data_9H6X
#
_model_server_result.job_id            dSY4q_4UjjANZq5X5VnktQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-02 04:17:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          9h6x 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":2012}' 
#
_entry.id    9H6X 
#
_exptl.entry_id    9H6X 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              455.437 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9H6X 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 B N N 
? 2 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O MET 424 D MET 373 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 425 D ASP 374 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 425 D ASP 374 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 425 D ASP 374 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 447 D ASP 396 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASP 495 D ASP 444 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 495 D ASP 444 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.088 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 495 D ASP 444 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc9 A O TRP 496 D TRP 445 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 497 D ASP 446 1_555 C CA CA . D CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASP 497 D ASP 446 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc12 A OD2 ASP 497 D ASP 446 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc13 A OD2 ASP 497 D ASP 446 1_555 I CA CA . D CA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc14 A OG1 THR 500 D THR 449 1_555 I CA CA . D CA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc15 A O LYS 501 D LYS 450 1_555 I CA CA . D CA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc16 A OD2 ASP 503 D ASP 452 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASP 503 D ASP 452 1_555 I CA CA . D CA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc18 A O LEU 1205 D LEU 1154 1_555 F CA CA . D CA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASP 1206 D ASP 1155 1_555 E CA CA . D CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc20 A OD2 ASP 1206 D ASP 1155 1_555 E CA CA . D CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc21 A OD1 ASP 1206 D ASP 1155 1_555 F CA CA . D CA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc22 A OD2 ASP 1212 D ASP 1161 1_555 E CA CA . D CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc23 A OD1 ASP 1268 D ASP 1217 1_555 E CA CA . D CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc24 A OD2 ASP 1268 D ASP 1217 1_555 F CA CA . D CA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc25 A O ASN 1269 D ASN 1218 1_555 E CA CA . D CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc26 A OD1 ASP 1270 D ASP 1219 1_555 E CA CA . D CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc27 A OD1 ASP 1270 D ASP 1219 1_555 F CA CA . D CA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc28 A OD2 ASP 1270 D ASP 1219 1_555 F CA CA . D CA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc29 A OE2 GLU 1276 D GLU 1225 1_555 F CA CA . D CA 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc30 A O GLN 1619 D GLN 1568 1_555 H CA CA . D CA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc31 A OD1 ASP 1620 D ASP 1569 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc32 A OD2 ASP 1620 D ASP 1569 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc33 A OD1 ASP 1620 D ASP 1569 1_555 H CA CA . D CA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
metalc ? metalc34 A OD2 ASP 1626 D ASP 1575 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc35 A OD1 ASP 1675 D ASP 1624 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? 
metalc ? metalc36 A OD2 ASP 1675 D ASP 1624 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? 
metalc ? metalc37 A OD2 ASP 1675 D ASP 1624 1_555 H CA CA . D CA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc38 A O TYR 1676 D TYR 1625 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc39 A OD1 ASP 1677 D ASP 1626 1_555 G CA CA . D CA 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc40 A OD1 ASP 1677 D ASP 1626 1_555 H CA CA . D CA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc41 A OD2 ASP 1677 D ASP 1626 1_555 H CA CA . D CA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? 
metalc ? metalc42 A OD2 ASP 1677 D ASP 1626 1_555 J CA CA . D CA 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc43 A OG1 THR 1680 D THR 1629 1_555 J CA CA . D CA 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc44 A O ARG 1681 D ARG 1630 1_555 J CA CA . D CA 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc45 A OE1 GLU 1683 D GLU 1632 1_555 H CA CA . D CA 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? 
metalc ? metalc46 A OE1 GLU 1683 D GLU 1632 1_555 J CA CA . D CA 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc47 A OE2 GLU 1683 D GLU 1632 1_555 J CA CA . D CA 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc48 A OD1 ASP 1854 D ASP 1803 1_555 K CA CA . D CA 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc49 A OD2 ASP 1854 D ASP 1803 1_555 K CA CA . D CA 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc50 A OD1 ASP 1854 D ASP 1803 1_555 L CA CA . D CA 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc51 A O GLU 1855 D GLU 1804 1_555 L CA CA . D CA 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? 
