data_9GCS
#
_model_server_result.job_id            Z4tOh5wRy0NRpS-CIm0plA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-27 16:49:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9gcs 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    9GCS 
#
_exptl.entry_id    9GCS 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9GCS 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9GCS 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    22-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      22 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 W N N 
? 3 Y N N 
? 3 AA N N 
? 3 CA N N 
? 3 EA N N 
? 3 GA N N 
? 3 IA N N 
? 3 KA N N 
? 3 MA N N 
? 3 OA N N 
? 3 QA N N 
? 3 SA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 185 C THR 185 1_555 X MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc2 W O2G ATP . C ATP 501 1_555 X MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc3 W O1B ATP . C ATP 501 1_555 X MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc4 W O3B ATP . C ATP 501 1_555 X MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.874 ? 
metalc ? metalc5 B OG1 THR 185 D THR 185 1_555 Z MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc6 Y O2G ATP . D ATP 501 1_555 Z MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc7 Y O1B ATP . D ATP 501 1_555 Z MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc8 Y O1A ATP . D ATP 501 1_555 Z MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? 
metalc ? metalc9 C OG1 THR 185 E THR 185 1_555 BA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc10 AA O2G ATP . E ATP 501 1_555 BA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc11 AA O1B ATP . E ATP 501 1_555 BA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc12 AA O1A ATP . E ATP 501 1_555 BA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc13 D OG1 THR 185 J THR 185 1_555 DA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc14 CA O2G ATP . J ATP 501 1_555 DA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc15 CA O1B ATP . J ATP 501 1_555 DA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc16 CA O2A ATP . J ATP 501 1_555 DA MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? 
metalc ? metalc17 E OG1 THR 185 K THR 185 1_555 FA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc18 EA O2G ATP . K ATP 501 1_555 FA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc19 EA O1B ATP . K ATP 501 1_555 FA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc20 EA O3B ATP . K ATP 501 1_555 FA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? 
metalc ? metalc21 F OG1 THR 185 L THR 185 1_555 HA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc22 GA O2G ATP . L ATP 501 1_555 HA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc23 GA O1B ATP . L ATP 501 1_555 HA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc24 GA O3B ATP . L ATP 501 1_555 HA MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc25 G OG1 THR 185 M THR 185 1_555 JA MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc26 IA O2G ATP . M ATP 501 1_555 JA MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc27 IA O1B ATP . M ATP 501 1_555 JA MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc28 IA O3B ATP . M ATP 501 1_555 JA MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? 
metalc ? metalc29 H OG1 THR 185 O THR 185 1_555 LA MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc30 KA O2G ATP . O ATP 501 1_555 LA MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc31 KA O1B ATP . O ATP 501 1_555 LA MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc32 KA O2A ATP . O ATP 501 1_555 LA MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc33 S OG1 THR 185 B THR 185 1_555 NA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc34 MA O2G ATP . B ATP 501 1_555 NA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc35 MA O1B ATP . B ATP 501 1_555 NA MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc36 T OG1 THR 185 G THR 185 1_555 PA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc37 T OE2 GLU 211 G GLU 211 1_555 PA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc38 OA O2G ATP . G ATP 501 1_555 PA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc39 OA O1B ATP . G ATP 501 1_555 PA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc40 OA O3B ATP . G ATP 501 1_555 PA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? 
metalc ? metalc41 U OG1 THR 185 N THR 185 1_555 RA MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc42 QA O2G ATP . N ATP 501 1_555 RA MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc43 QA O1B ATP . N ATP 501 1_555 RA MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc44 QA O3B ATP . N ATP 501 1_555 RA MG MG . N MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc45 V OG1 THR 185 F THR 185 1_555 TA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc46 SA O2G ATP . F ATP 501 1_555 TA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc47 SA O1B ATP . F ATP 501 1_555 TA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? 
metalc ? metalc48 SA O3B ATP . F ATP 501 1_555 TA MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 70 n n 
PG O2G ATP sing 71 n n 
PG O3G ATP sing 72 n n 
PG O3B ATP sing 73 n n 
O2G HOG2 ATP sing 74 n n 
O3G HOG3 ATP sing 75 n n 
PB O1B ATP doub 76 n n 
PB O2B ATP sing 77 n n 
PB O3B ATP sing 78 n n 
PB O3A ATP sing 79 n n 
O2B HOB2 ATP sing 80 n n 
PA O1A ATP doub 81 n n 
PA O2A ATP sing 82 n n 
PA O3A ATP sing 83 n n 
PA O5' ATP sing 84 n n 
O2A HOA2 ATP sing 85 n n 
O5' C5' ATP sing 86 n n 
C5' C4' ATP sing 87 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 88 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 89 n n 
C4' O4' ATP sing 90 n n 
C4' C3' ATP sing 91 n n 
C4' H4' ATP sing 92 n n 
O4' C1' ATP sing 93 n n 
C3' O3' ATP sing 94 n n 
C3' C2' ATP sing 95 n n 
C3' H3' ATP sing 96 n n 
O3' HO3' ATP sing 97 n n 
C2' O2' ATP sing 98 n n 
C2' C1' ATP sing 99 n n 
C2' H2' ATP sing 100 n n 
O2' HO2' ATP sing 101 n n 
C1' N9 ATP sing 102 n n 
C1' H1' ATP sing 103 n n 
N9 C8 ATP sing 104 n y 
N9 C4 ATP sing 105 n y 
C8 N7 ATP doub 106 n y 
C8 H8 ATP sing 107 n n 
N7 C5 ATP sing 108 n y 
C5 C6 ATP sing 109 n y 
C5 C4 ATP doub 110 n y 
C6 N6 ATP sing 111 n n 
C6 N1 ATP doub 112 n y 
N6 HN61 ATP sing 113 n n 
N6 HN62 ATP sing 114 n n 
N1 C2 ATP sing 115 n y 
C2 N3 ATP doub 116 n y 
C2 H2 ATP sing 117 n n 
N3 C4 ATP sing 118 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     9GCS 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
W 3 ATP C 1 501 501 ATP ATP . 
