data_9IM5
#
_model_server_result.job_id            8WaZgWzFGe4U1bEBJT7JOQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-07 00:02:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9im5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    9IM5 
#
_exptl.entry_id    9IM5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9IM5 
_cell.length_a            107.35 
_cell.length_b            160.78 
_cell.length_c            184.54 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9IM5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2ac 2ab' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,X,Y 1 1 
F,W 1 2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 3_545 -x,y-1/2,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 -80.39 92.27 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 Q N N 
? 5 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc10 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.005 ? 
metalc ? metalc11 B OE2 GLU 111 B GLU 111 1_555 L CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . B MG 501 1_555 P O1A GDP . B GDP 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc14 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc15 C O THR 41 C THR 41 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc16 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc17 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc18 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? 
metalc ? metalc19 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 S CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc20 Q O1G GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc21 Q O1B GTP . C GTP 501 1_555 R MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 273 n n 
PG O2G GTP sing 274 n n 
PG O3G GTP sing 275 n n 
PG O3B GTP sing 276 n n 
O2G HOG2 GTP sing 277 n n 
O3G HOG3 GTP sing 278 n n 
O3B PB GTP sing 279 n n 
PB O1B GTP doub 280 n n 
PB O2B GTP sing 281 n n 
PB O3A GTP sing 282 n n 
O2B HOB2 GTP sing 283 n n 
O3A PA GTP sing 284 n n 
PA O1A GTP doub 285 n n 
PA O2A GTP sing 286 n n 
PA O5' GTP sing 287 n n 
O2A HOA2 GTP sing 288 n n 
O5' C5' GTP sing 289 n n 
C5' C4' GTP sing 290 n n 
C5' H5' GTP sing 291 n n 
C5' "H5''" GTP sing 292 n n 
C4' O4' GTP sing 293 n n 
C4' C3' GTP sing 294 n n 
C4' H4' GTP sing 295 n n 
O4' C1' GTP sing 296 n n 
C3' O3' GTP sing 297 n n 
C3' C2' GTP sing 298 n n 
C3' H3' GTP sing 299 n n 
O3' HO3' GTP sing 300 n n 
C2' O2' GTP sing 301 n n 
C2' C1' GTP sing 302 n n 
C2' H2' GTP sing 303 n n 
O2' HO2' GTP sing 304 n n 
C1' N9 GTP sing 305 n n 
C1' H1' GTP sing 306 n n 
N9 C8 GTP sing 307 n y 
N9 C4 GTP sing 308 n y 
C8 N7 GTP doub 309 n y 
C8 H8 GTP sing 310 n n 
N7 C5 GTP sing 311 n y 
C5 C6 GTP sing 312 n n 
C5 C4 GTP doub 313 n y 
C6 O6 GTP doub 314 n n 
C6 N1 GTP sing 315 n n 
N1 C2 GTP sing 316 n n 
N1 HN1 GTP sing 317 n n 
C2 N2 GTP sing 318 n n 
C2 N3 GTP doub 319 n n 
N2 HN21 GTP sing 320 n n 
N2 HN22 GTP sing 321 n n 
N3 C4 GTP sing 322 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9IM5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009315 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00622 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005419 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 CL A 1 504 504 CL CL . 
K 6 MG B 1 501 502 MG MG . 
L 7 CA B 1 502 503 CA CA . 
M 9 MES B 1 503 504 MES MES . 
N 9 MES B 1 504 505 MES MES . 
O 10 A1L2T B 1 505 601 A1L2T LIG . 
P 11 GDP B 1 506 501 GDP GDP . 
Q 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
R 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
S 7 CA C 1 503 503 CA CA . 
T 5 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
U 6 MG D 1 502 502 MG MG . 
V 10 A1L2T D 1 503 601 A1L2T LIG . 
W 12 ACP F 1 401 401 ACP ACP . 
X 13 HOH A 1 601 2 HOH HOH . 
Y 13 HOH B 1 601 4 HOH HOH . 
Y 13 HOH B 2 602 1 HOH HOH . 
Y 13 HOH B 3 603 5 HOH HOH . 
Y 13 HOH B 4 604 6 HOH HOH . 
Y 13 HOH B 5 605 3 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . Q 5 21.235 18.953 -17.278 1 32.39 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . Q 5 20.167 19.201 -18.335 1 26.41 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . Q 5 22.55 19.476 -17.798 1 36.8 ? O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . Q 5 21.404 17.505 -16.942 1 23.85 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . Q 5 20.871 19.74 -15.909 1 31.54 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . Q 5 19.635 20.784 -15.76 1 24.77 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . Q 5 19.306 21.521 -17.039 1 30.88 ? O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . Q 5 20.008 21.746 -14.675 1 25.42 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . Q 5 18.422 19.785 -15.392 1 32.47 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . Q 5 16.932 20.204 -14.924 1 28.67 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . Q 5 15.943 19.903 -16.017 1 26.14 ? O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . Q 5 16.854 21.644 -14.455 1 25.62 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . Q 5 16.706 19.165 -13.706 1 29.18 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . Q 5 15.657 18.224 -13.679 1 30.1 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . Q 5 14.83 18.413 -12.418 1 26.45 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . Q 5 14.348 19.735 -12.415 1 27.49 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . Q 5 13.621 17.506 -12.4 1 33.61 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . Q 5 13.351 17.148 -11.067 1 29.8 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . Q 5 12.508 18.39 -12.916 1 33.67 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . Q 5 11.259 18.026 -12.384 1 36.18 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . Q 5 12.934 19.76 -12.429 1 32.38 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . Q 5 12.502 20.846 -13.327 1 32.09 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . Q 5 12.893 21.065 -14.621 1 28.5 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . Q 5 12.273 22.18 -15.059 1 32.25 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . Q 5 11.503 22.683 -14.065 1 32.61 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . Q 5 10.671 23.8 -13.976 1 32.21 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . Q 5 10.521 24.575 -14.932 1 29.43 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . Q 5 10.013 24.034 -12.787 1 30.85 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . Q 5 10.171 23.186 -11.707 1 30.92 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . Q 5 9.528 23.422 -10.564 1 30.79 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . Q 5 10.99 22.087 -11.809 1 27.49 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . Q 5 11.646 21.848 -12.967 1 30.07 ? C4 GTP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              29 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    31 
_model_server_stats.query_time_ms           327 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           32 
#