data_9N5U
#
_model_server_result.job_id            AIxGEbj8IIk04HbrWuLoHg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-12 19:18:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9n5u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1004}' 
#
_entry.id    9N5U 
#
_exptl.entry_id    9N5U 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  nat 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9N5U 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9N5U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 D N N 
? 4 E N N 
? 4 F N N 
? 4 G N N 
? 4 I N N 
? 4 K N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 41 A CYS 41 1_555 J FE1 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 52 A CYS 52 1_555 J FE1 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 55 A CYS 55 1_555 J FE2 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 J FE2 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc5 A ND1 HIS 99 A HIS 99 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? 
metalc ? metalc6 A NE2 HIS 99 A HIS 99 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 103 A CYS 103 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 111 A CYS 111 1_555 E FE1 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 E FE2 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 154 A CYS 154 1_555 E FE4 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc12 A SG CYS 158 A CYS 158 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc13 A NZ LYS 173 A LYS 173 1_555 E FE3 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc14 A SG CYS 590 A CYS 590 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc15 A SG CYS 593 A CYS 593 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc16 A SG CYS 595 A CYS 595 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc17 A SG CYS 601 A CYS 601 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc18 A SG CYS 640 A CYS 640 1_555 D FE1 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc19 A SG CYS 643 A CYS 643 1_555 D FE2 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc20 A SG CYS 646 A CYS 646 1_555 D FE3 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc21 A SG CYS 693 A CYS 693 1_555 D FE4 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc22 A SG CYS 719 A CYS 719 1_555 I FE4 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc23 A SG CYS 722 A CYS 722 1_555 I FE3 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc24 A SG CYS 726 A CYS 726 1_555 I FE2 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc25 A SG CYS 752 A CYS 752 1_555 I FE1 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc26 B SG CYS 14 B CYS 14 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc27 B SG CYS 45 B CYS 45 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc28 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc29 B OE2 GLU 52 B GLU 52 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc30 B SG CYS 437 B CYS 437 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc31 B SG CYS 454 B CYS 454 1_555 K FE4 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc32 B SG CYS 457 B CYS 457 1_555 K FE3 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc33 B SG CYS 460 B CYS 460 1_555 K FE2 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc34 B SG CYS 500 B CYS 500 1_555 K FE1 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc35 B NE2 HIS 524 B HIS 524 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc36 B SG CYS 529 B CYS 529 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc37 B SG CYS 534 B CYS 534 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc38 B SG CYS 547 B CYS 547 1_555 M FE2 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc39 B SG CYS 553 B CYS 553 1_555 M FE3 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc40 B SG CYS 557 B CYS 557 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc41 B SG CYS 577 B CYS 577 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc42 B SG CYS 580 B CYS 580 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc43 B SG CYS 583 B CYS 583 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc44 B SG CYS 587 B CYS 587 1_555 M FE1 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc45 C SG CYS 74 C CYS 74 1_555 Q FE1 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc46 C SG CYS 79 C CYS 79 1_555 Q FE1 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc47 C SG CYS 115 C CYS 115 1_555 Q FE2 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc48 C SG CYS 119 C CYS 119 1_555 Q FE2 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 437 n n 
FE1 S3 SF4 sing 438 n n 
FE1 S4 SF4 sing 439 n n 
FE2 S1 SF4 sing 440 n n 
FE2 S3 SF4 sing 441 n n 
FE2 S4 SF4 sing 442 n n 
FE3 S1 SF4 sing 443 n n 
FE3 S2 SF4 sing 444 n n 
FE3 S4 SF4 sing 445 n n 
FE4 S1 SF4 sing 446 n n 
FE4 S2 SF4 sing 447 n n 
FE4 S3 SF4 sing 448 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9N5U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 SF4 A 1 1001 1002 SF4 SF4 . 
E 4 SF4 A 1 1002 1003 SF4 SF4 . 
F 4 SF4 A 1 1003 1004 SF4 SF4 . 
G 4 SF4 A 1 1004 1005 SF4 SF4 . 
H 5 FAD A 1 1005 1006 FAD FAD . 
I 4 SF4 A 1 1006 1007 SF4 SF4 . 
J 6 FES A 1 1007 1008 FES FES . 
K 4 SF4 B 1 701 601 SF4 SF4 . 
L 7 FMN B 1 702 604 FMN FMN . 
M 4 SF4 B 1 703 605 SF4 SF4 . 
N 4 SF4 B 1 704 606 SF4 SF4 . 
O 8 ZN B 1 705 608 ZN ZN . 
P 8 ZN B 1 706 609 ZN ZN . 
Q 6 FES C 1 201 201 FES FES . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . G 4 134.194 133.85 124.338 1 31.77 ? FE1 SF4 1004 A 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . G 4 133.663 131.787 122.624 1 50.16 ? FE2 SF4 1004 A 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . G 4 131.783 133.723 123.054 1 28.41 ? FE3 SF4 1004 A 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . G 4 132.378 131.923 125.037 1 41.46 ? FE4 SF4 1004 A 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . G 4 131.438 131.471 123.008 1 5.03 ? S1 SF4 1004 A 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . G 4 132.135 134.174 125.263 1 15.61 ? S2 SF4 1004 A 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . G 4 134.615 131.636 124.688 1 13.6 ? S3 SF4 1004 A 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . G 4 133.83 133.999 122.093 1 19.55 ? S4 SF4 1004 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              15 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    16 
_model_server_stats.query_time_ms           404 
_model_server_stats.encode_time_ms          20 
_model_server_stats.element_count           8 
#