X 4 MG C 1 502 502 MG MG . 
Y 3 ATP D 1 501 501 ATP ATP . 
Z 4 MG D 1 502 502 MG MG . 
AA 3 ATP E 1 501 501 ATP ATP . 
BA 4 MG E 1 502 502 MG MG . 
CA 3 ATP J 1 501 501 ATP ATP . 
DA 4 MG J 1 502 502 MG MG . 
EA 3 ATP K 1 501 501 ATP ATP . 
FA 4 MG K 1 502 502 MG MG . 
GA 3 ATP L 1 501 501 ATP ATP . 
HA 4 MG L 1 502 502 MG MG . 
IA 3 ATP M 1 501 501 ATP ATP . 
JA 4 MG M 1 502 502 MG MG . 
KA 3 ATP O 1 501 501 ATP ATP . 
LA 4 MG O 1 502 502 MG MG . 
MA 3 ATP B 1 501 501 ATP ATP . 
NA 4 MG B 1 502 502 MG MG . 
OA 3 ATP G 1 501 501 ATP ATP . 
PA 4 MG G 1 502 502 MG MG . 
QA 3 ATP N 1 501 501 ATP ATP . 
RA 4 MG N 1 502 502 MG MG . 
SA 3 ATP F 1 501 501 ATP ATP . 
TA 4 MG F 1 502 502 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG ATP . . . Y 3 198.718 179.896 135.435 1 126.94 ? PG ATP 501 D 1 
HETATM 2 O O1G ATP . . . Y 3 197.428 179.298 134.991 1 126.94 ? O1G ATP 501 D 1 
HETATM 3 O O2G ATP . . . Y 3 199.953 179.096 135.006 1 126.94 ? O2G ATP 501 D 1 
HETATM 4 O O3G ATP . . . Y 3 198.898 181.356 135.006 1 126.94 ? O3G ATP 501 D 1 
HETATM 5 P PB ATP . . . Y 3 199.885 180.006 138.184 1 126.94 ? PB ATP 501 D 1 
HETATM 6 O O1B ATP . . . Y 3 200.958 179.012 137.993 1 126.94 ? O1B ATP 501 D 1 
HETATM 7 O O2B ATP . . . Y 3 199.138 179.929 139.514 1 126.94 ? O2B ATP 501 D 1 
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HETATM 9 P PA ATP . . . Y 3 201.656 182.21 137.323 1 126.94 ? PA ATP 501 D 1 
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HETATM 11 O O2A ATP . . . Y 3 202.931 181.582 137.884 1 126.94 ? O2A ATP 501 D 1 
HETATM 12 O O3A ATP . . . Y 3 200.43 181.494 138.034 1 126.94 ? O3A ATP 501 D 1 
HETATM 13 O O5' ATP . . . Y 3 201.56 183.696 137.846 1 126.94 ? O5' ATP 501 D 1 
HETATM 14 C C5' ATP . . . Y 3 200.75 184.039 138.991 1 126.94 ? C5' ATP 501 D 1 
HETATM 15 C C4' ATP . . . Y 3 201.168 185.408 139.465 1 126.94 ? C4' ATP 501 D 1 
HETATM 16 O O4' ATP . . . Y 3 201.724 185.305 140.79 1 126.94 ? O4' ATP 501 D 1 
HETATM 17 C C3' ATP . . . Y 3 202.222 186.092 138.589 1 126.94 ? C3' ATP 501 D 1 
HETATM 18 O O3' ATP . . . Y 3 201.701 187.263 137.971 1 126.94 ? O3' ATP 501 D 1 
HETATM 19 C C2' ATP . . . Y 3 203.38 186.406 139.55 1 126.94 ? C2' ATP 501 D 1 
HETATM 20 O O2' ATP . . . Y 3 203.858 187.732 139.36 1 126.94 ? O2' ATP 501 D 1 
HETATM 21 C C1' ATP . . . Y 3 202.736 186.272 140.93 1 126.94 ? C1' ATP 501 D 1 
HETATM 22 N N9 ATP . . . Y 3 203.653 185.811 141.966 1 126.94 ? N9 ATP 501 D 1 
HETATM 23 C C8 ATP . . . Y 3 203.547 184.659 142.701 1 126.94 ? C8 ATP 501 D 1 
HETATM 24 N N7 ATP . . . Y 3 204.516 184.485 143.566 1 126.94 ? N7 ATP 501 D 1 
HETATM 25 C C5 ATP . . . Y 3 205.32 185.6 143.387 1 126.94 ? C5 ATP 501 D 1 
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