data_9IZ1 # _model_server_result.job_id rS8gIp5DzAkgr8m_D0NuWg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 15:00:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9iz1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":606}' # _entry.id 9IZ1 # _exptl.entry_id 9IZ1 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9IZ1 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9IZ1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 R N N ? 4 Z N N ? 4 HA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 399 A CYS 399 1_555 E C1C DON . A DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale2 B SG CYS 399 B CYS 399 1_555 N C1C DON . B DON 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 C SG CYS 399 C CYS 399 1_555 U C1C DON . C DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale4 D SG CYS 399 D CYS 399 1_555 DA C1C DON . D DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 70 A ASP 70 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 70 A ASP 70 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 145 A GLU 145 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc4 F MG MG . A MG 602 1_555 J O1G DGT . A DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 603 1_555 I O3B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 603 1_555 K O33 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 604 1_555 I O2B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 604 1_555 K O32 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc9 K O11 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc10 K O15 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc11 K O17 5ZL . A 5ZL 607 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc12 L MG MG . A MG 608 1_555 T O11 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc13 L MG MG . A MG 608 1_555 T O17 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc14 L MG MG . A MG 608 1_555 T O15 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 70 B ASP 70 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 70 B ASP 70 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 145 B GLU 145 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc18 O MG MG . B MG 603 1_555 S O1G DGT . B DGT 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc19 P MG MG . B MG 604 1_555 R O3B DAT . B DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc20 P MG MG . B MG 604 1_555 T O33 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc21 Q MG MG . B MG 605 1_555 R O2B DAT . B DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc22 Q MG MG . B MG 605 1_555 T O32 5ZL . B 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 70 C ASP 70 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 70 C ASP 70 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 145 C GLU 145 1_555 W MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc26 V MG MG . C MG 602 1_555 AA O1G DGT . C DGT 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc27 W MG MG . C MG 603 1_555 Z O3B DAT . C DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc28 W MG MG . C MG 603 1_555 BA O33 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc29 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O17 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc30 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O11 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc31 X MG MG . C MG 604 1_555 BA O15 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc32 Y MG MG . C MG 605 1_555 Z O2B DAT . C DAT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc33 Y MG MG . C MG 605 1_555 BA O32 5ZL . C 5ZL 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc34 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O17 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc35 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O15 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc36 CA MG MG . C MG 609 1_555 JA O11 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 70 D ASP 70 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 70 D ASP 70 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc39 D OE2 GLU 145 D GLU 145 1_555 FA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc40 EA MG MG . D MG 602 1_555 IA O1G DGT . D DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc41 FA MG MG . D MG 603 1_555 HA O3B DAT . D DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc42 FA MG MG . D MG 603 1_555 JA O33 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc43 GA MG MG . D MG 604 1_555 HA O2B DAT . D DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc44 GA MG MG . D MG 604 1_555 JA O32 5ZL . D 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 134 n n PB O2B DAT sing 135 n n PB O3B DAT sing 136 n n PB O3A DAT sing 