data_9L7M
#
_model_server_result.job_id            mpPKlEsQrxRriAmiQVao2g 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-08 05:57:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9l7m 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    9L7M 
#
_exptl.entry_id    9L7M 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9L7M 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9L7M 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 F N N 
? 4 H N N 
? 4 J N N 
? 4 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 71 A GLU 71 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.855 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 71 A GLU 71 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc3 F O2G GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.879 ? 
metalc ? metalc4 F O1B GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? 
metalc ? metalc5 B OE2 GLU 69 B GLU 71 1_555 I MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc6 H O2G GTP . B GTP 501 1_555 I MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? 
metalc ? metalc7 H O3G GTP . B GTP 501 1_555 I MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc8 H O3B GTP . B GTP 501 1_555 I MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
metalc ? metalc9 H O1B GTP . B GTP 501 1_555 I MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.734 ? 
metalc ? metalc10 C OE1 GLU 71 C GLU 71 1_555 K MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? 
metalc ? metalc11 C OE2 GLU 71 C GLU 71 1_555 K MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc12 J O2G GTP . C GTP 501 1_555 K MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.878 ? 
metalc ? metalc13 J O1B GTP . C GTP 501 1_555 K MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? 
metalc ? metalc14 D OE2 GLU 69 D GLU 71 1_555 M MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc15 L O2G GTP . D GTP 501 1_555 M MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? 
metalc ? metalc16 L O3G GTP . D GTP 501 1_555 M MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc17 L O3B GTP . D GTP 501 1_555 M MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc18 L O1B GTP . D GTP 501 1_555 M MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.733 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 129 n n 
PG O2G GTP sing 130 n n 
PG O3G GTP sing 131 n n 
PG O3B GTP sing 132 n n 
O2G HOG2 GTP sing 133 n n 
O3G HOG3 GTP sing 134 n n 
O3B PB GTP sing 135 n n 
PB O1B GTP doub 136 n n 
PB O2B GTP sing 137 n n 
PB O3A GTP sing 138 n n 
O2B HOB2 GTP sing 139 n n 
O3A PA GTP sing 140 n n 
PA O1A GTP doub 141 n n 
PA O2A GTP sing 142 n n 
PA O5' GTP sing 143 n n 
O2A HOA2 GTP sing 144 n n 
O5' C5' GTP sing 145 n n 
C5' C4' GTP sing 146 n n 
C5' H5' GTP sing 147 n n 
C5' "H5''" GTP sing 148 n n 
C4' O4' GTP sing 149 n n 
C4' C3' GTP sing 150 n n 
C4' H4' GTP sing 151 n n 
O4' C1' GTP sing 152 n n 
C3' O3' GTP sing 153 n n 
C3' C2' GTP sing 154 n n 
C3' H3' GTP sing 155 n n 
O3' HO3' GTP sing 156 n n 
C2' O2' GTP sing 157 n n 
C2' C1' GTP sing 158 n n 
C2' H2' GTP sing 159 n n 
O2' HO2' GTP sing 160 n n 
C1' N9 GTP sing 161 n n 
C1' H1' GTP sing 162 n n 
N9 C8 GTP sing 163 n y 
N9 C4 GTP sing 164 n y 
C8 N7 GTP doub 165 n y 
C8 H8 GTP sing 166 n n 
N7 C5 GTP sing 167 n y 
C5 C6 GTP sing 168 n n 
C5 C4 GTP doub 169 n y 
C6 O6 GTP doub 170 n n 
C6 N1 GTP sing 171 n n 
N1 C2 GTP sing 172 n n 
N1 HN1 GTP sing 173 n n 
C2 N2 GTP sing 174 n n 
C2 N3 GTP doub 175 n n 
N2 HN21 GTP sing 176 n n 
N2 HN22 GTP sing 177 n n 
N3 C4 GTP sing 178 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9L7M 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 4 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
G 5 MG A 1 502 502 MG MG . 
H 4 GTP B 1 501 501 GTP GTP . 
I 5 MG B 1 502 502 MG MG . 
J 4 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
K 5 MG C 1 502 502 MG MG . 
L 4 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
M 5 MG D 1 502 502 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . J 4 132.272 123.198 147.372 1 38.62 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . J 4 131.912 123.887 146.096 1 38.62 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . J 4 131.086 122.517 147.943 1 38.62 -1 O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . J 4 133.376 122.225 147.184 1 38.62 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . J 4 132.77 124.274 148.391 1 38.62 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . J 4 133.407 123.569 149.633 1 38.62 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . J 4 132.781 122.228 149.756 1 38.62 -1 O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . J 4 133.173 124.471 150.799 1 38.62 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . J 4 134.943 123.275 149.373 1 38.62 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . J 4 135.611 122.388 150.509 1 38.62 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . J 4 134.978 121.045 150.407 1 38.62 -1 O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . J 4 135.302 122.997 151.834 1 38.62 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . J 4 137.198 122.267 150.282 1 38.62 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . J 4 138.104 123.248 150.737 1 38.62 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . J 4 139.242 122.705 151.605 1 38.62 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . J 4 139.064 121.385 152.02 1 38.62 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . J 4 140.543 122.64 150.887 1 38.62 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . J 4 141.356 123.586 151.488 1 38.62 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . J 4 141.108 121.299 151.214 1 38.62 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . J 4 142.363 121.572 151.713 1 38.62 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . J 4 140.306 120.908 152.379 1 38.62 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . J 4 140.144 119.506 152.603 1 38.62 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . J 4 139.501 118.609 151.872 1 38.62 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . J 4 139.547 117.441 152.522 1 38.62 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . J 4 140.193 117.591 153.654 1 38.62 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . J 4 140.533 116.756 154.669 1 38.62 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . J 4 140.239 115.598 154.663 1 38.62 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . J 4 141.218 117.203 155.727 1 38.62 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . J 4 141.567 118.505 155.766 1 38.62 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . J 4 142.238 118.985 156.79 1 38.62 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . J 4 141.228 119.34 154.752 1 38.62 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . J 4 140.549 118.883 153.705 1 38.62 ? C4 GTP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    13 
_model_server_stats.query_time_ms           234 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           32 
#