data_9IZ1 # _model_server_result.job_id hKcqefvuhiqdQ22NIDsilw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 15:23:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9iz1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":602}' # _entry.id 9IZ1 # _exptl.entry_id 9IZ1 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9IZ1 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9IZ1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 CA N N ? 3 EA N N ? 3 FA N N ? 3 GA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 399 A CYS 399 1_555 E C1C DON . A DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale2 B SG CYS 399 B CYS 399 1_555 N C1C DON . B DON 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 C SG CYS 399 C CYS 399 1_555 U C1C DON . C DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale4 D SG CYS 399 D CYS 399 1_555 DA C1C DON . D DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 70 A ASP 70 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 70 A ASP 70 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 145 A GLU 145 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 602 1_555 J O1G DGT . A DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 603 1_555 I O3B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 603 1_555 K O33 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 604 1_555 I O2B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 604 1_555 K O32 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc9 K O11 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc10 K O15 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc11 K O17 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc12 L MG MG . A MG 608 1_555 T O11 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc13 L MG MG . A MG 608 1_555 T O17 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc14 L MG MG . A MG 608 1_555 T O15 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 70 B ASP 70 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 70 B ASP 70 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 145 B GLU 145 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc18 O MG MG . B MG 603 1_555 S O1G DGT . B DGT 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc19 P MG MG . B MG 604 1_555 R O3B DAT . B DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc20 P MG MG . B MG 604 1_555 T O33 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc21 Q MG MG . B MG 605 1_555 R O2B DAT . B DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc22 Q MG MG . B MG 605 1_555 T O32 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 70 C ASP 70 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 70 C ASP 70 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 145 C GLU 145 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc26 V MG MG . C MG 602 1_555 AA O1G DGT . C DGT 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc27 W MG MG . C MG 603 1_555 Z O3B DAT . C DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc28 W MG MG . C MG 603 1_555 BA O33 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc29 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O17 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc30 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O11 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc31 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O15 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc32 Y MG MG . C MG 605 1_555 Z O2B DAT . C DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc33 Y MG MG . C MG 605 1_555 BA O32 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc34 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O17 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc35 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O15 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc36 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O11 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 70 D ASP 70 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 70 D ASP 70 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc39 D OE2 GLU 145 D GLU 145 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc40 EA MG MG . D MG 602 1_555 IA O1G DGT . D DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc41 FA MG MG . D MG 603 1_555 HA O3B DAT . D DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc42 FA MG MG . D MG 603 1_555 JA O33 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc43 GA MG MG . D MG 604 1_555 HA O2B DAT . D DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc44 GA MG MG . D MG 604 1_555 JA O32 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9IZ1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DON A 1 601 702 DON DON . F 3 MG A 1 602 703 MG MG . G 3 MG A 1 603 704 MG MG . H 3 MG A 1 604 706 MG MG . I 4 DAT A 1 605 707 DAT DAT . J 5 DGT A 1 606 709 DGT DGT . K 6 5ZL A 1 607 710 5ZL LIG . L 3 MG A 1 608 705 MG MG . M 3 MG B 1 601 705 MG MG . N 2 DON B 1 602 702 DON DON . O 3 MG B 1 603 703 MG MG . P 3 MG B 1 604 704 MG MG . Q 3 MG B 1 605 706 MG MG . R 4 DAT B 1 606 707 DAT DAT . S 5 DGT B 1 607 709 DGT DGT . T 6 5ZL B 1 608 710 5ZL LIG . U 2 DON C 1 601 702 DON DON . V 3 MG C 1 602 703 MG MG . W 3 MG C 1 603 704 MG MG . X 3 MG C 1 604 705 MG MG . Y 3 MG C 1 605 706 MG MG . Z 4 DAT C 1 606 707 DAT DAT . AA 5 DGT C 1 607 709 DGT DGT . BA 6 5ZL C 1 608 710 5ZL LIG . CA 3 MG C 1 609 705 MG MG . DA 2 DON D 1 601 702 DON DON . EA 3 MG D 1 602 703 MG MG . FA 3 MG D 1 603 704 MG MG . GA 3 MG D 1 604 706 MG MG . HA 4 DAT D 1 605 707 DAT DAT . IA 5 DGT D 1 606 709 DGT DGT . JA 6 5ZL D 1 607 710 5ZL LIG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id V _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 100.691 _atom_site.Cartn_y 142.244 _atom_site.Cartn_z 108.063 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 93.07 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 318 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #