data_9N5V
#
_model_server_result.job_id            d_L9jwW_mDypC-fLwjsaiA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-17 08:27:36' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          9n5v 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":702}' 
#
_entry.id    9N5V 
#
_exptl.entry_id    9N5V 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              456.344 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  nat 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            9N5V 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 9N5V 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      7 
_struct_asym.id                             L 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 41 A CYS 41 1_555 J FE1 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 52 A CYS 52 1_555 J FE1 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 55 A CYS 55 1_555 J FE2 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 J FE2 FES . A FES 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc5 A ND1 HIS 99 A HIS 99 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc6 A NE2 HIS 99 A HIS 99 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 103 A CYS 103 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 111 A CYS 111 1_555 E FE1 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 E FE2 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 154 A CYS 154 1_555 E FE4 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc12 A SG CYS 158 A CYS 158 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc13 A NZ LYS 173 A LYS 173 1_555 E FE3 SF4 . A SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? 
metalc ? metalc14 A SG CYS 590 A CYS 590 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc15 A SG CYS 593 A CYS 593 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc16 A SG CYS 595 A CYS 595 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc17 A SG CYS 601 A CYS 601 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc18 A SG CYS 640 A CYS 640 1_555 D FE1 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc19 A SG CYS 643 A CYS 643 1_555 D FE2 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc20 A SG CYS 646 A CYS 646 1_555 D FE3 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc21 A SG CYS 693 A CYS 693 1_555 D FE4 SF4 . A SF4 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc22 A SG CYS 719 A CYS 719 1_555 I FE4 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc23 A SG CYS 722 A CYS 722 1_555 I FE3 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc24 A SG CYS 726 A CYS 726 1_555 I FE2 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc25 A SG CYS 752 A CYS 752 1_555 I FE1 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc26 B SG CYS 14 B CYS 14 1_555 Q ZN ZN . B ZN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc27 B SG CYS 45 B CYS 45 1_555 Q ZN ZN . B ZN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc28 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 Q ZN ZN . B ZN 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc29 B SG CYS 437 B CYS 437 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc30 B SG CYS 454 B CYS 454 1_555 K FE4 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc31 B SG CYS 457 B CYS 457 1_555 K FE3 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc32 B SG CYS 460 B CYS 460 1_555 K FE2 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc33 B SG CYS 500 B CYS 500 1_555 K FE1 SF4 . B SF4 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc34 B NE2 HIS 524 B HIS 524 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc35 B SG CYS 529 B CYS 529 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc36 B SG CYS 534 B CYS 534 1_555 P ZN ZN . B ZN 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc37 B SG CYS 547 B CYS 547 1_555 M FE3 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc38 B SG CYS 550 B CYS 550 1_555 M FE4 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc39 B SG CYS 553 B CYS 553 1_555 M FE1 SF4 . B SF4 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc40 B SG CYS 557 B CYS 557 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc41 B SG CYS 577 B CYS 577 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc42 B SG CYS 580 B CYS 580 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
#
_chem_comp.formula           'C17 H21 N4 O9 P' 
_chem_comp.formula_weight    456.344 
_chem_comp.id                FMN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 FMN sing 178 n n 
N1 C10 FMN doub 179 n n 
C2 O2 FMN doub 180 n n 
C2 N3 FMN sing 181 n n 
N3 C4 FMN sing 182 n n 
N3 HN3 FMN sing 183 n n 
C4 O4 FMN doub 184 n n 
C4 C4A FMN sing 185 n n 
C4A N5 FMN doub 186 n n 
C4A C10 FMN sing 187 n n 
N5 C5A FMN sing 188 n n 
C5A C6 FMN doub 189 n y 
C5A C9A FMN sing 190 n y 
C6 C7 FMN sing 191 n y 
C6 H6 FMN sing 192 n n 
C7 C7M FMN sing 193 n n 
C7 C8 FMN doub 194 n y 
C7M HM71 FMN sing 195 n n 
C7M HM72 FMN sing 196 n n 
C7M HM73 FMN sing 197 n n 
C8 C8M FMN sing 198 n n 
C8 C9 FMN sing 199 n y 
C8M HM81 FMN sing 200 n n 
C8M HM82 FMN sing 201 n n 
C8M HM83 FMN sing 202 n n 
C9 C9A FMN doub 203 n y 
C9 H9 FMN sing 204 n n 
C9A N10 FMN sing 205 n n 
N10 C10 FMN sing 206 n n 
N10 C1' FMN sing 207 n n 
C1' C2' FMN sing 208 n n 
C1' "H1'1" FMN sing 209 n n 
C1' "H1'2" FMN sing 210 n n 
C2' O2' FMN sing 211 n n 
C2' C3' FMN sing 212 n n 
C2' H2' FMN sing 213 n n 
O2' HO2' FMN sing 214 n n 
C3' O3' FMN sing 215 n n 
C3' C4' FMN sing 216 n n 
C3' H3' FMN sing 217 n n 
O3' HO3' FMN sing 218 n n 
C4' O4' FMN sing 219 n n 
C4' C5' FMN sing 220 n n 
C4' H4' FMN sing 221 n n 
O4' HO4' FMN sing 222 n n 
C5' O5' FMN sing 223 n n 
C5' "H5'1" FMN sing 224 n n 
C5' "H5'2" FMN sing 225 n n 
O5' P FMN sing 226 n n 
P O1P FMN doub 227 n n 
P O2P FMN sing 228 n n 
P O3P FMN sing 229 n n 
O2P HOP2 FMN sing 230 n n 
O3P HOP3 FMN sing 231 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     9N5V 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 SF4 A 1 1001 1002 SF4 SF4 . 
