data_9N5U # _model_server_result.job_id HyaRaIiDLX1oRlwJBUNoZQ _model_server_result.datetime_utc '2025-07-13 05:57:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 9n5u # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":702}' # _entry.id 9N5U # _exptl.entry_id 9N5U _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 7 _entity.src_method nat _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 9N5U _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 9N5U _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 7 _struct_asym.id L _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 41 A CYS 41 1_555 J FE1 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 52 A CYS 52 1_555 J FE1 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 55 A CYS 55 1_555 J FE2 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 J FE2 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc5 A ND1 HIS 99 A HIS 99 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 99 A HIS 99 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 103 A CYS 103 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 111 A CYS 111 1_555 E FE1 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 E FE2 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 154 A CYS 154 1_555 E FE4 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 158 A CYS 158 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc13 A NZ LYS 173 A LYS 173 1_555 E FE3 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 590 A CYS 590 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc15 A SG CYS 593 A CYS 593 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc16 A SG CYS 595 A CYS 595 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc17 A SG CYS 601 A CYS 601 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc18 A SG CYS 640 A CYS 640 1_555 D FE1 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc19 A SG CYS 643 A CYS 643 1_555 D FE2 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc20 A SG CYS 646 A CYS 646 1_555 D FE3 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc21 A SG CYS 693 A CYS 693 1_555 D FE4 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc22 A SG CYS 719 A CYS 719 1_555 I FE4 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc23 A SG CYS 722 A CYS 722 1_555 I FE3 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc24 A SG CYS 726 A CYS 726 1_555 I FE2 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc25 A SG CYS 752 A CYS 752 1_555 I FE1 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc26 B SG CYS 14 B CYS 14 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc27 B SG CYS 45 B CYS 45 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc28 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc29 B OE2 GLU 52 B GLU 52 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc30 B SG CYS 437 B CYS 437 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc31 B SG CYS 454 B CYS 454 1_555 K FE4 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc32 B SG CYS 457 B CYS 457 1_555 K FE3 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc33 B SG CYS 460 B CYS 460 1_555 K FE2 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc34 B SG CYS 500 B CYS 500 1_555 K FE1 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc35 B NE2 HIS 524 B HIS 524 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? metalc ? metalc36 B SG CYS 529 B CYS 529 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc37 B SG CYS 534 B CYS 534 1_555 O ZN ZN . B ZN 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc38 B SG CYS 547 B CYS 547 1_555 M FE2 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc39 B SG CYS 553 B CYS 553 1_555 M FE3 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc40 B SG CYS 557 B CYS 557 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc41 B SG CYS 577 B CYS 577 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc42 B SG CYS 580 B CYS 580 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc43 B SG CYS 583 B CYS 583 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc44 B SG CYS 587 B CYS 587 1_555 M FE1 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc45 C SG CYS 74 C CYS 74 1_555 Q FE1 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc46 C SG CYS 79 C CYS 79 1_555 Q FE1 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc47 C SG CYS 115 C CYS 115 1_555 Q FE2 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc48 C SG CYS 119 C CYS 119 1_555 Q FE2 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 FMN sing 178 n n N1 C10 FMN doub 179 n n C2 O2 FMN doub 180 n n C2 N3 FMN sing 181 n n N3 C4 FMN sing 182 n n N3 HN3 FMN sing 183 n n C4 O4 FMN doub 184 n n C4 C4A FMN sing 185 n n C4A N5 FMN doub 186 n n C4A C10 FMN sing 187 n n N5 C5A FMN sing 188 n n C5A C6 FMN doub 189 n y C5A C9A FMN sing 190 n y C6 C7 FMN sing 191 n y C6 H6 FMN sing 192 n n