data_9IZ1 # _model_server_result.job_id yD61oucgsBTreFYmNb_pAQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 15:04:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9iz1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":606}' # _entry.id 9IZ1 # _exptl.entry_id 9IZ1 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9IZ1 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9IZ1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 J N N ? 5 S N N ? 5 AA N N ? 5 IA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 399 A CYS 399 1_555 E C1C DON . A DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale2 B SG CYS 399 B CYS 399 1_555 N C1C DON . B DON 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 C SG CYS 399 C CYS 399 1_555 U C1C DON . C DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale4 D SG CYS 399 D CYS 399 1_555 DA C1C DON . D DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 70 A ASP 70 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 70 A ASP 70 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 145 A GLU 145 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 602 1_555 J O1G DGT . A DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 603 1_555 I O3B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 603 1_555 K O33 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 604 1_555 I O2B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 604 1_555 K O32 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc9 K O11 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc10 K O15 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc11 K O17 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc12 L MG MG . A MG 608 1_555 T O11 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc13 L MG MG . A MG 608 1_555 T O17 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc14 L MG MG . A MG 608 1_555 T O15 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 70 B ASP 70 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 70 B ASP 70 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 145 B GLU 145 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc18 O MG MG . B MG 603 1_555 S O1G DGT . B DGT 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc19 P MG MG . B MG 604 1_555 R O3B DAT . B DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc20 P MG MG . B MG 604 1_555 T O33 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc21 Q MG MG . B MG 605 1_555 R O2B DAT . B DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc22 Q MG MG . B MG 605 1_555 T O32 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 70 C ASP 70 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 70 C ASP 70 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 145 C GLU 145 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc26 V MG MG . C MG 602 1_555 AA O1G DGT . C DGT 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc27 W MG MG . C MG 603 1_555 Z O3B DAT . C DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc28 W MG MG . C MG 603 1_555 BA O33 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc29 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O17 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc30 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O11 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc31 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O15 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc32 Y MG MG . C MG 605 1_555 Z O2B DAT . C DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc33 Y MG MG . C MG 605 1_555 BA O32 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc34 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O17 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc35 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O15 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc36 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O11 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 70 D ASP 70 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 70 D ASP 70 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc39 D OE2 GLU 145 D GLU 145 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc40 EA MG MG . D MG 602 1_555 IA O1G DGT . D DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc41 FA MG MG . D MG 603 1_555 HA O3B DAT . D DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc42 FA MG MG . D MG 603 1_555 JA O33 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc43 GA MG MG . D MG 604 1_555 HA O2B DAT . D DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc44 GA MG MG . D MG 604 1_555 JA O32 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 177 n n PG O2G DGT sing 178 n n O1G HO1G DGT sing 179 n n O2G HO2G DGT sing 