data_9IM5 # _model_server_result.job_id qDQkFhR4KX25s_RemUJA8Q _model_server_result.datetime_utc '2025-03-03 16:53:40' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9im5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":501}' # _entry.id 9IM5 # _exptl.entry_id 9IM5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9IM5 _cell.length_a 107.35 _cell.length_b 160.78 _cell.length_c 184.54 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9IM5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2ac 2ab' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,X,Y 1 1 F,W 1 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_545 -x,y-1/2,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 -80.39 92.27 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 Q N N ? 5 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.005 ? metalc ? metalc11 B OE2 GLU 111 B GLU 111 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc12 K MG MG . B MG 501 1_555 P O1A GDP . B GDP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc14 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc15 C O THR 41 C THR 41 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc16 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc17 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc18 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc19 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc20 Q O1G GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc21 Q O1B GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 273 n n PG O2G GTP sing 274 n n PG O3G GTP sing 275 n n PG O3B GTP sing 276 n n O2G HOG2 GTP sing 277 n n O3G HOG3 GTP sing 278 n n O3B PB GTP sing 279 n n PB O1B GTP doub 280 n n PB O2B GTP sing 281 n n PB O3A GTP sing 282 n n O2B HOB2 GTP sing 283 n n O3A PA GTP sing 284 n n PA O1A GTP doub 285 n n PA O2A GTP sing 286 n n PA O5' GTP sing 287 n n O2A HOA2 GTP sing 288 n n O5' C5' GTP sing 289 n n C5' C4' GTP sing 290 n n C5' H5' GTP sing 291 n n C5' "H5''" GTP sing 292 n n C4' O4' GTP sing 293 n n C4' C3' GTP sing 294 n n C4' H4' GTP sing 295 n n O4' C1' GTP sing 296 n n C3' O3' GTP sing 297 n n C3' C2' GTP sing 298 n n C3' H3' GTP sing 299 n n O3' HO3' GTP sing 300 n n C2' O2' GTP sing 301 n n C2' C1' GTP sing 302 n n C2' H2' GTP sing 303 n n O2' HO2' GTP sing 304 n n C1' N9 GTP sing 305 n n C1' H1' GTP sing 306 n n N9 C8 GTP sing 307 n y N9 C4 GTP sing 308 n y C8 N7 GTP doub 309 n y C8 H8 GTP sing 310 n n N7 C5 GTP sing 311 n y C5 C6 GTP sing 312 n n C5 C4 GTP doub 313 n y C6 O6 GTP doub 314 n n C6 N1 GTP sing 315 n n N1 C2 GTP sing 316 n n N1 HN1 GTP sing 317 n n C2 N2 GTP sing 318 n n C2 N3 GTP doub 319 n n N2 HN21 GTP sing 320 n n N2 HN22 GTP sing 321 n n N3 C4 GTP sing 322 n n # _atom_sites.entry_id 9IM5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009315 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00622 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005419 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 8 CL A 1 504 504 CL CL . K 6 MG B 1 501 502 MG MG . L 7 CA B 1 502 503 CA CA . M 9 MES B 1 503 504 MES MES . N 9 MES B 1 504 505 MES MES . O 10 A1L2T B 1 505 601 A1L2T LIG . P 11 GDP B 1 506 501 GDP GDP . Q 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . R 6 MG C 1 502 502 MG MG . S 7 CA C 1 503 503 CA CA . T 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . U 6 MG D 1 502 502 MG MG . V 10 A1L2T D 1 503 601 A1L2T LIG . W 12 ACP F 1 401 401 ACP ACP . X 13 HOH A 1 601 2 HOH HOH . Y 13 HOH B 1 601 4 HOH HOH . Y 13 HOH B 2 602 1 HOH HOH . Y 13 HOH B 3 603 5 HOH HOH . Y 13 HOH B 4 604 6 HOH HOH . Y 13 HOH B 5 605 3 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . G 5 27.538 75.321 46.771 1 40.21 ? PG GTP 501 A 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . G 5 26.545 76.093 45.92 1 38.21 ? O1G GTP 501 A 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . G 5 28.88 75.309 46.098 1 40.61 ? O2G GTP 501 A 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . G 5 27.081 73.907 46.998 1 29.59 ? O3G GTP 501 A 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . G 5 27.754 76.04 48.212 1 49.33 ? O3B GTP 501 A 1 HETATM 6 P PB GTP . . . G 5 26.832 77.206 48.87 1 32.05 ? PB GTP 501 A 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . G 5 26.504 78.299 47.887 1 25.69 ? O1B GTP 501 A 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . G 5 27.628 77.728 50.03 1 36.26 ? O2B GTP 501 A 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . G 5 25.487 76.438 49.347 1 36.91 ? O3A GTP 501 A 1 HETATM 10 P PA GTP . . . G 5 24.225 77.146 50.079 1 32.82 ? PA GTP 501 A 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . G 5 23.028 77.201 49.168 1 30.71 ? O1A GTP 501 A 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . G 5 24.582 78.52 50.599 1 28.31 ? O2A GTP 501 A 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . G 5 23.908 76.11 51.269 1 33.38 ? O5' GTP 501 A 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . G 5 22.74 75.33 51.316 1 30.02 ? C5' GTP 501 A 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . G 5 22.095 75.551 52.674 1 31.07 ? C4' GTP 501 A 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . G 5 22.012 76.941 52.867 1 32.49 ? O4' GTP 501 A 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . G 5 20.676 75.023 52.737 1 37.32 ? C3' GTP 501 A 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . G 5 20.445 74.554 54.043 1 32.07 ? O3' GTP 501 A 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . G 5 19.83 76.254 52.452 1 37.2 ? C2' GTP 501 A 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . G 5 18.529 76.19 53.001 1 36.27 ? O2' GTP 501 A 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . G 5 20.673 77.348 53.073 1 33.34 ? C1' GTP 501 A 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . G 5 20.455 78.644 52.414 1 32.26 ? N9 GTP 501 A 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . G 5 20.718 78.971 51.112 1 31.12 ? C8 GTP 501 A 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . G 5 20.386 80.268 50.925 1 34.74 ? N7 GTP 501 A 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . G 5 19.92 80.777 52.093 1 37.41 ? C5 GTP 501 A 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . G 5 19.45 82.036 52.464 1 36.76 ? C6 GTP 501 A 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . G 5 19.403 82.961 51.648 1 39.39 ? O6 GTP 501 A 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . G 5 19.035 82.247 53.761 1 30.01 ? N1 GTP 501 A 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . G 5 19.09 81.223 54.68 1 34.23 ? C2 GTP 501 A 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . G 5 18.691 81.427 55.934 1 36.77 ? N2 GTP 501 A 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . G 5 19.555 79.982 54.311 1 33.54 ? N3 GTP 501 A 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . G 5 19.965 79.763 53.038 1 35.54 ? C4 GTP 501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 28 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 25 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 32 #