C7 C7M FMN sing 193 n n C7 C8 FMN doub 194 n y C7M HM71 FMN sing 195 n n C7M HM72 FMN sing 196 n n C7M HM73 FMN sing 197 n n C8 C8M FMN sing 198 n n C8 C9 FMN sing 199 n y C8M HM81 FMN sing 200 n n C8M HM82 FMN sing 201 n n C8M HM83 FMN sing 202 n n C9 C9A FMN doub 203 n y C9 H9 FMN sing 204 n n C9A N10 FMN sing 205 n n N10 C10 FMN sing 206 n n N10 C1' FMN sing 207 n n C1' C2' FMN sing 208 n n C1' "H1'1" FMN sing 209 n n C1' "H1'2" FMN sing 210 n n C2' O2' FMN sing 211 n n C2' C3' FMN sing 212 n n C2' H2' FMN sing 213 n n O2' HO2' FMN sing 214 n n C3' O3' FMN sing 215 n n C3' C4' FMN sing 216 n n C3' H3' FMN sing 217 n n O3' HO3' FMN sing 218 n n C4' O4' FMN sing 219 n n C4' C5' FMN sing 220 n n C4' H4' FMN sing 221 n n O4' HO4' FMN sing 222 n n C5' O5' FMN sing 223 n n C5' "H5'1" FMN sing 224 n n C5' "H5'2" FMN sing 225 n n O5' P FMN sing 226 n n P O1P FMN doub 227 n n P O2P FMN sing 228 n n P O3P FMN sing 229 n n O2P HOP2 FMN sing 230 n n O3P HOP3 FMN sing 231 n n # _atom_sites.entry_id 9N5U _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 SF4 A 1 1001 1002 SF4 SF4 . E 4 SF4 A 1 1002 1003 SF4 SF4 . F 4 SF4 A 1 1003 1004 SF4 SF4 . G 4 SF4 A 1 1004 1005 SF4 SF4 . H 5 FAD A 1 1005 1006 FAD FAD . I 4 SF4 A 1 1006 1007 SF4 SF4 . J 6 FES A 1 1007 1008 FES FES . K 4 SF4 B 1 701 601 SF4 SF4 . L 7 FMN B 1 702 604 FMN FMN . M 4 SF4 B 1 703 605 SF4 SF4 . N 4 SF4 B 1 704 606 SF4 SF4 . O 8 ZN B 1 705 608 ZN ZN . P 8 ZN B 1 706 609 ZN ZN . Q 6 FES C 1 201 201 FES FES . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . L 7 135.546 130.192 162.986 1 39.92 ? N1 FMN 702 B 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . L 7 134.699 130.088 164.064 1 34.8 ? C2 FMN 702 B 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . L 7 135.081 130.455 165.169 1 41.12 ? O2 FMN 702 B 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . L 7 133.433 129.579 163.908 1 26.64 ? N3 FMN 702 B 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . L 7 133.023 129.172 162.66 1 33.04 ? C4 FMN 702 B 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . L 7 131.909 128.713 162.498 1 42.02 ? O4 FMN 702 B 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . L 7 133.865 129.272 161.572 1 34.37 ? C4A FMN 702 B 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . L 7 133.435 128.862 160.333 1 31.52 ? N5 FMN 702 B 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . L 7 134.279 128.965 159.253 1 30.65 ? C5A FMN 702 B 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . L 7 133.851 128.552 158.002 1 32.39 ? C6 FMN 702 B 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . L 7 134.704 128.657 156.917 1 37.03 ? C7 FMN 702 B 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . L 7 134.244 128.217 155.568 1 38.17 ? C7M FMN 702 B 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . L 7 135.98 129.171 157.079 1 34.07 ? C8 FMN 702 B 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . L 7 136.901 129.289 155.912 1 35.18 ? C8M FMN 702 B 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . L 7 136.407 129.583 158.327 1 37.7 ? C9 FMN 702 B 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . L 7 135.554 129.481 159.416 1 37.46 ? C9A FMN 702 B 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . L 7 135.977 129.893 160.658 1 30.82 ? N10 FMN 702 B 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . L 7 135.135 129.787 161.738 1 33.66 ? C10 FMN 702 B 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . L 7 137.353 130.445 160.845 1 28 ? C1' FMN 702 B 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . L 7 137.32 131.96 160.775 1 31.31 ? C2' FMN 702 B 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . L 7 137.522 132.371 159.445 1 41.37 ? O2' FMN 702 B 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . L 7 138.425 132.525 161.645 1 33.87 ? C3' FMN 702 B 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . L 7 139.624 131.845 161.363 1 35.31 ? O3' FMN 702 B 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . L 7 138.091 132.366 163.118 1 34.44 ? C4' FMN 702 B 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . L 7 137.059 133.253 163.469 1 35.29 ? O4' FMN 702 B 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . L 7 139.319 132.67 163.954 1 31.01 ? C5' FMN 702 B 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . L 7 139.066 132.367 165.301 1 33.49 ? O5' FMN 702 B 1 HETATM 28 P P FMN . . . L 7 140.267 132.48 166.359 1 45.24 ? P FMN 702 B 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . L 7 140.547 133.936 166.62 1 42.21 ? O1P FMN 702 B 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . L 7 141.505 131.85 165.776 1 36.85 ? O2P FMN 702 B 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . L 7 139.856 131.797 167.637 1 44.86 ? O3P FMN 702 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 225 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 31 #