data_9GCH # _model_server_result.job_id ypKVrOP97X40Hbgq084QNA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 10:03:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9gch # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":101}' # _entry.id 9GCH # _exptl.entry_id 9GCH _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9GCH _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9GCH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id H _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 F P U 1 T U 2 1_555 H O3' GTP . T GTP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? metalc ? metalc1 J O HOH . F HOH 607 1_555 I MG MG . T MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc2 F OP1 U 10 T U 11 1_555 I MG MG . T MG 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 F N3 U 1 T U 2 1_555 F N1 A 66 T A 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 F O4 U 1 T U 2 1_555 F N6 A 66 T A 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 F N1 A 2 T A 3 1_555 F N3 U 65 T U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 F N6 A 2 T A 3 1_555 F O4 U 65 T U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 F N1 A 3 T A 4 1_555 F N3 U 64 T U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 F N6 A 3 T A 4 1_555 F O4 U 64 T U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 F N1 A 4 T A 5 1_555 F N3 U 63 T U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 F N6 A 4 T A 5 1_555 F O4 U 63 T U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 F N3 U 5 T U 6 1_555 F N1 A 62 T A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 F O4 U 5 T U 6 1_555 F N6 A 62 T A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 F N1 A 6 T A 7 1_555 F N3 U 61 T U 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 F N6 A 6 T A 7 1_555 F O4 U 61 T U 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-U MISPAIR' hydrog13 F N3 U 7 T U 8 1_555 F O4 U 12 T U 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 F N1 G 9 T G 10 1_555 F N3 C 21 T C 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 F N2 G 9 T G 10 1_555 F O2 C 21 T C 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 F O6 G 9 T G 10 1_555 F N4 C 21 T C 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 F N3 U 10 T U 11 1_555 F N1 A 20 T A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 F O4 U 10 T U 11 1_555 F N6 A 20 T A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 F N3 U 11 T U 12 1_555 F N1 A 19 T A 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 F O4 U 11 T U 12 1_555 F N6 A 19 T A 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 F N3 U 12 T U 13 1_555 F N1 A 18 T A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 F O4 U 12 T U 13 1_555 F N6 A 18 T A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog23 F N1 A 13 T A 14 1_555 F N4 C 43 T C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 F N3 U 23 T U 24 1_555 F N1 A 39 T A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 F O4 U 23 T U 24 1_555 F N6 A 39 T A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 F N3 C 24 T C 25 1_555 F N1 G 38 T G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 F N4 C 24 T C 25 1_555 F O6 G 38 T G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 F O2 C 24 T C 25 1_555 F N2 G 38 T G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 F N1 A 25 T A 26 1_555 F N3 U 37 T U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 F N6 A 25 T A 26 1_555 F O4 U 37 T U 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 F N1 G 26 T G 27 1_555 F N3 C 36 T C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 F N2 G 26 T G 27 1_555 F O2 C 36 T C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 F O6 G 26 T G 27 1_555 F N4 C 36 T C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 F N1 A 27 T A 28 1_555 F N3 U 35 T U 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 F N6 A 27 T A 28 1_555 F O4 U 35 T U 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 F N1 A 44 T A 45 1_555 F N3 U 60 T U 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 F N6 A 44 T A 45 1_555 F O4 U 60 T U 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 F N1 G 45 T G 46 1_555 F N3 C 59 T C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 F N2 G 45 T G 46 1_555 F O2 C 59 T C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 F O6 G 45 T G 46 1_555 F N4 C 59 T C 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog41 F N6 A 46 T A 47 1_555 F N3 C 58 T C 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 F N1 G 47 T G 48 1_555 F N3 C 57 T C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 F N2 G 47 T G 48 1_555 F O2 C 57 T C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 F O6 G 47 T G 48 1_555 F N4 C 57 T C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 F N1 G 48 T G 49 1_555 F N3 C 56 T C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 F N2 G 48 T G 49 1_555 F O2 C 56 T C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 F O6 G 48 T G 49 1_555 F N4 C 56 T C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog48 F N3 C 49 T C 50 1_555 F N6 A 55 T A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog49 F O2 U 50 T U 