180 n n O3G PG DGT doub 181 n n O3B PG DGT sing 182 n n PB O3B DGT sing 183 n n PB O1B DGT sing 184 n n PB O3A DGT sing 185 n n O1B HO1B DGT sing 186 n n O2B PB DGT doub 187 n n PA O3A DGT sing 188 n n PA O1A DGT sing 189 n n O1A HO1A DGT sing 190 n n O2A PA DGT doub 191 n n O5' PA DGT sing 192 n n O5' C5' DGT sing 193 n n C5' H5' DGT sing 194 n n C5' "H5'A" DGT sing 195 n n C4' C5' DGT sing 196 n n C4' H4' DGT sing 197 n n O4' C4' DGT sing 198 n n C3' C4' DGT sing 199 n n C3' O3' DGT sing 200 n n C3' H3' DGT sing 201 n n O3' HO3' DGT sing 202 n n C2' C3' DGT sing 203 n n C2' C1' DGT sing 204 n n C2' H2' DGT sing 205 n n C2' "H2'A" DGT sing 206 n n C1' O4' DGT sing 207 n n C1' H1' DGT sing 208 n n N9 C1' DGT sing 209 n n N9 C4 DGT sing 210 n y C8 N9 DGT sing 211 n y C8 H8 DGT sing 212 n n N7 C8 DGT doub 213 n y N7 C5 DGT sing 214 n y C5 C6 DGT sing 215 n n C5 C4 DGT doub 216 n y C6 N1 DGT sing 217 n n O6 C6 DGT doub 218 n n N1 C2 DGT sing 219 n n C2 N3 DGT doub 220 n n C2 N2 DGT sing 221 n n N2 HN2 DGT sing 222 n n N2 HN2A DGT sing 223 n n C4 N3 DGT sing 224 n n N1 H16 DGT sing 225 n n # _atom_sites.entry_id 9IZ1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DON A 1 601 702 DON DON . F 3 MG A 1 602 703 MG MG . G 3 MG A 1 603 704 MG MG . H 3 MG A 1 604 706 MG MG . I 4 DAT A 1 605 707 DAT DAT . J 5 DGT A 1 606 709 DGT DGT . K 6 5ZL A 1 607 710 5ZL LIG . L 3 MG A 1 608 705 MG MG . M 3 MG B 1 601 705 MG MG . N 2 DON B 1 602 702 DON DON . O 3 MG B 1 603 703 MG MG . P 3 MG B 1 604 704 MG MG . Q 3 MG B 1 605 706 MG MG . R 4 DAT B 1 606 707 DAT DAT . S 5 DGT B 1 607 709 DGT DGT . T 6 5ZL B 1 608 710 5ZL LIG . U 2 DON C 1 601 702 DON DON . V 3 MG C 1 602 703 MG MG . W 3 MG C 1 603 704 MG MG . X 3 MG C 1 604 705 MG MG . Y 3 MG C 1 605 706 MG MG . Z 4 DAT C 1 606 707 DAT DAT . AA 5 DGT C 1 607 709 DGT DGT . BA 6 5ZL C 1 608 710 5ZL LIG . CA 3 MG C 1 609 705 MG MG . DA 2 DON D 1 601 702 DON DON . EA 3 MG D 1 602 703 MG MG . FA 3 MG D 1 603 704 MG MG . GA 3 MG D 1 604 706 MG MG . HA 4 DAT D 1 605 707 DAT DAT . IA 5 DGT D 1 606 709 DGT DGT . JA 6 5ZL D 1 607 710 5ZL LIG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . . . J 5 103.354 120.506 157.445 1 111.74 ? PG DGT 606 A 1 HETATM 2 O O1G DGT . . . J 5 103.027 119.775 156.166 1 109.17 ? O1G DGT 606 A 1 HETATM 3 O O2G DGT . . . J 5 104.65 119.977 158.009 1 108.46 ? O2G DGT 606 A 1 HETATM 4 O O3G DGT . . . J 5 102.245 120.288 158.446 1 107.69 ? O3G DGT 606 A 1 HETATM 5 O O3B DGT . . . J 5 103.504 122.117 157.139 1 107.05 ? O3B DGT 606 A 1 HETATM 6 P PB DGT . . . J 5 102.23 123.075 156.726 1 113.38 ? PB DGT 606 A 1 HETATM 7 O O1B DGT . . . J 5 100.942 122.321 156.948 1 108.91 ? O1B DGT 606 A 1 HETATM 8 O O2B DGT . . . J 5 102.239 124.324 157.571 1 111.3 ? O2B DGT 606 A 1 HETATM 9 O O3A DGT . . . J 5 102.322 123.501 155.14 1 107.97 ? O3A DGT 606 A 1 HETATM 10 P PA DGT . . . J 5 103.487 123.007 154.087 1 108.1 ? PA DGT 606 A 1 HETATM 11 O O1A DGT . . . J 5 104.853 123.224 154.688 1 105.85 ? O1A DGT 606 A 1 HETATM 12 O O2A DGT . . . J 5 103.298 121.546 153.761 1 106.86 ? O2A DGT 606 A 1 HETATM 13 O O5' DGT . . . J 5 103.314 123.904 152.717 1 104.57 ? O5' DGT 606 A 1 HETATM 14 C C5' DGT . . . J 5 102.019 124.351 152.439 1 106.87 ? C5' DGT 606 A 1 HETATM 15 C C4' DGT . . . J 5 101.96 125.734 152.313 1 104.68 ? C4' DGT 606 A 1 HETATM 16 O O4' DGT . . . J 5 100.763 126.078 151.369 1 108.49 ? O4' DGT 606 A 1 HETATM 17 C C3' DGT . . . J 5 101.61 126.394 153.66 1 105.63 ? C3' DGT 606 A 1 HETATM 18 O O3' DGT . . . J 5 102.804 127.072 154.224 1 105.6 ? O3' DGT 606 A 1 HETATM 19 C C2' DGT . . . J 5 100.664 127.292 153.423 1 103.3 ? C2' DGT 606 A 1 HETATM 20 C C1' DGT . . . J 5 100.206 127.147 151.862 1 103.15 ? C1' DGT 606 A 1 HETATM 21 N N9 DGT . . . J 5 98.773 127.106 151.696 1 101.58 ? N9 DGT 606 A 1 HETATM 22 C C8 DGT . . . J 5 97.771 127.807 151.132 1 103.81 ? C8 DGT 606 A 1 HETATM 23 N N7 DGT . . . J 5 96.613 127.164 151.359 1 104.23 ? N7 DGT 606 A 1 HETATM 24 C C5 DGT . . . J 5 96.881 126.07 152.056 1 104.89 ? C5 DGT 606 A 1 HETATM 25 C C6 DGT . . . J 5 95.959 124.968 152.593 1 106.67 ? C6 DGT 606 A 1 HETATM 26 O O6 DGT . . . J 5 94.793 125.028 152.397 1 105.3 ? O6 DGT 606 A 1 HETATM 27 N N1 DGT . . . J 5 96.502 123.87 153.329 1 107.59 ? N1 DGT 606 A 1 HETATM 28 C C2 DGT . . . J 5 97.921 123.812 153.558 1 106.44 ? C2 DGT 606 A 1 HETATM 29 N N2 DGT . . . J 5 98.491 122.705 154.302 1 102.1 ? N2 DGT 606 A 1 HETATM 30 N N3 DGT . . . J 5 98.788 124.868 153.039 1 109.15 ? N3 DGT 606 A 1 HETATM 31 C C4 DGT . . . J 5 98.229 126.022 152.27 1 105.86 ? C4 DGT 606 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 51 _model_server_stats.query_time_ms 320 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 31 #