data_9IZ2 # _model_server_result.job_id Gjtkq9u_v3Ay0z-qBZGrHQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 06:42:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9iz2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":605}' # _entry.id 9IZ2 # _exptl.entry_id 9IZ2 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9IZ2 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9IZ2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id H _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 399 A CYS 399 1_555 D C1C DON . A DON 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 70 A ASP 70 1_555 F MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 70 A ASP 70 1_555 F MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 145 A GLU 145 1_555 F MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc4 E MG MG . A MG 602 1_555 I O1G DGT . A DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc5 E MG MG . A MG 602 1_555 I O1B DGT . A DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc6 E MG MG . A MG 602 1_555 I O2A DGT . A DGT 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc7 F MG MG . A MG 603 1_555 H O3B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? metalc ? metalc8 F MG MG . A MG 603 1_555 J O33 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc9 G MG MG . A MG 604 1_555 H O2B DAT . A DAT 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 604 1_555 J O32 5ZL . A 5ZL 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc11 J O11 5ZL . A 5ZL 607 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc12 J O15 5ZL . A 5ZL 607 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc13 J O17 5ZL . A 5ZL 607 1_555 K MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 134 n n PB O2B DAT sing 135 n n PB O3B DAT sing 136 n n PB O3A DAT sing 137 n n O2B HOB2 DAT sing 138 n n O3B HOB3 DAT sing 139 n n PA O1A DAT doub 140 n n PA O2A DAT sing 141 n n PA O3A DAT sing 142 n n PA O5' DAT sing 143 n n O2A HOA2 DAT sing 144 n n O5' C5' DAT sing 145 n n C5' C4' DAT sing 146 n n C5' "H5'1" DAT sing 147 n n C5' "H5'2" DAT sing 148 n n C4' O4' DAT sing 149 n n C4' C3' DAT sing 150 n n C4' H4' DAT sing 151 n n O4' C1' DAT sing 152 n n C3' O3' DAT sing 153 n n C3' C2' DAT sing 154 n n C3' H3' DAT sing 155 n n O3' HO3' DAT sing 156 n n C2' C1' DAT sing 157 n n C2' "H2'1" DAT sing 158 n n C2' "H2'2" DAT sing 159 n n C1' N9 DAT sing 160 n n C1' H1' DAT sing 161 n n N9 C8 DAT sing 162 n y N9 C4 DAT sing 163 n y C8 N7 DAT doub 164 n y C8 H8 DAT sing 165 n n N7 C5 DAT sing 166 n y C5 C6 DAT sing 167 n y C5 C4 DAT doub 168 n y C6 N6 DAT sing 169 n n C6 N1 DAT doub 170 n y N6 HN61 DAT sing 171 n n N6 HN62 DAT sing 172 n n N1 C2 DAT sing 173 n y C2 N3 DAT doub 174 n y C2 H2 DAT sing 175 n n N3 C4 DAT sing 176 n y # _atom_sites.entry_id 9IZ2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 DON A 1 601 702 DON DON . E 3 MG A 1 602 703 MG MG . F 3 MG A 1 603 704 MG MG . G 3 MG A 1 604 706 MG MG . H 4 DAT A 1 605 707 DAT DAT . I 5 DGT A 1 606 709 DGT DGT . J 6 5ZL A 1 607 710 5ZL LIG . K 3 MG B 1 601 705 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . H 4 117.617 138.947 151.796 1 5.42 ? PB DAT 605 A 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . H 4 118.95 138.714 151.145 1 7.64 ? O1B DAT 605 A 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . H 4 116.852 137.696 152.119 1 27.57 ? O2B DAT 605 A 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . H 4 116.778 140.015 151.152 1 27.65 ? O3B DAT 605 A 1 HETATM 5 P PA DAT . . . H 4 116.946 139.936 154.377 1 23.75 ? PA DAT 605 A 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . H 4 117.523 141.091 155.137 1 23.69 ? O1A DAT 605 A 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . H 4 115.573 140.051 153.779 1 26.45 ? O2A DAT 605 A 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . H 4 118.003 139.54 153.233 1 12.3 ? O3A DAT 605 A 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . H 4 116.999 138.66 155.345 1 23.33 ? O5' DAT 605 A 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . H 4 118.145 138.419 156.158 1 14.86 ? C5' DAT 605 A 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . H 4 117.742 138.38 157.627 1 21.36 ? C4' DAT 605 A 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . H 4 118.857 138.714 158.452 1 30.3 ? O4' DAT 605 A 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . H 4 116.645 139.382 157.928 1 20.44 ? C3' DAT 605 A 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . H 4 115.551 138.726 158.565 1 26.93 ? O3' DAT 605 A 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . H 4 117.246 140.427 158.845 1 19.32 ? C2' DAT 605 A 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . H 4 118.634 139.916 159.193 1 18.43 ? C1' DAT 605 A 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . H 4 119.667 140.916 158.833 1 20.62 ? N9 DAT 605 A 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . H 4 119.811 141.509 157.637 1 24.23 ? C8 DAT 605 A 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . H 4 120.86 142.367 157.64 1 28.66 ? N7 DAT 605 A 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . H 4 121.413 142.326 158.863 1 21.45 ? C5 DAT 605 A 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . H 4 122.553 142.981 159.545 1 22.11 ? C6 DAT 605 A 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . H 4 123.334 143.88 158.903 1 21.35 ? N6 DAT 605 A 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . H 4 122.784 142.651 160.831 1 24.21 ? N1 DAT 605 A 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . H 4 122.017 141.763 161.482 1 20.08 ? C2 DAT 605 A 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . H 4 120.971 141.133 160.927 1 20.5 ? N3 DAT 605 A 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . H 4 120.624 141.367 159.643 1 20.4 ? C4 DAT 605 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 289 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 26 #