51 1_555 F N4 C 53 T C 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 244 n n PG O2G GTP sing 245 n n PG O3G GTP sing 246 n n PG O3B GTP sing 247 n n O2G HOG2 GTP sing 248 n n O3G HOG3 GTP sing 249 n n O3B PB GTP sing 250 n n PB O1B GTP doub 251 n n PB O2B GTP sing 252 n n PB O3A GTP sing 253 n n O2B HOB2 GTP sing 254 n n O3A PA GTP sing 255 n n PA O1A GTP doub 256 n n PA O2A GTP sing 257 n n PA O5' GTP sing 258 n n O2A HOA2 GTP sing 259 n n O5' C5' GTP sing 260 n n C5' C4' GTP sing 261 n n C5' H5' GTP sing 262 n n C5' "H5''" GTP sing 263 n n C4' O4' GTP sing 264 n n C4' C3' GTP sing 265 n n C4' H4' GTP sing 266 n n O4' C1' GTP sing 267 n n C3' O3' GTP sing 268 n n C3' C2' GTP sing 269 n n C3' H3' GTP sing 270 n n O3' HO3' GTP sing 271 n n C2' O2' GTP sing 272 n n C2' C1' GTP sing 273 n n C2' H2' GTP sing 274 n n O2' HO2' GTP sing 275 n n C1' N9 GTP sing 276 n n C1' H1' GTP sing 277 n n N9 C8 GTP sing 278 n y N9 C4 GTP sing 279 n y C8 N7 GTP doub 280 n y C8 H8 GTP sing 281 n n N7 C5 GTP sing 282 n y C5 C6 GTP sing 283 n n C5 C4 GTP doub 284 n y C6 O6 GTP doub 285 n n C6 N1 GTP sing 286 n n N1 C2 GTP sing 287 n n N1 HN1 GTP sing 288 n n C2 N2 GTP sing 289 n n C2 N3 GTP doub 290 n n N2 HN21 GTP sing 291 n n N2 HN22 GTP sing 292 n n N3 C4 GTP sing 293 n n # _atom_sites.entry_id 9GCH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 SAM F 1 501 401 SAM SAM . H 5 GTP T 1 101 1 GTP GTP . I 6 MG T 1 102 1 MG MG . J 7 HOH F 1 601 4 HOH HOH . J 7 HOH F 2 602 1 HOH HOH . J 7 HOH F 3 603 3 HOH HOH . J 7 HOH F 4 604 6 HOH HOH . J 7 HOH F 5 605 10 HOH HOH . J 7 HOH F 6 606 2 HOH HOH . J 7 HOH F 7 607 7 HOH HOH . J 7 HOH F 8 608 5 HOH HOH . K 7 HOH T 1 201 8 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . H 5 218.38 231.613 262.598 1 253.05 ? PG GTP 101 T 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . H 5 218.722 231.785 264.067 1 251.26 ? O1G GTP 101 T 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . H 5 217.18 230.701 262.413 1 252.17 ? O2G GTP 101 T 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . H 5 219.574 231.15 261.785 1 252.09 ? O3G GTP 101 T 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . H 5 217.994 233.074 262.01 1 242.63 ? O3B GTP 101 T 1 HETATM 6 P PB GTP . . . H 5 217.295 234.318 262.741 1 234.79 ? PB GTP 101 T 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . H 5 217.837 234.416 264.112 1 234.29 ? O1B GTP 101 T 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . H 5 217.329 235.491 261.845 1 235.31 ? O2B GTP 101 T 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . H 5 215.77 233.857 262.901 1 224.03 ? O3A GTP 101 T 1 HETATM 10 P PA GTP . . . H 5 215.104 233.081 264.142 1 215.05 ? PA GTP 101 T 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . H 5 213.862 232.41 263.682 1 211.85 ? O1A GTP 101 T 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . H 5 216.103 232.201 264.806 1 217.05 ? O2A GTP 101 T 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . H 5 214.677 234.308 265.084 1 196.09 ? O5' GTP 101 T 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . H 5 214.919 234.206 266.523 1 182.45 ? C5' GTP 101 T 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . H 5 213.658 233.755 267.223 1 171.22 ? C4' GTP 101 T 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . H 5 212.559 234.599 266.819 1 161.35 ? O4' GTP 101 T 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . H 5 213.25 232.302 266.965 1 163.88 ? C3' GTP 101 T 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . H 5 213.294 231.824 268.331 1 162.7 ? O3' GTP 101 T 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . H 5 211.901 232.405 266.232 1 159.12 ? C2' GTP 101 T 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . H 5 211.066 231.397 266.735 1 154.63 ? O2' GTP 101 T 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . H 5 211.405 233.801 266.602 1 154.87 ? C1' GTP 101 T 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . H 5 210.665 234.37 265.482 1 145.12 ? N9 GTP 101 T 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . H 5 211.112 234.475 264.189 1 142.71 ? C8 GTP 101 T 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . H 5 210.232 235.01 263.374 1 137.8 ? N7 GTP 101 T 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . H 5 209.136 235.283 264.18 1 132.62 ? C5 GTP 101 T 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . H 5 207.892 235.868 263.842 1 127.19 ? C6 GTP 101 T 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . H 5 207.578 236.253 262.724 1 128.17 ? O6 GTP 101 T 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . H 5 207.007 236.009 264.92 1 126.62 ? N1 GTP 101 T 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . H 5 207.322 235.595 266.192 1 127.83 ? C2 GTP 101 T 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . H 5 206.395 235.75 267.159 1 127.67 ? N2 GTP 101 T 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . H 5 208.5 235.029 266.504 1 131.39 ? N3 GTP 101 T 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . H 5 209.371 234.901 265.47 1 136.43 ? C4 GTP 101 T 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 241 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 32 #