data_9J1F # _model_server_result.job_id Slq0Xsn4BONeSyrUjf2jLA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-23 04:25:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9j1f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":302}' # _entry.id 9J1F # _exptl.entry_id 9J1F _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 117.2 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9J1F _cell.length_a 81.216 _cell.length_b 79.07 _cell.length_c 87.917 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9J1F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,E,F,M,N,O,R 1 1 B,G,H,I,P 2 1 C,J,K,L,Q 2 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_445 -x-1,y-1/2,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -81.216 -39.535 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 H N N ? 2 K N N ? 2 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 8 A GLU 8 1_555 E MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 10 A ASP 10 1_555 E MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 10 A ASP 10 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 10 A ASP 10 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc5 A O TYR 12 A TYR 12 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 14 A ASN 14 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 19 A ASP 19 1_555 E MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 19 A ASP 19 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 24 A HIS 24 1_555 E MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc10 E MN MN . A MN 301 1_555 O O HOH . A HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc11 E MN MN . A MN 301 1_555 O O HOH . A HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc12 F CA CA . A CA 302 1_555 O O HOH . A HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc13 F CA CA . A CA 302 1_555 O O HOH . A HOH 413 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLU 8 B GLU 8 1_555 H MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 10 B ASP 10 1_555 H MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 10 B ASP 10 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 10 B ASP 10 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc18 B O TYR 12 B TYR 12 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASN 14 B ASN 14 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 19 B ASP 19 1_555 H MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 19 B ASP 19 1_555 I CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc22 B NE2 HIS 24 B HIS 24 1_555 H MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc23 H MN MN . B MN 302 1_555 P O HOH . B HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc24 H MN MN . B MN 302 1_555 P O HOH . B HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc25 I CA CA . B CA 303 1_555 P O HOH . B HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc26 I CA CA . B CA 303 1_555 P O HOH . B HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc27 C OE2 GLU 8 C GLU 8 1_555 K MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 10 C ASP 10 1_555 K MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 10 C ASP 10 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 10 C ASP 10 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc31 C O TYR 12 C TYR 12 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASN 14 C ASN 14 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASP 19 C ASP 19 1_555 K MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc34 C OD2 ASP 19 C ASP 19 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc35 C NE2 HIS 24 C HIS 24 1_555 K MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc36 K MN MN . C MN 302 1_555 Q O HOH . C HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc37 K MN MN . C MN 302 1_555 Q O HOH . C HOH 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? metalc ? metalc38 L CA CA . C CA 303 1_555 Q O HOH . C HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc39 L CA CA . C CA 303 1_555 Q O HOH . C HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc40 D OE2 GLU 8 D GLU 8 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc41 D OD2 ASP 10 D ASP 10 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc42 D OD1 ASP 10 D ASP 10 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc43 D OD2 ASP 10 D ASP 10 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc44 D O TYR 12 D TYR 12 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc45 D OD1 ASN 14 D ASN 14 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc46 D OD1 ASP 19 D ASP 19 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc47 D OD2 ASP 19 D ASP 19 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc48 D NE2 HIS 24 D HIS 24 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc49 M MN MN . D MN 301 1_555 R O HOH . D HOH 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.895 ? metalc ? metalc50 N CA CA . D CA 302 1_555 R O HOH . D HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc51 N CA CA . D CA 302 1_555 R O HOH . D HOH 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 9J1F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012313 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.006328 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012647 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012788 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MN A 1 301 1 MN MN . F 3 CA A 1 302 1 CA CA . G 4 A1EAW B 1 301 301 A1EAW M2P . H 2 MN B 1 302 2 MN MN . I 3 CA B 1 303 2 CA CA . J 4 A1EAW C 1 301 301 A1EAW M2P . K 2 MN C 1 302 3 MN MN . L 3 CA C 1 303 3 CA CA . M 2 MN D 1 301 4 MN MN . N 3 CA D 1 302 4 CA CA . O 5 HOH A 1 401 38 HOH HOH . O 5 HOH A 2 402 54 HOH HOH . O 5 HOH A 3 403 62 HOH HOH . O 5 HOH A 4 404 3 HOH HOH . O 5 HOH A 5 405 6 HOH HOH . O 5 HOH A 6 406 1 HOH HOH . O 5 HOH A 7 407 51 HOH HOH . O 5 HOH A 8 408 24 HOH HOH . O 5 HOH A 9 409 14 HOH HOH . O 5 HOH A 10 410 50 HOH HOH . O 5 HOH A 11 411 19 HOH HOH . O 5 HOH A 12 412 15 HOH HOH . O 5 HOH A 13 413 17 HOH HOH . O 5 HOH A 14 414 60 HOH HOH . O 5 HOH A 15 415 48 HOH HOH . O 5 HOH A 16 416 33 HOH HOH . O 5 HOH A 17 417 20 HOH HOH . O 5 HOH A 18 418 37 HOH HOH . O 5 HOH A 19 419 9 HOH HOH . O 5 HOH A 20 420 46 HOH HOH . O 5 HOH A 21 421 23 HOH HOH . O 5 HOH A 22 422 30 HOH HOH . O 5 HOH A 23 423 28 HOH HOH . P 5 HOH B 1 401 12 HOH HOH . P 5 HOH B 2 402 43 HOH HOH . P 5 HOH B 3 403 31 HOH HOH . P 5 HOH B 4 404 2 HOH HOH . P 5 HOH B 5 405 29 HOH HOH . P 5 HOH B 6 406 39 HOH HOH . P 5 HOH B 7 407 35 HOH HOH . P 5 HOH B 8 408 5 HOH HOH . P 5 HOH B 9 409 4 HOH HOH . P 5 HOH B 10 410 36 HOH HOH . P 5 HOH B 11 411 65 HOH HOH . P 5 HOH B 12 412 53 HOH HOH . P 5 HOH B 13 413 66 HOH HOH . P 5 HOH B 14 414 61 HOH HOH . P 5 HOH B 15 415 42 HOH HOH . Q 5 HOH C 1 401 56 HOH HOH . Q 5 HOH C 2 402 21 HOH HOH . Q 5 HOH C 3 403 44 HOH HOH . Q 5 HOH C 4 404 64 HOH HOH . Q 5 HOH C 5 405 25 HOH HOH . Q 5 HOH C 6 406 10 HOH HOH . Q 5 HOH C 7 407 59 HOH HOH . Q 5 HOH C 8 408 49 HOH HOH . Q 5 HOH C 9 409 7 HOH HOH . Q 5 HOH C 10 410 27 HOH HOH . Q 5 HOH C 11 411 47 HOH HOH . Q 5 HOH C 12 412 63 HOH HOH . Q 5 HOH C 13 413 57 HOH HOH . Q 5 HOH C 14 414 32 HOH HOH . Q 5 HOH C 15 415 18 HOH HOH . Q 5 HOH C 16 416 8 HOH HOH . Q 5 HOH C 17 417 55 HOH HOH . Q 5 HOH C 18 418 16 HOH HOH . Q 5 HOH C 19 419 13 HOH HOH . Q 5 HOH C 20 420 22 HOH HOH . Q 5 HOH C 21 421 45 HOH HOH . R 5 HOH D 1 401 40 HOH HOH . R 5 HOH D 2 402 52 HOH HOH . R 5 HOH D 3 403 26 HOH HOH . R 5 HOH D 4 404 11 HOH HOH . R 5 HOH D 5 405 58 HOH HOH . R 5 HOH D 6 406 41 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -0.877 _atom_site.Cartn_y -9.318 _atom_site.Cartn_z 12.484 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 17.14 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 302 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 25 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #