O2 . C 0O2 502 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc24 D OD2 ASP 326 D ASP 327 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc25 D O ILE 327 D ILE 328 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? 
metalc ? metalc26 D OE1 GLU 369 D GLU 370 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc27 D OE2 GLU 369 D GLU 370 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc28 Q O2G 0O2 . D 0O2 502 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc29 Q O3B 0O2 . D 0O2 502 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? 
metalc ? metalc30 Q O3A 0O2 . D 0O2 502 1_555 T MG MG . D MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
#
_chem_comp.formula           'C20 H24 N10 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    690.411 
_chem_comp.id                C2E 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'c-di-GMP;Cyclic diguanosine monophosphate' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
P1 O2P C2E sing 130 n n 
O1P P1 C2E doub 131 n n 
O5' P1 C2E sing 132 n n 
C5' O5' C2E sing 133 n n 
C4' O4' C2E sing 134 n n 
C4' C5' C2E sing 135 n n 
C3' C4' C2E sing 136 n n 
O3' P11 C2E sing 137 n n 
O3' C3' C2E sing 138 n n 
C2' C3' C2E sing 139 n n 
C2' C1' C2E sing 140 n n 
O2' C2' C2E sing 141 n n 
C1' O4' C2E sing 142 n n 
C1' N9 C2E sing 143 n n 
N9 C4 C2E sing 144 n y 
N9 C8 C2E sing 145 n y 
C8 N7 C2E doub 146 n y 
C5 N7 C2E sing 147 n y 
C5 C6 C2E sing 148 n n 
C6 O6 C2E doub 149 n n 
N1 C6 C2E sing 150 n n 
C2 N1 C2E sing 151 n n 
N2 C2 C2E sing 152 n n 
N3 C2 C2E doub 153 n n 
N3 C4 C2E sing 154 n n 
C4 C5 C2E doub 155 n y 
P11 O21 C2E sing 156 n n 
P11 O5A C2E sing 157 n n 
O11 P11 C2E doub 158 n n 
C5A O5A C2E sing 159 n n 
C5A C4A C2E sing 160 n n 
C4A O4A C2E sing 161 n n 
C4A C3A C2E sing 162 n n 
O4A C1A C2E sing 163 n n 
C3A C2A C2E sing 164 n n 
O3A C3A C2E sing 165 n n 
O3A P1 C2E sing 166 n n 
C2A O2A C2E sing 167 n n 
C1A C2A C2E sing 168 n n 
C1A N91 C2E sing 169 n n 
N91 C41 C2E sing 170 n y 
C81 N71 C2E doub 171 n y 
C81 N91 C2E sing 172 n y 
N71 C51 C2E sing 173 n y 
C51 C41 C2E doub 174 n y 
C51 C61 C2E sing 175 n n 
C61 O61 C2E doub 176 n n 
C61 N11 C2E sing 177 n n 
C21 N11 C2E sing 178 n n 
C21 N21 C2E sing 179 n n 
N31 C21 C2E doub 180 n n 
C41 N31 C2E sing 181 n n 
O2P HO2P C2E sing 182 n n 
C5' "H5'1" C2E sing 183 n n 
C5' "H5'2" C2E sing 184 n n 
C4' H4' C2E sing 185 n n 
C3' H3' C2E sing 186 n n 
C2' H2' C2E sing 187 n n 
O2' HO2' C2E sing 188 n n 
C1' H1' C2E sing 189 n n 
C8 H8 C2E sing 190 n n 
N1 HN1 C2E sing 191 n n 
N2 HN21 C2E sing 192 n n 
N2 HN22 C2E sing 193 n n 
O21 HO21 C2E sing 194 n n 
C5A H511 C2E sing 195 n n 
C5A H512 C2E sing 196 n n 
C4A H4A C2E sing 197 n n 
C3A H3A C2E sing 198 n n 
C2A H2A C2E sing 199 n n 
O2A HO2A C2E sing 200 n n 
C1A H1A C2E sing 201 n n 
C81 H81 C2E sing 202 n n 
N11 HN11 C2E sing 203 n n 
N21 HN24 C2E sing 204 n n 
N21 HN23 C2E sing 205 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9G86 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007543 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004355 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00871 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.001967 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 C2E A 1 501 502 C2E C2E . 
F 3 0O2 A 1 502 503 0O2 0O2 . 
G 4 MG A 1 503 5 MG MG . 
H 2 C2E B 1 501 501 C2E C2E . 
I 2 C2E B 1 502 501 C2E C2E . 
J 2 C2E B 1 503 502 C2E C2E . 
K 3 0O2 B 1 504 503 0O2 0O2 . 
L 4 MG B 1 505 4 MG MG . 
M 2 C2E C 1 501 502 C2E C2E . 
N 3 0O2 C 1 502 504 0O2 0O2 . 
O 4 MG C 1 503 2 MG MG . 
P 2 C2E D 1 501 501 C2E C2E . 
Q 3 0O2 D 1 502 504 0O2 0O2 . 
R 2 C2E D 1 503 505 C2E C2E . 
S 2 C2E D 1 504 506 C2E C2E . 
T 4 MG D 1 505 3 MG MG . 
U 5 HOH A 1 601 14 HOH HOH . 
U 5 HOH A 2 602 5 HOH HOH . 
U 5 HOH A 3 603 13 HOH HOH . 
U 5 HOH A 4 604 7 HOH HOH . 
U 5 HOH A 5 605 11 HOH HOH . 
V 5 HOH B 1 601 20 HOH HOH . 
V 5 HOH B 2 602 15 HOH HOH . 
V 5 HOH B 3 603 19 HOH HOH . 
V 5 HOH B 4 604 1 HOH HOH . 
V 5 HOH B 5 605 2 HOH HOH . 
V 5 HOH B 6 606 21 HOH HOH . 
V 5 HOH B 7 607 4 HOH HOH . 
W 5 HOH C 1 601 17 HOH HOH . 
W 5 HOH C 2 602 16 HOH HOH . 
W 5 HOH C 3 603 22 HOH HOH . 
W 5 HOH C 4 604 18 HOH HOH . 
X 5 HOH D 1 601 10 HOH HOH . 
X 5 HOH D 2 602 9 HOH HOH . 
X 5 HOH D 3 603 6 HOH HOH . 
X 5 HOH D 4 604 8 HOH HOH . 
X 5 HOH D 5 605 12 HOH HOH . 
X 5 HOH D 6 606 3 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P P1 C2E . . . H 2 62.601 6.98 42.023 1 64.26 ? P1 C2E 501 B 1 
HETATM 2 O O2P C2E . . . H 2 61.814 8.062 42.737 1 75.64 ? O2P C2E 501 B 1 
HETATM 3 O O1P C2E . . . H 2 64.056 7.384 42.091 1 78.65 ? O1P C2E 501 B 1 
HETATM 4 O O5' C2E . . . H 2 62.02 6.992 40.458 1 72.89 ? O5' C2E 501 B 1 
HETATM 5 C C5' C2E . . . H 2 60.635 7.349 40.265 1 75.31 ? C5' C2E 501 B 1 
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