137 n n O2B HOB2 DAT sing 138 n n O3B HOB3 DAT sing 139 n n PA O1A DAT doub 140 n n PA O2A DAT sing 141 n n PA O3A DAT sing 142 n n PA O5' DAT sing 143 n n O2A HOA2 DAT sing 144 n n O5' C5' DAT sing 145 n n C5' C4' DAT sing 146 n n C5' "H5'1" DAT sing 147 n n C5' "H5'2" DAT sing 148 n n C4' O4' DAT sing 149 n n C4' C3' DAT sing 150 n n C4' H4' DAT sing 151 n n O4' C1' DAT sing 152 n n C3' O3' DAT sing 153 n n C3' C2' DAT sing 154 n n C3' H3' DAT sing 155 n n O3' HO3' DAT sing 156 n n C2' C1' DAT sing 157 n n C2' "H2'1" DAT sing 158 n n C2' "H2'2" DAT sing 159 n n C1' N9 DAT sing 160 n n C1' H1' DAT sing 161 n n N9 C8 DAT sing 162 n y N9 C4 DAT sing 163 n y C8 N7 DAT doub 164 n y C8 H8 DAT sing 165 n n N7 C5 DAT sing 166 n y C5 C6 DAT sing 167 n y C5 C4 DAT doub 168 n y C6 N6 DAT sing 169 n n C6 N1 DAT doub 170 n y N6 HN61 DAT sing 171 n n N6 HN62 DAT sing 172 n n N1 C2 DAT sing 173 n y C2 N3 DAT doub 174 n y C2 H2 DAT sing 175 n n N3 C4 DAT sing 176 n y # _atom_sites.entry_id 9IZ1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 DON A 1 601 702 DON DON . F 3 MG A 1 602 703 MG MG . G 3 MG A 1 603 704 MG MG . H 3 MG A 1 604 706 MG MG . I 4 DAT A 1 605 707 DAT DAT . J 5 DGT A 1 606 709 DGT DGT . K 6 5ZL A 1 607 710 5ZL LIG . L 3 MG A 1 608 705 MG MG . M 3 MG B 1 601 705 MG MG . N 2 DON B 1 602 702 DON DON . O 3 MG B 1 603 703 MG MG . P 3 MG B 1 604 704 MG MG . Q 3 MG B 1 605 706 MG MG . R 4 DAT B 1 606 707 DAT DAT . S 5 DGT B 1 607 709 DGT DGT . T 6 5ZL B 1 608 710 5ZL LIG . U 2 DON C 1 601 702 DON DON . V 3 MG C 1 602 703 MG MG . W 3 MG C 1 603 704 MG MG . X 3 MG C 1 604 705 MG MG . Y 3 MG C 1 605 706 MG MG . Z 4 DAT C 1 606 707 DAT DAT . AA 5 DGT C 1 607 709 DGT DGT . BA 6 5ZL C 1 608 710 5ZL LIG . CA 3 MG C 1 609 705 MG MG . DA 2 DON D 1 601 702 DON DON . EA 3 MG D 1 602 703 MG MG . FA 3 MG D 1 603 704 MG MG . GA 3 MG D 1 604 706 MG MG . HA 4 DAT D 1 605 707 DAT DAT . IA 5 DGT D 1 606 709 DGT DGT . JA 6 5ZL D 1 607 710 5ZL LIG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . R 4 144.619 123.941 152.052 1 58.83 ? PB DAT 606 B 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . R 4 143.402 123.901 151.173 1 55.39 ? O1B DAT 606 B 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . R 4 144.862 125.263 152.723 1 61.27 ? O2B DAT 606 B 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . R 4 145.837 123.267 151.486 1 66.62 ? O3B DAT 606 B 1 HETATM 5 P PA DAT . . . R 4 145.045 122.899 154.643 1 56.84 ? PA DAT 606 B 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . R 4 144.484 121.722 155.39 1 58.01 ? O1A DAT 606 B 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . R 4 146.521 122.97 154.372 1 62.62 ? O2A DAT 606 B 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . R 4 144.242 122.964 153.258 1 59.32 ? O3A DAT 606 B 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . R 4 144.598 124.232 155.417 1 60.04 ? O5' DAT 606 B 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . R 4 143.488 124.21 156.309 1 54.39 ? C5' DAT 606 B 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . R 4 143.961 124.432 157.738 1 63.41 ? C4' DAT 606 B 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . R 4 142.939 124.036 158.649 1 71.64 ? O4' DAT 606 B 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . R 4 145.174 123.595 158.072 1 62.88 ? C3' DAT 606 B 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . R 4 146.084 124.36 158.856 1 68.4 ? O3' DAT 606 B 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . R 4 144.669 122.416 158.871 1 60.69 ? C2' DAT 606 B 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . R 4 143.281 122.826 159.329 1 63.72 ? C1' DAT 606 B 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . R 4 142.285 121.786 158.991 1 61.47 ? N9 DAT 606 B 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . R 4 142.125 121.206 157.791 1 61.5 ? C8 DAT 606 B 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . R 4 141.116 120.302 157.82 1 60.21 ? N7 DAT 606 B 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . R 4 140.611 120.3 159.064 1 57.19 ? C5 DAT 606 B 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . R 4 139.533 119.586 159.777 1 59.78 ? C6 DAT 606 B 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . R 4 138.776 118.668 159.142 1 61.74 ? N6 DAT 606 B 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . R 4 139.331 119.878 161.077 1 59.69 ? N1 DAT 606 B 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . R 4 140.08 120.792 161.716 1 58.09 ? C2 DAT 606 B 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . R 4 141.074 121.479 161.131 1 60.73 ? N3 DAT 606 B 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . R 4 141.384 121.281 159.83 1 59.26 ? C4 DAT 606 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 26 #