metalc ? metalc52 A OD2 ASP 1865 D ASP 1814 1_555 K CA CA . D CA 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc53 A OD2 ASP 1940 D ASP 1889 1_555 L CA CA . D CA 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc54 A O ASN 1941 D ASN 1890 1_555 K CA CA . D CA 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc55 A OD1 ASP 1942 D ASP 1891 1_555 K CA CA . D CA 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc56 A OD2 ASP 1942 D ASP 1891 1_555 K CA CA . D CA 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? 
metalc ? metalc57 A OD1 ASP 1942 D ASP 1891 1_555 L CA CA . D CA 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc58 A OD2 ASP 1948 D ASP 1897 1_555 L CA CA . D CA 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc59 B O4 PSF . D PSF 2001 1_555 D CA CA . D CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc60 B O3 PSF . D PSF 2001 1_555 I CA CA . D CA 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc61 H CA CA . D CA 2007 1_555 M O3 PSF . D PSF 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc62 J CA CA . D CA 2009 1_555 M O3 PSF . D PSF 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? 
#
_chem_comp.formula           'C18 H34 N O10 P' 
_chem_comp.formula_weight    455.437 
_chem_comp.id                PSF 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     PHOSPHATIDYLSERINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O2 P PSF sing 275 n n 
O2 C2 PSF sing 276 n n 
O1 P PSF sing 277 n n 
O1 CB PSF sing 278 n n 
P O4 PSF doub 279 n n 
P O3 PSF sing 280 n n 
O3 HO3 PSF sing 281 n n 
C2 C3 PSF sing 282 n n 
C2 H21 PSF sing 283 n n 
C2 H22 PSF sing 284 n n 
C3 O11 PSF sing 285 n n 
C3 C4 PSF sing 286 n n 
C3 H31 PSF sing 287 n n 
O11 C1 PSF sing 288 n n 
O12 C1 PSF doub 289 n n 
C1 C13 PSF sing 290 n n 
C4 O52 PSF sing 291 n n 
C4 H41 PSF sing 292 n n 
C4 H42 PSF sing 293 n n 
C5 O51 PSF doub 294 n n 
C5 O52 PSF sing 295 n n 
C5 C6 PSF sing 296 n n 
C6 C7 PSF sing 297 n n 
C6 H61 PSF sing 298 n n 
C6 H62 PSF sing 299 n n 
C7 C8 PSF sing 300 n n 
C7 H71 PSF sing 301 n n 
C7 H72 PSF sing 302 n n 
C13 C14 PSF sing 303 n n 
C13 H131 PSF sing 304 n n 
C13 H132 PSF sing 305 n n 
C14 C15 PSF sing 306 n n 
C14 H141 PSF sing 307 n n 
C14 H142 PSF sing 308 n n 
C15 C16 PSF sing 309 n n 
C15 H151 PSF sing 310 n n 
C15 H152 PSF sing 311 n n 
N CA PSF sing 312 n n 
N H1 PSF sing 313 n n 
N H2 PSF sing 314 n n 
CA CB PSF sing 315 n n 
CA C PSF sing 316 n n 
CA HA PSF sing 317 n n 
CB HB1 PSF sing 318 n n 
CB HB2 PSF sing 319 n n 
C OT1 PSF doub 320 n n 
C OT2 PSF sing 321 n n 
OT2 HXT PSF sing 322 n n 
C8 C9 PSF sing 323 n n 
C8 H81 PSF sing 324 n n 
C8 H82 PSF sing 325 n n 
C9 C10 PSF sing 326 n n 
C9 H91 PSF sing 327 n n 
C9 H92 PSF sing 328 n n 
C10 H101 PSF sing 329 n n 
C10 H102 PSF sing 330 n n 
C10 H103 PSF sing 331 n n 
C16 C17 PSF sing 332 n n 
C16 H161 PSF sing 333 n n 
C16 H162 PSF sing 334 n n 
C17 H171 PSF sing 335 n n 
C17 H172 PSF sing 336 n n 
C17 H173 PSF sing 337 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9H6X 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
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F 3 CA D 1 2005 4 CA CA . 
G 3 CA D 1 2006 6 CA CA . 
H 3 CA D 1 2007 7 CA CA . 
I 3 CA D 1 2008 8 CA CA . 
J 3 CA D 1 2009 9 CA CA . 
K 3 CA D 1 2010 1 CA CA . 
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M 2 PSF D 1 2012 2001 PSF PSF . 
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