E 4 SF4 A 1 1002 1003 SF4 SF4 . 
F 4 SF4 A 1 1003 1004 SF4 SF4 . 
G 4 SF4 A 1 1004 1005 SF4 SF4 . 
H 5 FAD A 1 1005 1006 FAD FAD . 
I 4 SF4 A 1 1006 1007 SF4 SF4 . 
J 6 FES A 1 1007 1008 FES FES . 
K 4 SF4 B 1 701 601 SF4 SF4 . 
L 7 FMN B 1 702 604 FMN FMN . 
M 4 SF4 B 1 703 605 SF4 SF4 . 
N 4 SF4 B 1 704 606 SF4 SF4 . 
O 8 NAD B 1 705 607 NAD NAD . 
P 9 ZN B 1 706 609 ZN ZN . 
Q 9 ZN B 1 707 610 ZN ZN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 FMN . . . L 7 129.6 135.378 162.923 1 21.21 ? N1 FMN 702 B 1 
HETATM 2 C C2 FMN . . . L 7 130.388 135.431 164.047 1 25.13 ? C2 FMN 702 B 1 
HETATM 3 O O2 FMN . . . L 7 129.931 135.081 165.131 1 40.14 ? O2 FMN 702 B 1 
HETATM 4 N N3 FMN . . . L 7 131.686 135.876 163.961 1 19.5 ? N3 FMN 702 B 1 
HETATM 5 C C4 FMN . . . L 7 132.19 136.267 162.743 1 19.01 ? C4 FMN 702 B 1 
HETATM 6 O O4 FMN . . . L 7 133.34 136.666 162.669 1 33.36 ? O4 FMN 702 B 1 
HETATM 7 C C4A FMN . . . L 7 131.404 136.216 161.603 1 20.77 ? C4A FMN 702 B 1 
HETATM 8 N N5 FMN . . . L 7 131.913 136.607 160.384 1 24.29 ? N5 FMN 702 B 1 
HETATM 9 C C5A FMN . . . L 7 131.116 136.55 159.259 1 20.22 ? C5A FMN 702 B 1 
HETATM 10 C C6 FMN . . . L 7 131.622 136.942 158.025 1 19.62 ? C6 FMN 702 B 1 
HETATM 11 C C7 FMN . . . L 7 130.816 136.881 156.897 1 21.81 ? C7 FMN 702 B 1 
HETATM 12 C C7M FMN . . . L 7 131.35 137.301 155.563 1 19.7 ? C7M FMN 702 B 1 
HETATM 13 C C8 FMN . . . L 7 129.509 136.432 157.002 1 23.43 ? C8 FMN 702 B 1 
HETATM 14 C C8M FMN . . . L 7 128.635 136.365 155.791 1 21.9 ? C8M FMN 702 B 1 
HETATM 15 C C9 FMN . . . L 7 129.006 136.04 158.23 1 23.86 ? C9 FMN 702 B 1 
HETATM 16 C C9A FMN . . . L 7 129.808 136.097 159.359 1 19.46 ? C9A FMN 702 B 1 
HETATM 17 N N10 FMN . . . L 7 129.304 135.705 160.581 1 18.15 ? N10 FMN 702 B 1 
HETATM 18 C C10 FMN . . . L 7 130.1 135.767 161.701 1 21.68 ? C10 FMN 702 B 1 
HETATM 19 C C1' FMN . . . L 7 127.892 135.218 160.706 1 17.51 ? C1' FMN 702 B 1 
HETATM 20 C C2' FMN . . . L 7 127.853 133.698 160.613 1 21.39 ? C2' FMN 702 B 1 
HETATM 21 O O2' FMN . . . L 7 127.642 133.315 159.275 1 31.11 ? O2' FMN 702 B 1 
HETATM 22 C C3' FMN . . . L 7 126.735 133.137 161.478 1 20.58 ? C3' FMN 702 B 1 
HETATM 23 O O3' FMN . . . L 7 125.553 133.865 161.246 1 34.32 ? O3' FMN 702 B 1 
HETATM 24 C C4' FMN . . . L 7 127.099 133.232 162.951 1 22.19 ? C4' FMN 702 B 1 
HETATM 25 O O4' FMN . . . L 7 128.052 132.246 163.269 1 22 ? O4' FMN 702 B 1 
HETATM 26 C C5' FMN . . . L 7 125.869 133.041 163.821 1 17.95 ? C5' FMN 702 B 1 
HETATM 27 O O5' FMN . . . L 7 126.188 133.349 165.155 1 18.23 ? O5' FMN 702 B 1 
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HETATM 29 O O1P FMN . . . L 7 124.086 132.735 166.428 1 34.04 ? O1P FMN 702 B 1 
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